- 本作ではシリーズで初めて熟練度による難易度変更が採用された（本作では難・普・易の三段階）。この難易度により入手できる内容が変わるものが多い。
- 特定のルートを選択することが要求されるものはαほどは多くないが、「ガンダムX系のルート」「∀ガンダム系のルート」「ザブングル系のルート」の通過で入手出来るものがそれぞれ存在する。ルートの関係上これらの同時入手は出来ない。
- 一部のステージにはマウンテンサイクルが存在し、様々な強化パーツや隠し機体が埋没している。
- 本作で初採用されたバザーでは、強化パーツや機体が売出来る。一部のステージでは、バザーでの購入でしか入手出来ない機体も出品されている。
分岐表
| 共通 |
|---|
| － |
↓
| リーンホース隊（月へ） | アーガマ隊（極東支部へ） |
|---|---|
| アルトロンガンダムカスタム & 五飛 1/2 | － |
↓
| 共通 |
|---|
| アルトロンガンダムカスタム & 五飛 2/2 量産ゲシュペンストII or 量産ヒュッケバインII or 量産グルンガスト弐式 キュベレイ or キュベレイMk-II 1/2 |
↓
| フォートセバーンへ直行しない（∀） | フォートセバーンへ直行する(GX) |
|---|---|
| コレン専用カプル & コレン 1/2 ギャバン専用ボルジャーノン |
Gビット追加 & ティファ 1/4 ジェニス改エニルカスタム 1/3 |
↓
| フォートセバーンへ行く | ビシニティに残る |
|---|---|
| Gビット追加 & ティファ 2/4 | － |
↓
| 共通 |
|---|
| Gビット追加 & ティファ 3/4 ジェニス改エニルカスタム 2/3 |
↓
| 熟練度14以下 | 熟練度15以上 |
|---|---|
| ブラッカリィ & エルチ 1/3 | ブラッカリィ & エルチ 1/3 カプリコ & トロン |
↓
| 共通 |
|---|
| ブラッカリィ & エルチ 2/3 Hi-νガンダム or HWS キュベレイ or キュベレイMk-II 2/2 |
↓
| 月へ向かう（宇宙） | Xポイントへ向かう（地上） |
|---|---|
| Gビット追加 & ティファ 4/4 ジェニス改エニルカスタム 3/3 コレン専用カプル & コレン 2/2 マジンガーZ強化 真ゲッター or ゲッターG強化 |
ブラッカリィ & エルチ 3/3 マジンガーZ強化 真ゲッター or ゲッターG強化 |
↓
| 共通 |
|---|
| Zガンダム強化 |
↓
| 熟練度11以下 | 熟練度12以上 | |
|---|---|---|
| － | － | |
| － | 熟練度32以下 | 熟練度33以上 |
| － | － | スレードゲルミル ＆ ゼンガー |
隠し要素一般
アルトロンガンダムカスタム＆張五飛
下記の条件を満たすと上記ユニットとパイロットが早期に加入する。
（1）月ルート第4話「13番目の星座」にて、ヒイロと五飛を2回戦闘させる。
（2）月ルート第5話「月のゆりかご」にて、ヒイロと五飛を1回戦闘させる。
（3）-1：第7話「終わらない輪舞曲」にて、ヒイロで五飛を2回説得する。
（3）-2：第7話「終わらない輪舞曲」にて、ヒイロと五飛を1回戦闘させる。
（1）と（2）を満たしていた場合、（3）-1の説得が可能となり、説得後マップ中にその場で味方になる。また、（1）と（2）を満たしていない場合でも、（3）-2を行うことでマップクリア後に味方になる。
ただし、戦力の不足しがちな序盤に、それも難易度の高い4話と5話で（1）及び（2）の条件を達成してクリアすることは割りと難しく、その割りには満たして得られる成果もしょっぱい。ただし、説得イベントはヒイロの声付き原作再現DVEなので、ファンであるならば一見の価値はあると思われる。
また、全ての条件を満たさなかった場合でも、五飛とアルトロンガンダムカスタムは必ず加入するが、かなり後になってしまう。
ガンダムX・ガンダムDX追加武装「Gビット」＆ティファ・アディール
GX系のシナリオを通るルートを選択していく事で、条件を満たす事が出来る。
（1）GX第15話「あなたに、力を…」にて、3EPまでにガロードが6機以上敵を倒す。
（2）フォートセバーン第19話「共鳴する力」（後編）にて、ベルディゴ（カリス）をガロードで撃墜する。
（3）第23話「Loreleiの海」にて、4PPまで勝利条件を達成しない（＝ジャミルのGXビットイベントを起こす）。
（4）宇宙第32話「飛べ、宇宙へ」にて、ガロードがエニルを説得する。
以上を満たすと、第36話クリア後に装備される。また、この条件を満たすとティファがガロードのサブパイロットとなり、ガロードもGビットを使用出来る様になる。
ジェニス改 エニルカスタム
上記同様、GX系ルートを選択していく必要がある。
（1）GX第16話「ガンダム、売るよ」にて、ガロードがエニルと戦闘する。
（2）同話にて、ガロードでエニルを撃墜する。
（3）第22話「謎のランドシップ」にて、ガロードがエニルと戦闘する。
（4）宇宙第32話「飛べ、宇宙へ」にて、ガロードがエニルを説得する
以上を満たすと、その場で仲間になる。尚、エニルは条件の有無に関わらず仲間になる。
コレン専用カプル＆コレン・ナンダー
∀系のシナリオを通るルートを選択していく事で、条件を満たす事が出来る。
（1）∀第17話「白い悪魔」（後編）にて、ロランとコレンが戦闘する。
（2）同話にて、アイアン・ギアー（ディアナ搭乗）でコレンを説得する。
（3）宇宙第32話「飛べ、宇宙へ」にて、ロランとコレンが戦闘し、戦闘後、両者が生き残る。
以上を満たすと、コレンの撤退イベントが発生。その後、第37話「僕らが求めた戦争だ」にて増援として登場し、加入する。
ブラッカリィ＆エルチ・カーゴ
ザブングル系のルートを選択していく事で、条件を満たす事が出来る。
（1）高熟練度第29話「女いろいろ万華鏡」または低熟練度第29話「女の心をあやつれば」にて、ジロンでエルチを2度説得する（→敵が撤退）
（2）第30話「イノセントを統べる者」（前編）にて、ジロンでエルチを説得する（→ギア・ギアが変形）強攻策・奇襲策どちらでも同じ。
（3）地上第33話「エルチ、目覚めよ」にて、ジロンでエルチを説得する。
以上を満たすと、第39話「決戦！Xポイント」クリア後に入手。エルチもパイロットとして登録される。
尚、条件を満たさなかった場合、機体は入手出来ないが、エルチはアイアン・ギアーのサブパイロットとして登録される。
カプリコ＆トロン・ミラン
高熟練度第28話「イノセントの黒歴史」にて、前半の一騎打ちイベントでジロンがパンチ以外の攻撃をしない。
倒していない場合は3PPにNPCになり、クリア後仲間に。倒した場合でも同じくクリア後に仲間になる。
ちなみに、この時トロンが乗ってくるカプリコはバザーで入手できるものとは異なり、カラーリングと武器の性能が変わっている。
ギャバン専用ボルジャーノン
∀第17話「白い悪魔」（前編）にて、ロラン・ギャバン一騎打ち時にギャバンを撃墜しない。
Zガンダム（強化版）
第39話「決戦！Xポイント」にて、カミーユの乗ったZガンダムが出撃している状態で、ロザミィのHPを50%以下にする。
するとイベントが発生し、Zガンダムが強化される。ただし、このイベントが発生するとロザミィは死亡した事になる。
リュウセイの乗機変化
第8話で合流するリュウセイの機体は、その時点の難易度で変化する。
- ハード（熟練度6以上）：量産型ゲシュペンストMk-II
- ノーマル（熟練度2～5）：量産型ヒュッケバインMk-II
- イージー（熟練度0～1）：量産型グルンガスト弐式
この機体は地上第33話で再合流後も使用可能だが、いずれの場合もすぐにR-1改に乗り換えるので、機体の違いにさほど意味は無い。
ただし、上記のうち、グルンガスト弐式、変形後の量産型Gホークだけは、この方法で手に入れておかないと図鑑に載せることが出来ない。
Hi-νガンダム or ヘビーウェポンシステム
第30話「イノセントを統べる者」（後編）にて、色の違う床が4箇所ある。そのうち入り口から2番目に近い色違い床に入ると手に入る。
熟練度25以上ならHi-νガンダム、熟練度24以下ならヘビーウェポンシステム（νガンダム用の換装パーツ）を入手。
キュベレイ or キュベレイMk-II (プルツー用)
（1）第9話「愚者の祭典」にて、ジュドーとプルでプルツーを説得する
（2）-1：第30話「イノセントを統べる者」（前編）にて、ジュドーでプルツーを説得する。強攻策・奇襲策どちらでも同じ。
（2）-2：第30話「イノセントを統べる者」（前編）にて、ジュドーかプルでプルツーを説得する。強攻策・奇襲策どちらでも同じ。
（1）を満たした場合、（2）-1を満たすことで、クリア後キュベレイを入手。
（1）を満たさなかった場合、（2）-2を満たすことで、クリア後キュベレイMk-IIを入手。
尚、条件を満たさなくてもプルツーは必ず味方になる。
マジンガーZ（強化版）
宇宙・地上いずれの場合も第36話で条件発生。以下の条件を満たすと、クリア後に入手する。
宇宙第36話「奪われた真・ゲッターロボ」（後編）にて、マジンガーZが撃墜される前に鉄也で隣接する。 地上第36話「真・ゲッターロボ対マジンカイザー」（前編）にて、マジンガーZがマジンカイザー（ゴーゴン）に隣接する事で勝利条件を満たす。
真・ゲッターロボ or ゲッターロボG（強化版）
宇宙第36話「奪われた真・ゲッターロボ」（後編)または地上第36話「真・ゲッターロボ対マジンカイザー」（後編）にて、
真・ゲッター1（バット）を撃墜した場合はゲッターロボGを、撃墜せずに削ってクリアした場合は真・ゲッター1を、クリア後に入手する。
スレードゲルミル＆ゼンガー・ゾンボルト
弟41話「黒歴史の終焉」クリアまでに熟練度を33以上にして難易度『難』ルートに進むことで、43話「人類死すべし」前半ステージクリア後に仲間になる。
加入の是非そのものに影響するわけではないが、弟40話「ABAYO」にてゼンガーを撃墜していた場合、難ルート第43話「人類死すべし」前半ステージでの再戦ではHP10%以下で撤退するようになる。
マウンテンサイクル関係
本作には一部のマップにマウンテンサイクルが存在し、特定のマスに入ると強化パーツや隠し機体が入手できる。序盤は地形「山」の上に洞穴が開いている、という分かり易いグラフィックになっているが、後半では地形的なヒントの無い、所謂「隠しマウンテンサイクル」も存在する。
下記のうち、太字はマウンテンサイクルでのみ登場する（＝拾って出撃させないと図鑑に載らない）隠し機体である。なお、これについてはルート分岐する場合でも、どちらのルートでも入手出来る様になっている。
| 難 | 普 | 易 | |
|---|---|---|---|
| ∀第14話 「招かれざる客」 |
チョバムアーマー ドンキーのパン マグネットコーティング | ||
| ∀第15話 「ディアナ降臨」 |
ソーラーパネル 対ビームコーティング | ||
| ∀第17話 「白い悪魔」（後編） |
カートリッジ VRメット | ||
| GX第17話 「月の民」 |
カートリッジ | ||
| フォートセバーン第20話 「過去からの侵略」 |
テム＝レイの回路 | ||
| ガンイージ | ガンブラスター | サザビー | |
| ジム・クゥエル | Vガンダムヘキサ | ZII | |
| ビシニティ第18話 「機械の獣たち」 |
プロペラントタンク | ||
| ビシニティ第19話 「百年の恋」 |
ホバークラフト 大型ジェネレーター | ||
| ビシニティ第20話 「黒歴史の遺産」 |
ガンイージ | ガンブラスター | サザビー |
| ジム・クゥエル | Vガンダムヘキサ | ZII | |
| 第22話 「謎のランドシップ」 |
VF-11 | アーマードバルキリー | フルアーマーZZパーツ （換装パーツ） |
| 高熟練度第26話 「果てしなき大空に誓う」 （後編マップ） |
ソーラーパネル | 大型ジェネレーター | × |
| ※隠しマウンテンサイクル。 マップ北西・山地の灯り近辺。 | |||
| 宇宙第36話 「奪われた真・ゲッターロボ」 （後編マップ） |
デストロイド・モンスター | ミノフスキークラフト | ハロ |
| ジ・O | ノイエ・ジール | ガンダム試作2号機 | |
| 地上第32話 「姿なき恐竜空爆隊」 |
ソーラーパネル | ||
| 地上第34話 「この星は僕らのものだ」 |
大型ジェネレータ－ バイオセンサー | ||
| 地上第36話 「真・ゲッターロボ対マジンカイザー」 （後編マップ） |
デストロイド・モンスター | ミノフスキークラフト | ハロ |
| ジ・O | ノイエ・ジール | ガンダム試作2号機 | |
| 第37話 「僕らが求めた戦争だ」 |
ハロ | ナノマシンユニット | ビルドアップパーツ |
| 高性能照準器 | ミノフスキークラフト | メガジェネレーター | |
| 第38話 「月光蝶」 （後編マップ） |
ミンメイ人形 | 精神エナジー装置 | 超高性能スラスター |
| ミノフスキークラフト | ミノフスキードライブ | 特殊強化装甲 | |
| ※隠しマウンテンサイクル。マップ南西・山の洞穴の反対側あたり。 | |||
| 第39話 「決戦！Xポイント」 |
テム＝レイの回路 | ハロ | 勇者の印 |
| ※隠しマウンテンサイクル。 マップ北東・山中。 | |||
| イージー第42話 「歪んだ未来」 |
鋼の魂 | ||
| ※隠しマウンテンサイクル。 マップ北西・山中 | |||
| ハード・ノーマル第41話 「黒歴史の終焉」 |
HPHGCP 大型ジェネレーター |
||
| ノーマル第42話 「地球の後継者」 |
勇者の印 | ||
| ※隠しマウンテンサイクル。 マップ北西・山中 |
|||
| ハード第42話 「竜が滅ぶ日」 |
ハロ | ||
| ※隠しマウンテンサイクル。 マップ北西・森林 | |||
バザー関係
前述の通り、バザーでは強化パーツや機体の売買が行える。出品されている機体は敵として登場するモビルスーツ・ウォーカーマシンが主だが、一部の機体はバザーで購入することでしか登場しない（＝購入して出撃させないと図鑑に載らない）。また、いずれかのパラメータ（HP・EN・装甲・運動性・限界反応）をフル改造した機体を売却すると、店主が対応する強化パーツを、複数箇所であれば更に特別なパーツをくれる。
詳細については『バザー詳細/α外伝』を参照。
バザー限定で登場する機体
- リック・ディアス（黒） 価格：750BS
- GX第17話「月の民」∀第17話「白い悪魔」クリア後
- フォートセバーン第18話「僕がニュータイプだ」ビシニティ第18話「機械の獣たち」クリア後
- 第24話「大地の守護神」クリア後
- 高熟練度第29話「女いろいろ万華鏡」低熟練度第29話「女の心をあやつれば」クリア後
- ゲルググ・M 価格：650BS
- GX第17話「月の民」∀第17話「白い悪魔」クリア後
- フォートセバーン第20話「過去からの侵略」ビシニティ第20話「黒歴史の遺産」クリア後
- 第24話「大地の守護神」クリア後
- 高熟練度第26話「果てしなき大空に誓う」低熟練度第26話「破れかぶれのラグ」クリア後
- ヴァル・ヴァロ 価格：1500BS
- 宇宙第34話「時を越えた対決」クリア後
- ガーベラ・テトラ 価格：1600BS
- 宇宙第35話「私はD.O.M.E.…黒歴史を封印するもの」クリア後
※以下の2機はマウンテンサイクルで拾うことも可能。
- ガンイージ 価格：750BS
- GX第17話「月の民」∀第17話「白い悪魔」クリア後
- フォートセバーン第19話「共鳴する力」ビシニティ第19話「百年の恋」クリア後
- 第24話「大地の守護神」クリア後
- 高熟練度第29話「女いろいろ万華鏡」低熟練度第29話「女の心をあやつれば」クリア後
- ガンブラスター 価格：800BS
- フォートセバーン第19話「共鳴する力」ビシニティ第19話「百年の恋」クリア後
- 第22話「謎のランドシップ」
- 第25話「もう逢えない気がして」
- 第31話「天地を灼く剣」