時獄篇
IFルート＆関連イベント
Zシリーズ定番となる隠しルート。
49話クリア時に後述する「IFポイント」が5以上であった場合、選択肢が出現し「運命に抗う」を選択するとこちらへ進める。
今回は分岐は50話～54話のみであり、エンディングの展開も変化しない。
過去作と同じく2周目以降は無条件で選択肢出現。
IFポイント獲得条件
獲得時のポイント上昇数はすべて+1。複数の条件がある場合はすべてを満たす必要あり。
| ステージ | 行動 |
| 「つながる絆」 | 機械獣軍団・アルテア軍の出現前に第6の使徒を撃墜 |
| 「永遠の輪舞曲」 | カレン、カトル、トロワで五飛を攻撃せず、ヒイロだけで五飛を撃墜 |
| 「涙の行方」 「堕ちた巨人」 |
ジンがカグラと戦闘する |
| 「故郷に舞う風」 | 刹那orゼロで五飛を説得 |
| 「フィフス・ルナ攻防戦」 | サザビーを撃墜する |
| 「グーラの戦い」 | 正太郎でグーラを2回説得する |
| 「灯火を集めて」 | （1）：正太郎→グーラ or グーラ→正太郎へ援護攻撃を行う （2）：シナリオクリアまでにグーラが敵ユニットを3機以上撃墜する |
| 「触れ得ざる者」 | キリコのみでテイタニアを撃墜する |
| 「ラプラスの遺骸」 | （1）：ダグザの撃墜数を80以上にする （2）：ユニコーンガンダムのNT-D発動イベント後、バナージがハマーンおよびフロンタルと戦闘する ※後述のダグザ生存フラグと共通 |
| 「二つの赤い彗星」 | 会話選択肢で「シャアを信じてみる」を選択 |
| 「奈落への入り口」 | 正太郎でグーラを説得 |
| 「暗黒の神ミケーネ」 | シナリオ終了時にギュネイ、クェス、マリーダの合計撃墜数が225機以上 |
| 「重力の井戸の底で」 | バナージでロニを撃墜する |
| 「生命の選択」 | 会話選択肢で「3号機と戦う」を選択 |
| 「アタリとハズレ」 | ミコノとゼシカがそれぞれ戦闘に参加する |
| 「開かれる扉」 | ガドライトを撃墜する |
パーツ関連
記述中のマップスクエア座標は左上隅を「横00，縦00」として数える。
補助GNドライブ
- 8話「戦うボーイ・ミーツ・ガール」でヒビキを横28，縦24のスクエアに待機させる。
スーパーリペアキット
- 28話「闇の詩」で主人公機の所属チームを「横03, 縦03」のスクエア（ゼニトリーのいた場所）に待機させる。
資金50000
- 32話「忘却の霧の中」で自軍チーム（どれでも良い）を「横14, 縦03」のスクエア（ベックがいた場所）に待機させる。
超合金Z
- 45話「暗黒の神ミケーネ」で甲児を「横29, 縦15」のスクエア（市民がいた場所）に待機させる。
カミナのサングラス
- 48話3号機実験ルート「禁断の領域」でキタン、ヨーコ、ダリーもしくはギミーをそれぞれASIと戦闘させる。
もしくは48話3号機凍結ルート「再来する絶望」でヒビキ（ジェニオン・ガイ搭乗）とアドヴェントをそれぞれガドライトと戦闘させる。
資金100000
- 49話「開かれる扉」でガドライトを撤退させずに撃墜する。
機体＆パイロット関連
クシャトリヤ残留
- （1）：45話終了までにマリーダ、クェス、ギュネイの総撃墜数を225以上にする。
- （2）：46話の分岐でメリダ島ルートを選択する。
ダグザ生存
- 40話までにダグザの撃墜数を80以上にする。
- 40話「ラプラスの遺骸」でNT-D発動後バナージとフロンタル、ハマーンの戦闘前会話を発生させる。
- 2周目以降は無条件で生存。よってダグザの死亡イベントも1周目限定となる。
アスカ残留
- 46話の分岐で日本ルートを選択。
- 「EVA3号機の起動実験を凍結させる」を選択する。
シュレード生存・ジン生存・ジン生存加入
49話終了時の分岐で運命抵抗ルートへ進む。
クェス&ヤクト・ドーガ
- （1）：55話までに下記の「クェスポイント」が+3以上（1周目限定） 。
クェスポイント
| ステージ | 行動 | ポイント |
| 「フィフス・ルナ攻防戦」 | シャア出現前にハサウェイでクェスを説得 | +2 |
| 「フィフス・ルナ攻防戦」 | シャア出現後にハサウェイでクェスを説得 | +1 |
| 「二つの赤い彗星」 | ハサウェイで敵ユニットを撃墜 | +1 |
| 「残された時間」 | ハサウェイでクェスを説得 | +1 |
| 「開かれた扉」 | シナリオ終了時にIFポイントが+5以上 | +2 |
- （2）：56話でハサウェイでクェスを説得する。
- 2周目以降は（2）だけで加入条件達成。
ボン太くん
- （1）：9話にてボン太くんで敵ユニットを3機以上撃墜する（両ルート共通）。
- （2）：17話にてボン太くんで敵ユニットを3機以上撃墜する（両ルート共通）。
- （3）：42話Aにてボン太くんでゲイツ機を含む敵ユニットを2機以上撃墜する or 42話Bにてボン太くんでボスボロットを撃墜する。
コーラサワー&GN-X IV
- （1）：コーラサワーのスポット参戦時に撃墜数を稼ぐ。
・宇宙部隊ルート13話「戦乱のプレリュード」 ・メリダ島ルート48話「重力の井戸の底で」
- （2）：46話の分岐でメリダ島ルートを選択する。
- （3）：48話までに刹那、ロックオン、アレルヤ、ティエリア、スメラギの総撃墜数を350以上にする。
- 2週目以降はルート選択にかかわらず無条件で加入。
サーペント
- （1）：21話前半MAPにてカレン、カトル、トロワで五飛を説得する。
- （2）：21話後半MAPにてノインとヒルデで敵ユニットを5機以上撃墜する。
- （1）、（2）を満たせば21話終了後のDトレーダーにて販売と同時に200Zボーナス入手。
バイアラン・カスタム
- （1）：45話終了後の分岐でメリダ島ルートを選択。
- （2）：48話「重力の井戸の底で」までにカミーユ、エマ、カツ、ファの総撃墜数を240以上にし、かつカミーユがエース（80以上）となっている。
- 条件を満たせば48話開始時にフォウが搭乗している。
※条件を満たさない場合はリ・ガズィ(2機目)に搭乗している。
- 2周目以降は条件を満たせていれば日本ルート選択時でも入手可能。
ジュアッグ
- （1）：45話終了後の分岐でメリダ島ルートを選択。
- （2）：48話「重力の井戸の底で」までにアムロの撃墜数を80以上にする。
- （3）：（1）、（2）を満たした状態で48話で出現するジュアッグをすべてアムロで撃墜する。
- 条件を満たしていればアムロの台詞が発生し、48話終了後のDトレーダーにて販売され、更に100Zボーナス入手。