- 本作では、事前の発表では「SRポイント」（従来作品の熟練度に相当）に関連する隠し要素はないとされていたが、実際には相当程度隠し要素条件に関係していた。
- 但し、SRポイントとは無縁の条件も多く、また、SRポイントが関係する隠し要素でも「より厳しい別の条件」を満たせばSRポイント抜きに隠し要素を入手することもできるようになっているため、事前発表が完全な誤りだったというわけではない。
- また、発売前に寺Pより「隠し機体は1機だけ」という旨の発言があったが、これは恐らく条件を満たさないと出現すらしない「ディジェ」を指したものであって、説得等で自軍に寝返る類の隠し要素は従来作同様に多数存在する（尚、このディジェ入手条件については、確かにSRポイントは関係していなかった）。
- 本作の隠し要素は「ポイント制」のものが特徴的。これは、ある要素につき特定の条件を満たすことで「ポイント」が増減し、規定のステージ時点で貯まっているポイント数により隠し要素条件の成否が決まるというもので、必要数さえ貯まっていれば全てを満たす必要はない点が特徴。
- バザーシステムの復活に伴い、バザー関連の隠し要素が充実している。
ポイント制隠し要素
隠しルート（ザフトポイント）
第47話クリア時までに以下の条件を満たすと、SEED DESTINYについての展開が原作と大きく異なる、通称「ifルート（書籍によってはザフトルート）」に進むことが出来る。この条件にある「ザフトポイント」は、後述の行動により獲得することが出来る。
タイミング：第47話「カウント・ダウン or 俺達の行き先」クリア時
| SRポイント | ザフトポイント | 結果 |
| 36以上 | 10以上 | 通常ルート、ザフトルートの選択肢が出現 |
| 36以上 | 7～9 | 自動的にザフトルートへ |
| 36未満 | 9以上 | 自動的にザフトルートへ |
尚、2周目以降は第47話クリア後に必ず選択肢が現れるため、この条件に拘る必要はなくなる。
SEED DESTINYの終盤、クライマックスの大幅な改編が行われ、シン・アスカを中心とした新たなストーリーが描かれる。原作のみではありえない、クロスオーバーによって立てられたフラグを回収し、大団円に至る様が大きな反響を呼んだ。一方、SEED DESTINY以外の作品のクライマックスは通常ルートよりも駆け足で消化される。
システム的なメリットとしては、シン、ルナマリアの一時離脱期間がなくなり最後まで自軍として使用できる。また、後述の通りルート限定で仲間になるキャラクターが数名存在する。
ポイント条件としては一部を除いて、原作でとらなかった行動をとるというのが一つのキーとなる。
ザフトポイント
| 第2話「怒れる瞳」 | 「強奪されたガンダムを取り押さえる」を選択 | +1 |
| 第8話「世界の終わる時」 | アレックス機でサトー機を撃墜する | +1 |
| 第29話「灼熱の海原」 | 味方がキラ機を撃墜する 味方がアークエンジェルを撃墜する |
+1 +1 |
| 第30話「罪の在処」 | 味方がキラ機を撃墜する 味方がアークエンジェルを撃墜する |
+1 +1 |
| 第35話（ジブラルタル）「戦闘神の影」 | （ステージをクリアすれば無条件に達成） | +1 |
| 第36話「慟哭の星空」 | ステラの参戦条件を満たす（後述） | +1 |
| 第38話「踊る悪夢」 | キラ機がマップ上に存在している状態で、シン機が撃墜される or シン機とキラ機が戦闘していない状態で、キラ機を撃墜する |
+2 or +1 |
| 第29話「アウトサイダー」 | イザーク機の所属する小隊以外のザフトが全て生存している状態でイザーク機を撃墜 or 3小隊以上生存している状態でイザーク機を撃墜 |
+2 or +1 |
| 第30話「アクペリエンス」 | スポット参戦のマリュー機、キラ機、バルトフェルド、エニル機が1機も敵を撃墜せずにステージをクリアする | +1 |
| 第36話「示される明日」 | シン機（NPC）とステラ機が戦闘する シン機（NPC）がステラ機を撃墜する or キラ機でステラ機を撃墜する |
+1 +2 or -1 |
| 第38話「仕組まれた決戦」 | シン機を撃墜してステージをクリアする or キラ機が撃墜されてステージをクリアする |
+1 or -1 |
| 第16話（太平洋）「交差する決意」 | 第3軍キラ機を撃墜する（敵が倒してもOK） | +1 |
| 第43話「運命と自由と」 | 4PPを迎えて前半ステージクリア or シン機でアスラン機を倒してステージクリア |
+1 -1 |
エンディング分岐（エンドポイント）
第59話までに獲得している「エンドポイント」、及び第59話での選択肢によってエンディング内容が分岐。全5種類のエンディングが存在する。このエンドポイントは後述の行動により獲得することができる。
第58話でのエンドポイントが……
| 18以上 | 第59話で選択肢が出現。「全てが元通りになるのを望む」 | 世界が時空分裂の前の状態に戻る「元通りEND」 |
| 第59話で選択肢が出現。「世界の安定を望む」 | 世界が完全に安定する「完全安定END」 | |
| 8～17 | 選択肢なし | 世界がとりあえず安定する「安定END」 |
| 7以下 | 第59話で選択肢が出現。「世界の安定を望む」 | 世界は不安定ながらも崩壊は回避する「不安定END」 |
| 第59話で選択肢が出現。「自分では決められない」 | 最終話が変化。黒歴史が再来する「黒歴史END」 |
黒歴史ENDは久々のバッドエンド。第58話の選択次第でポイントを大きく下げることが可能なので、見ることは簡単である。
逆にエンドポイント18以上が条件の最上級エンドへの到達はかなり厳しい。
（ちなみに最上級だからといって大きく内容が異なるわけではないが、エウレカセブン、アクエリオン系キャラクター、主人公の迎える結末が若干変化する）
エンドポイント
条件発生は第41話以降。全体的にSRポイントより達成条件の厳しいものが多い。
| 第41話「クロス・ポイント」 | エマーン艦以外の敵機を撃墜していない状態で、チラム増援登場 or エマーン艦以外の敵機を全て撃破して、チラム増援登場 桂、オルソンの順でアテナを説得 |
+1 or －1 +1 |
| 第42話「終章開幕」 | 人間爆弾イベント回避成功（後述） | +1 |
| 第43話「運命と自由と」 | 4PPを迎えて前半ステージをクリア or レイ機でアスラン機を撃墜してステージクリア |
+1 or －1 |
| 第44話「舞い降りる太陽」 | ルビーナ生存フラグを満たす（後述） ソルグラヴィオン登場から2ターン以内に人工太陽を撃墜する アクエリオン（形態はどれでも可）で双翅機を撃墜する |
+1 +1 +1 |
| 第45話「遺産の継承者」 | ホランド機、またはジロン機が目標ポイントに到達 味方中立援軍（ティターンズ）が1機も撃墜されずにステージクリア |
+1 +1 |
| 第46話「混迷の中の正義」 | 4ターン以内に敵を12小隊以上撃墜する | +1 |
| 第47話（女）「カウント・ダウン」 | 4ターン以内にデンゼル機とトビー機を撃墜する | +1 |
| 第47話（男）「俺達の行き先」 | ランド機とアサキム機が戦闘する | +1 |
| ノーマルルート | ||
|---|---|---|
| 第48話「裏切りの月光」 | 全ての敵を撃墜してステージクリア | +1 |
| 第49話「絶望の光、希望の灯」 | クワトロ機、カミーユ機、エマ機、ファ機のいずれかを含む小隊がレコア機と戦闘し、両者が生存した | +1 |
| 第50話「私はD.O.M.E.･･････」 | シャギア機とオルバ機（同一小隊）を同時に撃墜 | +1 |
| 第51話「紅い道」 | 両翅機を撃墜 or グレン機を撃墜 |
+1 or －1 |
| 第52話「ゲインオーバー」 | 風見機のHPを2000以下にして捕虜救出イベントを発生させる | +1 |
| ザフトルート | ||
| 第48話「楽園の追放者」 | アラン機を撃墜する | +1 |
| 第49話「幻想のメトロポリス」 | アラン機の撃墜時にベック機がマップ上に存在している | +1 |
| 第50話「ヒトの心、テンシの夢」 | 両翅機を撃墜する or グレン機を撃墜する ステージクリア時に詩翅機がマップ上に存在している |
+1 or －1 +1 |
| 第51話「訣別」 | クワトロ機、カミーユ機、エマ機、ファ機のいずれかを含む小隊がレコア機と戦闘し、両者が生存した | +1 |
| 第53話「月面決戦」 | シャギア機とオルバ機（同一小隊）を同時に撃墜 ギンガナム機のHPを50%以下にする |
+1 +1 |
| 第55話「永遠に輝け、僕らの星よ」 | シャギア機を撃墜 オルバ機を撃墜 ギンガナム機を撃墜 |
+1 +1 +1 |
| ノーマルルート | ||
|---|---|---|
| 第56話「最後の力」 | シン機がマップ上に存在している状態で、ラクスでルナマリアを説得 ルナマリア機を撃墜 ハマーン機を撃墜 |
+1 －1 +1 |
| 第57話「星に願いを」 | 音翅機と頭翅機をどちらも撃墜 | +1 |
| ザフトルート | ||
| 第57話「終末の光」 | 音翅機と頭翅機をどちらも撃墜 | +1 |
| 第58話「メモリーズ」 | 選択肢「メモリーを捨て、シティで生きていく」を選択 | －15 |
黒歴史エンドに進みたい場合、ここでの選択でポイントを一気に下げると確実。
人間爆弾イベント回避（人間爆弾ポイント）
第41話クリアまでに下記のポイントを満たすと、第42話で発生するアキの爆死を回避できる（第33話で発生する浜本の爆死は回避不可）。
人間爆弾ポイントの達成箇所は後述の通り。
第41話クリア時点で、以下を満たしていれば回避成功。
| セツコ（女主人公） | 人間爆弾ポイント7以上 | なし |
| ランド（男主人公） | 人間爆弾ポイント4以上 | ＋SRポイント32以上 |
尚、人間爆弾イベントの回避は、前述のエンドポイント条件の1つでもある。
人間爆弾ポイント
| 第7話「月光、怒りに染めて」 | ステージ開始時に勝平の撃墜数が5機以上 | +1 |
| 第8話「世界の終わる時」 | ブッチャー機を撃墜する | +5 |
| 第28話「しろがねの牙」 | クラーゲンを全機撃墜してマップクリアする | +1 |
| 第33話（周辺警戒）「星が輝く時」 | ステージをクリアする（自動入手） | +3 |
| 第40話「インパクト・アゲイン」 | ブッチャー機を撃墜する | +1 |
| 第40話「崩壊序曲」 | ブッチャー機を撃墜する | +2 |
| 第15話「見えない明日へ」 | 勝平機とブッチャー機が戦闘する ブッチャー機を撃墜する |
+1 +1 |
| 第18話（ガリア）「さらば、我が友よ」 | 敵増援1の出現までに、初期配置のドミラを勝平で2機以上撃墜 | +1 |
倒さなくてもクリアは可能なバンドックを敢えて倒さなければならない場合が多い。本作のバンドックは強敵なので、1周目での条件達成は苦戦を強いられる。
ステラ＆ガイアガンダム（ステラポイント）
セツコルート限定で条件達成可能。第36話でのステラ撃墜までにポイントが一定以上の場合、後半でステラが加入する。条件達成時にはこれと言ったイベントが無いが、第36話クリア後の会話が変化するので成立したかはわかる。
尚、ステラ加入条件の達成は前述のザフトポイント条件の1つでもある。
| 第36話・ステラ撃墜時 | ステラポイント8以上 | 無条件OK |
| ステラポイント7 | SRポイント28以上ならOK | |
| ザフト第51話「訣別」 ノーマル第56話「君の姿、僕の姿」 |
クリア後にステラ＆ガイアガンダム加入 |
ステラポイント
| 第3話（女）「二つの世界」 | ステラ機を撃墜する | +1 |
| 第15話「見えない明日」 | シン機とステラ機が戦闘する スティング機、アウル機、ステラ機を全て撃墜する |
+1 +1 |
| 第26話（女）「ホンコン・シティ」 | シン機とステラ機が戦闘する | +1 |
| 第29話（女）「灼熱の海原」 | シン機でステラ機を撃墜する | +1 |
| 第30話（女）「罪の在処」 | シン機でステラ機を撃墜する フォウ機撃墜時にステラ機がマップに生存している |
+1 +1 |
| 第36話（女）「慟哭の星空」 | シン機でステラ機を撃墜する フォウ機より先にステラ機を撃墜する or ステラ機より先にフォウ機を撃墜したが、フォウ加入フラグを満たしていない |
+1 +3 or +2 |
ステラ機の撃墜が主。
シンでの撃墜指定となっている箇所が多いこともあり、インパルスの重点改造で対応したい。ステラは基本シン狙いなので、戦闘だけが条件のものは簡単に満たせる。
第36話ではポイントが足りていれば、フォウを先に落としてイベントによるステラの気力低下を狙った方が良い。第15話のガンダム3機撃墜はSRポイントとの両立が厳しいので、Gビットを狙ってる人は注意。…そんな人は第36話でSRポイントが28を超えてるはずだからそもそも7ポイントためれば(＝1ポイント逃しても）加入するのだが。ただし2～3ポイント足りない場合はステラを先に撃墜しなければならない。
尚、最後の条件については、MAP兵器でフォウと同時に撃破すると、フォウが先に撃墜された扱いになる。つまり、ステラとフォウの両方で3ポイントとることは不可能。
フォウ＆ギャプラン（フォウポイント）
セツコルート限定で条件達成可能。第36話でのフォウ撃墜までにポイントが一定以上の場合、後のシナリオでフォウが加入する。ステラほどポイントをためなくてもいいので、第36話での条件の関係で、ステラ入手を諦めれば割合簡単に条件を満たせる。しっかり両者のポイントをためてきた人は割りと簡単に、そうじゃない人も第36話での行動次第ではステラとの同時加入も可能。
| 第36話・フォウ撃墜時 | フォウポイント5以上 | 無条件OK |
| フォウポイント4 | SRポイント28以上ならOK | |
| 38話（女）「踊る悪夢」マップ中で増援として登場し、そのまま加入する。 |
フォウポイント
| 第26話（女）「ホンコン・シティ」 | カミーユ機とフォウ機が戦闘する カミーユ機でフォウ機を撃墜する |
+1 +1 |
| 第29話（女）「灼熱の海原」 | カミーユ機でフォウ機を撃墜する | +1 |
| 第30話（女）「罪の在処」 | カミーユ機でフォウ機を撃墜する | +1 |
| 第36話（女）「慟哭の星空」 | カミーユ機でフォウ機を撃墜する ステラ機より先にフォウ機を撃墜する or フォウ機より先にステラ機を撃墜したが、ステラ加入フラグを満たしていない |
+1 +3 or +2 |
カミーユでのフォウ撃墜が主。
第30話までのポイントを取り逃していなければ、2人共仲間にしたい場合第36話の+3ポイントはステラに譲ろう（その分SRポイントは一層きつくなるが）
ティファ加入（ティファポイント）
男主人公の方が入手が楽。
ノーマル第50話またはザフト第52話の時点でティファポイントが一定以上の場合、ティファがガロードのサブパイロットとして登録される。
また、GXの追加武装・Gビット入手にも影響する。
| ノーマル50話「私はD.O.M.E.･･････」 ザフト第52話「黒歴史の真実」 |
ティファポイント4以上 | 無条件OK |
| ティファポイント2以上 | SRポイントが40以上でOK |
ティファポイント
| 第7話（男）「月の女神」 | フィル機撃墜前にシャギア機とオルバ機を撃墜する エニル機を撃墜する |
+1 +1 |
| 第14話「集う異邦人たち」 | ガロードでエニルを説得する エニル機以外の全ての敵を撃墜する（→マップクリア） |
+1 +1 |
| 第27話（男）「15年目の亡霊」 | ジャミル機、またはガロード機でパトゥーリアを撃墜する | +1 |
追加武装「Gビット」
以下の条件を満たすと、ガンダムエックス及びガンダムダブルエックス（及び＋Gファルコン合体型）に追加武装「Gビット」が装着される。
| 第27話（男）「15年目の亡霊」 | ステージクリア時にティファポイント4以上なら、バザーで「ブラックボックスF」を購入可能。 |
| ノーマル第50話「私はD.O.M.E.･･････」 ザフト第52話「黒歴史の真実」 |
ティファがサブパイロットになっている（必須） （男のみ）上記のブラックボックスFを所持 or SRポイント50以上 |
バザーイベントをこなすと、武装が追加される。 |
何気にこのビット入手のSRポイント条件は、本作の全隠し要素中最もキツイ制限である（女主人公の場合。ノーマルルートの場合、第50話までの全SRポイントの入手が必須。ザフトルートでも2つ以上取りこぼすと失敗）。
隠し要素（一般）
ガンダムMk-II (黒)
女主人公限定。リック・ディアス（赤）とは択一入手となる。
- 第3話（女）「二つの世界」にて、エマ機を撃墜せずにステージをクリア。
以上を満たすと、太平洋ルートなら第18話のマップ中にアムロが乗ってくる。ガリアルートなら第19話クリア後に入手。太平洋ルートなら二段階改造が施されている。
鉄甲鬼＆メカ鉄甲鬼
- (1)：第24話「光子力研究所奪還作戦」にて、竜馬と鉄甲鬼が戦闘する。
- (2)：第25話「闇の住処」にて、敵全滅後にゲッターGがマップ中に存在していると、鉄甲鬼との一騎打ちイベントが発生。3ターン以内に勝利すれば、クリア後に加入する。
ディジェ
女主人公限定。入手しないと図鑑に載せられない隠し要素は、今回はこれだけ。
- 第25話「闇の住処」クリア時に、
- 1.カミーユ、クワトロ、アムロ、ブライト、エマ、レコア、アポリー、ロベルト、カツの平均レベル25以上
- 2.アムロとカツの平均撃墜数が25機以上
以上の条件を満たすと、第26話（女）開始時に入手する。
レコア＆パラス・アテネ、サラ＆ボリノーク・サマーン
女主人公限定。全ての条件を満たせば2人同時に加入する。どちらか1人だけ加入する、ということはない（攻略本等では「レコア加入条件とサラ加入条件があり、両方を満たすと2人が同時に加入」という書き方になっている）。
- (1)：第34話（女・ジブラルタル）「偽りの女王、仮面の娘」にて、カツ機とサラ機が戦闘する。
- (2)：第35話（女・ジブラルタル）「戦闘神の影」にて、カミーユ機かカツ機でサラ機を撃墜する。
- (3)：第37話（女）「新地球連邦再編」にて、カミーユ機かカツ機でサラ機を撃墜する。
- (4)：第49話（ノーマル）「絶望の光、希望の灯」 or 第51話（ザフト）「訣別」にて、
- 1.クワトロ機、カミーユ機、エマ機、ファ機のいずれかがレコア機と戦闘
- 2.1の後、カミーユかファでレコアを説得
- (5)：第56話（ノーマル）「最後の力」 or 第56話（ザフト）「君の姿、僕の姿」にて、
- 1.（前述の(3)を満たしていない場合、）カミーユでサラを説得する
- 2.カミーユでレコアを説得する
- 3.シロッコのジ・O撃墜前にサラ機を撃墜しておく
- 4.レコア機は撃墜せず、シロッコ撃破後のイベントで撤退させる
以上全てを満たすと、クリア後に2人が加入する。
アテナ＆ナイキック (アテナ機)
- 第41話「クロス・ポイント」にて、桂でアテナを説得後、オルソンでアテナを説得するとその場で仲間になる。
尚、この条件を満たさなくともクリア後に必ず加入するが、この行動はエンドポイント条件の1つとなっている。
イザーク＆グフイグナイテッド（白）
- (1)：第43話「運命と自由と」にて、キラ機でイザーク機を撃墜する。
- (2)：第48話（ノーマル）「裏切りの月光」にて、アスランでイザークを説得する。
- (3)-1：第56話（ノーマル）「最後の力」にて、(1)か(2)（どちらか片方でOK）を満たした上で、アスランでイザークを説得。成功すればその場で撤退し、クリア後に加入する。
- (3)-2：第56話（ザフト）「君の姿、僕の姿」にて、(1)を満たした上で、アスランでイザークを説得。ノーマル同様にクリア後加入する。
ルビーナ
- 第44話「舞い降りる太陽」にて、NPC味方のルビーナを撃墜されずに脱出させると、クリア後に加入する。
ルビーナは
- (1)人工太陽またはアフロディア機と戦闘
- (2)敵小隊数が17以下になる
- (3)3PP
のいずれかで登場し、
- (1)脱出地点への到達
- (2)アフロディア機撃墜
- (3)ネグロス機撃墜
のいずれかで無事脱出。
その後の展開を考えると、布陣が間に合えばマップ奥のネグロス機を、間に合わなければアフロディア機を撃墜して条件を満たすのがよい。
尚、ルビーナ生存はエンドポイント入手条件の1つとなっている。
レイ＆レジェンドガンダム、タリア＆ミネルバ再加入
ザフトルート限定。ノーマルルートでは再加入不可。
- 第56話（ザフト）「君の姿、僕の姿」にて、
- 1.シンでレイを説得する
- 2.キラ機とレイ機が戦闘する
- 3.1、2を満たした後、シン機でレイ機を撃墜する
以上を満たせば、クリア後にレイ、タリアが再加入する。
ハマーン＆キュベレイ
ザフトルート限定。ザフトルートに進めば第51話クリア後に必ず加入する。
尚、ノーマルルートではハマーンと戦うことになる。撃墜する必要はないが、撃墜によりハロを入手できるチャンスがある。
最終話限定参戦
チャールズ＆レイ
男主人公限定。かつ、分岐でレントン捜索ルートを選ぶ必要がある。
- 第35話（男・レントン捜索）「モーニング・グローリー」にて、
- 1.レントンでチャールズを説得する
- 2.レントンでレイを説得する
- 3.1を満たした後、レントン機でチャールズ機を撃墜する
- 4.2を満たした後、レントン機でレイ機を撃墜する
3、4については、生き残った方が熱血・不屈を使ってくるので注意。
以上を満たせば、男主人公最終話前半で、チャールズとレイが味方増援としてスポット参戦する。
ツィーネ＆カオス・カペル
ツィーネは両主人公で仲間になる。かつ、スポット参戦ではなく正式参戦なので、使用は最終話限定であるが育成や小隊編成も可能。
第59話の時点で、
| エンドポイント15以上 | 無条件でOK |
| エンドポイント7～14 | SRポイント46以上 |
を満たし、かつ
- 1.主人公とツィーネが戦闘し、専用の戦闘前メッセージを発生させる
- 2.主人公でツィーネを説得する
を満たしてからツィーネを撃墜すると、クリア後に加入する。尚、ツィーネには「味方の誰かと戦闘したときの戦闘前メッセージ」と「主人公と戦闘したときの戦闘前メッセージ」が設定されており、前者ではダメなので注意。前者が発生した後に主人公が戦闘すれば後者が発生する（主人公で2回、でもよい）。
アサキム＆シュロウガ
男主人公限定。
- (1)：ツィーネを仲間にしておく
- (2)：最終話前半ステージで、ランド機でアサキム機を撃墜する
以上を満たすと、最終話後半ステージでアサキムがスポット参戦する。
バザー関係
バザーに関連した隠し要素は、基本的に「入手時期が早まる」だけで、結局は入手できるものが多い。例外はGビット、ヤッサバ＆ラッシュロッド、ザブングル2機目、強化パーツ関係。Gビットについては前項を参照。
ヤッサバ＆ラッシュロッド
ラッシュロッドは入手ルート限定、ヤッサバはラッシュロッド入手条件を満たし、かつ男主人公限定。
- (1)：第18話（ガリア）「さらば、我が友よ」クリア後のバザーで、ゲイナー、ゲイン、ガウリ、サラ、ペロー、アデットの撃墜数合計が100機以上の場合、「スクラップ（OM）」を購入可能。
- (2)：(1)を満たしていると、第22話「自分だけのエクソダス」クリア後のバザーで「オーバーコート」を購入可能。購入するとラッシュロッドを入手。
- (3)：(2)を満たしていると、第47話（男）「俺達の行き先」クリア後にヤッサバが加入。
ザブングル2機目
男主人公限定、かつ留守番ルートのみ。このためチャールズ＆レイの最終話スポット参戦とは択一となる。
- (1)：第35話（男・留守番）「オーバー・バトル」にてティンプ機を撃墜すると、クリア後のバザーで「コンピューターコア」を購入可能。
- (2)：(1)を満たしていると、第45話「遺産の継承者」クリア後のバザーで「高性能ガソリンエンジン」を購入可能。購入すると2機目のザブングルを入手。尚、1機目のザブングルの改造段階を引き継ぐ。
TFO
第15話で早期入手可能。満たさなかった場合、第24話で入手。
- (1)：第13話「立ち上がれ、宇宙の戦士！」にて、ダブルスペイザーが攻撃を食らった場合、クリア後のバザーで「超合金NZのかけら」を購入可能。
- (2)：(1)を満たしていると、第15話「見えない明日へ」クリア後のバザーで「慣性制御工学マニュアル」を購入可能。購入するとTFOを入手。
強攻型アクエリオン
ノーマル第51話、またはザフト第48話で早期入手可能。満たさなかった場合、ノーマル第53話、またはザフト第53話で入手。
- (1)：ザフトルートの場合。第48話「楽園の追放者」にて、アクエリオンオメガ、アクエリオンデルタを撃墜した上でマップクリアすると、クリア後のバザーで「ベクターマシン」を購入可能。購入すると強攻型アクエリオンを入手。
- (2)：ノーマルルートの場合。第51話「紅い道」にて、アクエリオンオメガ、アクエリオンデルタを撃墜した上でマップクリアすると、クリア後のバザーで「ベクターマシン」を購入可能。購入すると強攻型アクエリオンを入手。
追加武装「メガ・バズーカ・ランチャー」
百式の追加武装で、第19話（太平洋）にて早期入手可能。満たさなかった場合、第33話（ジブラルタル）クリア後に入手（他ルートの場合は再加入時に追加されている）。
- (1)：第15話「見えない明日へ」において、クワトロが3機以上敵機を撃墜すると、クリア後のバザーで「大容量エネルギーパック」を購入可能。
- (2)：(1)を満たしていると、第19話（太平洋）「よみがえる翼」クリア後のバザーで「メガコンデンサー」を購入可能。購入するとメガ・バズーカ・ランチャーが追加。
追加武装「グレートブースター」
グレートマジンガーの追加武装で、女主人公限定で第36話（女）で早期入手可能。満たさなかった場合、第40話（女）クリア後に入手（他ルートの場合は再加入時に追加されている）。
- (1)：第24話「光子力研究所奪還作戦」にて、ボスの所属する小隊が特定のポイント（光子力研究所の西側辺り。OK範囲は結構広い）に入るとイベント発生。このイベント自体は男主人公でも発生するが無意味。
- (2)：(1)を満たしていると、第36話（女）「慟哭の星空」クリア後に「光子力研究レポート」を購入可能。購入するとグレートブースターが追加。
強化パーツ「鋼の魂」
男主人公限定。かつルート限定。
- (1)：第7話（男）「月の女神」シャギア機またはオルバ機のいずれかを撃墜していると、クリア後のバザーで「シルバーアクセ」を購入可能。
- (2)：(1)を満たしていると、第19話（ガリア）「建国のブリザード」クリア後のバザーで「化粧道具」を購入可能。
- (3)：(2)を満たしていると、第47話（男）「俺達の行き先」クリア後のバザーで「花束」を購入可能。
- (4)：(3)を満たしていると、第49話（ノーマル）「絶望の光、希望の灯」または第53話（ザフト）「月面決戦」クリア後のバザーで鋼の魂を入手（バザーに入ると自動的に入手）。
強化パーツ「勇者の印」
男主人公限定。
- (1)：第8話（男）「天翅の記憶」にて、アポロ機とジロン機がいずれも敵機を撃墜した場合、クリア後のバザーで「トカゲのくんせい」を購入可能。
- (2)：(1)を満たしていると、第23話「百鬼の挑戦状」クリア後のバザーで「納豆」を購入可能。
- (3)：(2)を満たしていると、第28話（男）「魂のコスプレイヤー」クリア後のバザーで「大トカゲのくんせい」を購入可能。
- (4)：(3)を満たしていると、第39話（男）「スタート・イット・アップ」クリア後のバザーで勇者の印を入手（バザーに入ると自動的に入手）。
強化パーツ「ハロ」
男主人公限定。かつルート限定。
- (1)：第16話（ガリア）「特異点」クリア後のバザーで「ray=out創刊号」を購入可能。
- (2)：(1)を満たしていると、第20話「ウソのない世界」クリア後のバザーで「サイン入りディスク」を購入可能。
- (3)：(2)を満たしていると、第35話（男・レントン捜索）「モーニング・グローリー」クリア後のバザーで「レアなウィール」を購入可能。
- (4)：(3)を満たしていると、第52話（ノーマル）「ゲインオーバー」または第50話（ザフト）「ヒトの心、テンシの夢」クリア後のバザーでハロを入手（バザーに入ると自動的に入手）。
強化パーツ「堕天翅の翅」
男主人公限定。
- (1)：第26話（男）「イントゥ・ザ・ネイチャー」にて桂機とグローマで8機以上敵機を撃墜した場合、クリア後のバザーで「ホンコン土産のビデオ」を購入可能。
- (2)：(1)を満たしていると、第29話（男）「アウトサイダー」クリア後のバザーで「エマーン土産のペナント」を購入可能。
- (3)：(2)を満たしていると、第30話（男）「アクペリエンス」クリア後のバザーで「チラム製のバイク」を購入可能。
- (4)：(3)を満たしていると、第41話「クロス・ポイント」クリア後のバザーで堕天翅の翅を入手（バザーに入ると自動的に入手）。
その他追加武装
その他の追加武装系は、バザー関係と同様、基本的に「早期入手可能」なだけのものが多い。ただし、バルディロイザーとFダイナミックスペシャルは条件を満たさないと入手不可。
追加武装「バルディロイザー」
バルディオスの追加武装。以下のいずれかの条件を満たすと、イベントが発生しその場で入手。いずれも満たさなかった場合は入手不可。
- (1)：第44話「舞い降りる太陽」にて、マップ上にバルディオスが存在している状態で、規定ターン以内に人工太陽を撃墜した
- (2)：第54話「魂の凱歌」にて、マップ上にバルディオスが存在している状態でガットラー機を撃墜した
追加武装「Fダイナミックスペシャル」
ダイナミック系4機の合体攻撃。ザフトルートの場合は49話で必ず追加。ノーマルルートの場合、
- 第53話（ノーマル）「歪んだ裁き」にて、マップ上にマジンガーZ、グレートマジンガー、グレンダイザー、ゲッターGが存在している状態でベガ大王機を撃墜すると、イベントが発生しその場で追加。
追加武装「フライングアーマー突撃」
ガンダムMk-II(白)の追加武装。女主人公のみ早期入手可能だが、入手条件を満たさなくてもクリア後までには必ず追加されるので、特段意味はない。男主人公の場合、初登場時に既に追加されている。
- 第8話（女）「世界が終わる日」にて、カミーユ機でライラ機を撃墜するとイベント発生で入手。入手しなかった場合、クリア後に追加。
追加武装「Oサンダー」＆「プラズマ・ギミック」
ビッグオーの追加武装。男主人公のみ早期入手可能だが、入手条件を満たさなくてもクリア後までには必ず追加されるので、特段意味はない。女主人公の場合、再加入時に追加されている。
- 第34話（男・レントン捜索）「ストレンジ・コンタクト」にて、ロジャー機とベック機が戦闘後、両者が生存するとイベント発生で入手。入手しなかった場合、クリア後に追加。
- 第35話（男・留守番）「オーバー・バトル」にて、ロジャー機とシンシア機が戦闘後、両者が生存するとイベント発生で入手。満たさなかった場合、3PPに強制追加。
追加武装「ファイナルステージ」
ビッグオーの追加武装。ザフト第49話、またはノーマル第53話で早期入手可能。満たさなかった場合、第58話で入手。
- 第49話（ザフト）「幻想のメトロポリス」または第53話（ノーマル）「歪んだ裁き」にて、マップ上にビッグオーが存在している状態でアラン機を撃墜するとイベント発生で入手。
Ζガンダム強化
Ζガンダムに特殊能力の「バイオセンサー」が追加され、武装「ビーム・サーベル（ハイパー）」、「突撃」が装備される。早期入手しなかった場合、56話クリア後に強化される。
- 第49話（ノーマル）「絶望の光、希望の灯」または第51話（ザフト）「訣別」にて、カミーユ搭乗のΖガンダム（ウェイブライダー）を含む小隊でヤザン機を撃墜した場合、イベント発生で入手。
- 第56話（ノーマル）「君の姿、僕の姿」または第56話（ザフト）「最後の力」にて、同条件を満たすとその場で入手。いずれも満たさなかった場合、クリア後に入手。
ランド編・セツコ編毎のまとめ
- ランド編（男主人公）
- バザー関連で簡単に入手できる隠し要素が豊富で、戦力は充実しやすい。
- 強化パーツを全て入手するため、分岐は「（第16話～）ガリア大陸」、「（第33話～）レントン捜索」を推奨。
- （ただしザブングル2機目とは択一になる）
- ヤッサバ加入はランド編のみ。また、ティファ＆Gビット入手もランド編の方がやりやすい。
- 最終話でのアサキム加入、チャールズ＆レイ加入もランド編のみ。
- セツコ編（女主人公）
- 『Ζ』、『SEED DESTINY』関係の隠し要素の多くはセツコ編のみだが、入手難度は高め。
- ステラ加入、フォウ加入、レコア＆サラ加入、ディジェ入手等。
- ザフトポイントはセツコ編の方が入手チャンスは多い。しかし条件が厳しいものも多い（キラ撃墜など）。
- 人間爆弾イベントの回避はセツコの方がやりやすい（→エンドポイントが1ポイント分、若干入手しやすい）。
基本的に、隠しキャラはセツコの方が多く仲間になる（ランドはヤッサバと、最終話スポットのアサキム、チャールズ＆レイのみ）。
| ランド編 | セツコ編 | |
|---|---|---|
| ザフトポイント | 厳しい | 厳しい （入手条件は多い） |
| エンドポイント | 厳しい | 厳しい （ランド編比較では少しだけ入手しやすい） |
| 人間爆弾ポイント | 厳しい | 比較的入手しやすい |
| ステラ | × | 可能 |
| フォウ | × | 可能 |
| ティファ | 楽に可能 | 可能 |
| Gビット | 楽に可能 | 非常に厳しい |
| ガンダムMk-II | × | 可能 |
| ディジェ | × | 可能 |
| レコア＆サラ | × | 可能 ジブラルタル限定 |
| ザブングル2機目 | 可能 | × |
| ヤッサバ | 可能 ガリア限定 |
× （ラッシュロッドはガリア限定で入手可能） |
| 強化パーツ・鋼の魂 | 可能 ガリア限定 |
× |
| 強化パーツ・勇者の印 | 可能 | × |
| 強化パーツ・ハロ | 可能 ガリア、レントン捜索限定 |
× |
| 強化パーツ・堕天翅の翅 | 可能 | × |
| チャールズ＆レイ （スポット参戦） |
可能 レントン捜索限定 |
× |
| アサキム （スポット参戦） |
可能 | × |
その他の隠し要素は、ランドとセツコで入手難度に大きな違いはない（追加武装の早期入手については省略）。