遺伝的に同一である生物や細胞を指す生物学用語で、語源はギリシャ語の「小枝」。また、クローンを制作することをクローニングと呼ぶ。
なお、現実ではフィクションのように体細胞等を培養して丸々一個体を生み出すのは現時点では不可能であり（例えば、内臓の一部の細胞を培養してもその内臓の一部しか再現できない）、世界的にも有名になったクローン羊「ドリー」の様に卵子にコピー元の遺伝情報を移植したものを代理母の子宮で生み出す手法が現実的であるが、倫理的にも生物学的にも問題視されている他、正確には完全なクローンとして生まれてくるわけでもない（通常の親子のような遺伝子の違いがある）。「クローン個体は遺伝子に先天的な異常を持つ等によってあまり長く生きていけない」とも言われるが、こちらもはっきりとした結論は出ていない。
ちなみに身近にあるものでもクローニング技術は存在しており、わかりやすいものでは「芋類」と「サボテン」が挙げられる。特に後者は種からの栽培には非常に長い時間を費やす植物であるため、切り取ったものを植えて増やす手法が一般的。果樹栽培における「接ぎ木」もクローンの一種である。
『F』のザビ三兄弟やパプテマス・シロッコのようにクローン技術によって復活した人物もいるが、当然のことながら肉体を複製しただけでは「中身（人格、魂）」までは再現できないので、機械的に記憶を植え付けたなどの設定がない限りは、本人そのものの人格が宿ることはない。ただし、綾波レイのように魂が新しい体に移る例もある。
余談だが、スパロボ参戦作品の原作に登場するクローンとそのオリジナルは、物語の途中で死亡する確率が異常に高い。
登場作品
スパロボの世界観ではヒトのクローニング技術は進んでいると見られ、主に個人の野望の道具として使われる。ここでは代表的なクローン人間を挙げる。なお、中には「ゼロ」から生み出された「人造人間（バイオノイド）」や、原作ではクローン人間でないものも存在するが、物語上の扱いに準じてクローンとして扱う。
スーパーロボット大戦F完結編
- ギレン・ザビ
- シャピロ・キーツの提案によりゲストの技術で復活した。しかし自我が確立し過ぎていて制御が困難であるため、場合によっては暗殺される。
- キシリア・ザビ
- ゲストにとって害があるようであればギレン・ザビを殺すようプログラムされていたが、原作に比べてギレンとの確執が小さかったため人格に不具合が生じる結果に。
- ドズル・ザビ
- ミネバとの絡みから、三兄弟では真っ先に自身が偽者であることを悟るも、そのミネバによって己を取り戻した。三兄弟ではまっとうな最期を遂げている。
- パプテマス・シロッコ
- クローンとして復活させられてティターンズに返り咲いた上、そのまたクローンまでいた。DCルートではその「クローンのクローン」がラスボスとして立ち塞がる。
- シャピロ・キーツ
- 最終決戦において自身の複製を大量に用意する。自分自身の複製だからか制御も万全の模様。
スーパーロボット大戦α
- イングラム・プリスケン
- バルシェムシリーズ（ヴィレッタ除く）のオリジナル。当人は『スーパーヒーロー作戦』におけるユーゼスのクローン。
- ヴィレッタ・バディム
- 正確に言うとクローンではなく人造人間、バルシェム女性体のオリジナル。
- ラオデキヤ・ジュデッカ・ゴッツォ
- 「ジュデッカ・ゴッツォ」タイプの一人。ユーゼスによって謀殺された1人目のクローン。
スーパーロボット大戦α外伝
第3次スーパーロボット大戦α 終焉の銀河へ
- クォヴレー・ゴードン
- イングラムのクローンであるバルシェムの13号体。
- キャリコ・マクレディ
- バルシェム3号体。指揮能力に特化している。
- スペクトラ・マクレディ
- バルシェム4号体。
- バルシェム
- イングラム、もしくはヴィレッタのクローン。イングラムをオリジネイターとする男性体は『スーパーヒーロー作戦』のユーゼスのクローンとも言える。
- ハザル・ゴッツォ
- シヴァーの手による人工サイコドライバーの1人。
- エイス・ゴッツォ
- ハザルの予備体。
- エペソ・ジュデッカ・ゴッツォ
- サルデス・ジュデッカ・ゴッツォ
- ヒラデルヒア・ジュデッカ・ゴッツォ
- ラオデキヤ同様「ジュデッカ・ゴッツォ」の一人。予備体がいくつも存在し、記憶を移し替えることで何度でも蘇生する。
スーパーロボット大戦IMPACT
- アインスト・アルフィミィ
- アインストによって生み出されたエクセレン・ブロウニングの複製体。
スーパーロボット大戦ORIGINAL GENERATION2（OGs）
- レモン・ブロウニング
- 厳密にはクローンではなく、あちらの世界のエクセレン・ブロウニングの蘇生体。
- ウォーダン・ユミル
- 厳密にはWシリーズであるが、ゼンガーのクローン的存在。
スーパーロボット大戦GC
- UNKNOWN
- ガディソードによってオリジナルを基に「複製」された存在。母体には各勢力の兵士が使用されている。搭乗機も一緒に複製され、無尽蔵に生産される。
- サリー・エーミル、ヴォート・ニコラウス
- 彼らも複製され、搭乗機と共に複製体が「UNKNOWN」として現れる。
- ジャークライジンオー
- 特に説明はないが、同じ扱いを受けているところを見ると上記兵士と同様の処置を受けたジャークライジンオーの複製と思われる。
版権作品
機動戦士ガンダムΖΖ
機動戦士ガンダムUC
- マリーダ・クルス
- 前述のプルクローンのうちの1人で、12番目の個体である「プルトゥエルブ」。
機動武闘伝Gガンダム
- シュバルツ・ブルーダー
- キョウジ・カッシュのクローン。しかし厳密な意味ではクローンではなく、DG細胞を用いた生体アンドロイド。
機動戦士ガンダムSEED
機動戦士ガンダムSEED X ASTRAY
- プレア・レヴェリー
- 空間認識能力を持つ何者かのクローン。
機動戦士ガンダムSEED DESTINY
- レイ・ザ・バレル
- クルーゼ同様アルのクローン。
機動戦士ガンダムAGE
- ゼラ・ギンス
- フェザール・イゼルカントのクローン。同時に強化処置を施されているため、作中では「強化クローン人間」と呼ばれる。
冥王計画ゼオライマー
主要登場人物のほとんどが木原マサキによる、もしくは本人のクローンである。
- 秋津マサト
- マサキの「器」として作られた少年。
- 幽羅帝
- もう一人のマサト。マサキにとっては保険。
- 耐爬、シ・アエン、シ・タウ、葎、祗鎗、ロクフェル塞臥
- 八卦衆（幽羅帝含）は同じ受精卵に手を加えた一組（男女）の遺伝子的には全員同一人物とも言えるクローン。
新世紀エヴァンゲリオン
未来ロボ ダルタニアス
- クロッペン
- ハーリン（楯隼人）のクローン。当人は全くその事実を知らず、自身がオリジナルだと思い込んでいた。
- ドルメン大帝
- パルミオン大帝のクローン。『ダルタニアス』のクローンは道具として扱われており、そのために人格が歪んでいる。
真ゲッターロボ 世界最後の日
真マジンガーZERO vs 暗黒大将軍
- 剣鉄也
- この作品では兜剣造のクローン調整体である量産型プロ勇者。
- 2番目の主舞台となった次元では50人以上の代替わりをしており、更に戦闘用に不向きな素体は科学要塞研究所の職員やオペレーターに転用されていた。