隠し要素/MX

本作の隠し要素はシリーズ全体で見るとかなり少ない部類に入る。特にそれなりに容量などが発展したプレイステーション2としてみると破格の少なさになっている。 また、味方データの存在するパイロットはアルベロを除き全て無条件で加入するため、隠しパイロットはいない。

隠し要素

量産型グレートマジンガー

入手条件とタイミングは2つあり、以下のどれかを満たせば入手できる。

• 「かつて誓った平和のために」において、ボスボロットに乗ったボスでバレンドス親衛隊長が乗っていない量産型グレートを一機撃墜する。
• 上記の条件を満していない状態でシナリオ「一輪の花と緑の星と」に突入時、鉄也の撃墜数が50未満の場合。

1つ目を満たせばボスがお持ち帰り(鹵獲)する形でその場で入手し、2つ目は科学要塞研究所から送られてきたという説明付きで入手する。

なお2つ目の条件で入手した場合、出撃前の準備画面で改造等ができるため、入手して即戦力として導入は可能である。

ブラック・グレート

• 量産型グレートを入手しており、なおかつシナリオ「一輪の花と緑の星と」に突入時、鉄也の撃墜数が50以上。

以上の条件を満たすと科学要塞研究所から送られてくる機体が本機であるブラック・グレートに変わる。

逆に言うと、「かつて誓った平和のために」において、ボスボロットに乗ったボスで量産型グレートを撃墜せずに、鉄也の撃墜数が50以上の場合、量産型グレートもブラックグレートも手に入らなくなってしまう

フルアーマー電童

2回目の宇宙ルート限定

• 「虹を超えて」において、アルデバラン内部に最初に電童を侵入させる。
• クリア条件の扉を電童で破壊。
• 銀河と北斗の合計撃墜数が40以上。

以上の条件を全て満たすと、第35話「Bye-Bye Jupiter」から換装可能になる。

ディジェSE-R

• 「冥府への扉」開始時、ジュドー・ルー・ビーチャ・モンド・エル・イーノ・プル・プルツーのレベル平均が25以上の場合、援軍のカミーユがリ・ガズィの代わりに乗って参入する。

隠し強化パーツ

• 「希望、それは最後のGEAR」の増援で出てくるゼロは倒しても無限に復活するが、倒し続けると4回目程度でゼロが「その熱意に敬意を表するとしましょうか」と発言して、強化パーツのハロとミノフスキークラフトが1つずつ手に入る。（コンテナや入手メッセージは出ない）所謂やりこみボーナスの類。

隠し要素をすべて満たしたいなら序盤はガンダム系パイロットだけに経験値を与え、最初の分岐は地上ルートを選んで鉄也の撃墜数をひたすら稼ぐ。その後に宇宙ルートを選んで銀河と北斗の撃墜数を稼げばいい。