ワンダースワンで発売された。全3部作。2と付いてはいるものの『スーパーロボット大戦COMPACT』とのシナリオの繋がりは無い。
フラグコンバートシステムというソフト間でのデータ引継ぎにより隠し要素や登場機体等に変化が出るようになっていた。
| 作品 | 発売日 |
|---|---|
| スーパーロボット大戦COMPACT2 第1部 地上激動編 | 2000年3月30日発売。 |
| スーパーロボット大戦COMPACT2 第2部 宇宙激震編 | 2000年9月14日発売。 |
| スーパーロボット大戦COMPACT2 第3部 銀河決戦編 | 2001年1月18日発売。 |