困難ルート＆関連イベント
Zシリーズと同様、終盤で分岐する隠しルート。
- 第47話でヤマトが波動砲を使用
- 第49話クリア時点でエースパイロット25人以上、かつグレートエースがいる
以上の条件を満たしていると、第50話開始時に選択肢が発生(2周目以降は無条件)して「これからも困難が待ち受けていると思う」を選択するとこちらへ進める。
このルートに進むと取り逃した隠し要素をいくつか自動入手出来、さらに第50話でフル・フロンタル&ネオ・ジオングが増援として登場、そのまま加入する。最終話ではヤマトの波動砲が再解禁される。
自動入手される要素
- フルアーマーΖΖガンダム
- Ξガンダム（ミサイルポッド装備）
- ナデシコC追加武装「相転移砲」
以上は50話開始時のシナリオデモで入手。
以上は50話のステージ中に加入。
シークレットシナリオ関連
本作で新たに追加された隠しシナリオで、条件を満たすと特定の話と話の間に割り込む形で発生する。「シークレットシナリオ」内ではSRポイントを入手することはできないが、それ以外は普通のシナリオ同様で経験値や資金は入手可能。終了後に新たなサブオーダーの受注も可能。
黒い勇者特急(ブラックマイトガイン)
- 第17話までに旋風寺舞人、ガードダイバー、トライボンバーの合計撃墜数を一定以上にする。アンジュ捜索ルートの場合は60機、日本帰還ルートの場合は50機。
- 条件を満たすと、第17話の後にシークレットシナリオ「黒い勇者特急」が発生し、第28話でマイトカイザーと同時に加入。
想いの形(ボン太くん追加武装付先行加入)
- 第27話クリアまでに相良宗介の撃墜数が40以上、かつ宗介を含むミスリルメンバー5人の合計撃墜数が100以上
- 条件を満たすと、第27話の後にシークレットシナリオ「想いの形」が発生し、クリア後に入手。
- こちらで入手した場合のみ、武装に「ボン太くん突貫」が追加される。
シ者、来訪(EVA第13号機&渚カヲル)
- 第39話に登場する第9の使徒、第10の使徒を碇シンジで撃墜。同シナリオクリアまでにシンジがエースになっている場合は片方だけでよい。
- シンジの援護攻撃で撃墜した場合は、不可（？）
- 条件を満たすと、第39話の後にシークレットシナリオ「シ者、来訪」が発生し、クリア後に入手。
長き旅路を支えるもの
機体＆パイロット関連
フラグの大半が第28話分岐後の宇宙世紀ルートに纏められているため、2周目以降はこちらに進むと全ての隠し要素を取ることができる。
ブラックマイトガイン
- シークレットシナリオ「黒い勇者特急」を発生させる。
- 実際に加入するのは西暦世界ルート28話。条件を満たしていれば宇宙世紀世界ルートでも合流時に加入している。
サベージ (クロスボウ)
- 第28話からのルート分岐で宇宙世紀ルートを選択。
- 宇宙世紀ルート31話でサベージに乗った宗介が敵を最低1機撃墜。
- 条件を満たすと、宇宙世紀ルート31話クリア後に、相良宗介の乗り換えオプションとして加入。
ボン太くん（先行加入&追加武装）
ツヴァルケ&メルダ・ディッツ（先行一時加入）
- 第8話にスポットで出てくるメルダ・ディッツが敵を最低1機撃墜。
- 第28話からの分岐で宇宙世紀ルートを選択。
- 宇宙世紀ルート第28話で山本玲でメルダを撃墜する。クリア後は新正暦世界に帰還するまでの間一時加入する。
- 第47話では上述の条件に関わらずに（再）加入する。
フルアーマーΖΖガンダム/ガランシェール&スベロア・ジンネマン
この二つの要素は以下のポイントが共通で関与している。
フルアーマーΖΖガンダム
- 第35話クリア時にポイントを3以上獲得
- ジュドー・アーシタをエースにする
- 第35話インターミッションまでにΖΖガンダムのカスタムボーナスを獲得
- 条件を満たすと第36話で入手。入手できなくとも、困難ルートへ進めば自動入手。
ガランシェール
- 38話クリア時にポイントを6以上獲得
- 条件を満たすと、宇宙ルート第37話スポット参戦時にそのまま正式加入。
- 条件を満たせば、他のルートを通った場合でも加入可能。
| ステージ | 行動 | ポイント |
| 合流ルート第23話「開かれた扉」 独自ルート第23話「赤い海と戦いの大地」 |
ジュドーとマリーダが戦闘する | +1 |
| 同上 | バナージとマリーダが戦闘する | +1 |
| 同上 | バナージでマリーダを撃墜する | +1 |
| 合流ルート第25話「孤立」 独自ルート第25話「メリダ島の危機」 |
ジュドーとマリーダが戦闘する | +3 |
| 同上 | プルorプルツーとマリーダが戦闘する | +1 |
| 同上 | バナージでマリーダを撃墜する | +1 |
| 宇宙世紀世界ルート第31話「灼熱のダカール」 | プルorプルツーとプルトゥエルヴが戦闘する | +2 |
| 宇宙世紀世界ルート第32話「戦場のクロスハート」 | ジュドーorプルorプルツーでプルトゥエルヴを説得する | +2 |
| 同上 | バナージでプルトゥエルヴを説得する | +1 |
| 第36話「星を継ぐ者」 | バナージorマリーダとリディが戦闘する | +1 |
| 同上 | マリーダでリディを撃墜する | +2 |
| 同上 | バナージでリディを撃墜する | +1 |
| 宇宙ルート第37話「宇宙をかける想い」 | バンシィ・ノルン(デストロイモード)を撃墜する | +2 |
ナデシコC追加武装「相転移砲」
- 第37話までにホシノ・ルリがエースになっていれば追加。
- 入手できなくとも、困難ルートへ進めれば自動入手。
Ξガンダム追加武装「ミサイルポッド」(1周目）
- 宇宙世紀ルート31話でハサウェイ・ノアとレーン・エイムが戦闘し、初戦闘時に両者とも撃墜されなければ宇宙ルート38話で追加(他ルートの場合は合流時)。
- 入手できなくとも、困難ルートへ進めば自動入手。
- 2周目以降は無条件で入手。
α・アジール
- 第28話からのルート分岐で宇宙世紀ルートを選択。
- 宇宙世紀ルート31話にてバナージとハサウェイで暴走状態のロニと戦闘。バナージで撃墜。
- 37話からの分岐で宇宙ルートを選択。
- 宇宙ルート38話にてバナージかハサウェイでロニを説得。（ここまでの条件を満たしていない場合、説得コマンドが出現しない？）バナージかハサウェイでロニを撃墜。
- 条件を満たすと、宇宙ルート第38話で入手。
- 入手できるのは機体のみ。ロニは仲間にならず、宇宙世紀系のパイロットに乗り換えをせないと出撃できない。
レイジア&ジル(1周目)
- 第35話でアンジュ、ヒルダ、ヴィヴィアン、ロザリーの誰かとサリア、エルシャ、クリスが戦闘する。
- 西暦世界ルート第37話でアンジュがサリア、エルシャ、クリスの全員、ヒルダかロザリーがクリスと戦闘する。
- 同ルート38話でサリアをジルで撃墜する。
- 条件を満たせばジルが死亡せず正式加入する。2周目以降は無条件で加入。
EVA第13号機&渚カヲル
ペーネロペー&レーン・エイム
- 以下の行動で得られるポイントを2以上獲得すると、第40話開始時に加入。加算はすべて1。
| ステージ | 行動 |
| 独自ルート第24話「岐路」 | ハサウェイをΞガンダムに乗せて出撃させ、生存させたまま味方増援の出現イベントを見る |
| 同上 | ハサウェイでレーンを撃墜する |
| 宇宙世紀世界ルート第30話「変わりゆく世界」 | ハサウェイでレーンを撃墜する |
| 同上 | 味方増援のレーンが撃墜されずにシナリオをクリアする |
| 同ルート第31話「灼熱のダカール」 | ハサウェイとレーンが戦闘し、両者ともに撃墜されない |
| 宇宙ルート第37話「宇宙をかける想い」 | ハサウェイでレーンを撃墜する |
- 入手できなくとも、困難ルートへ進めば自動入手。
バイアラン・カスタム&ジェリド・メサ、ハンブラビ&ヤザン・ゲーブル
- 以下の行動で得られるポイントを3以上獲得すると、第40話開始時に加入。加算はすべて1。
| ステージ | 行動 |
| 独自ルート23話「赤い海と戦いの大地」 | 味方増援のジェリドで敵を撃墜する |
| 同上 | 味方増援のヤザンで敵を撃墜する |
| 独自ルート24話「岐路」 | カミーユでジェリドを撃墜する |
| 同上 | ジュドーでヤザンを撃墜する |
| ロンド・ベルルート25話「孤立」 | アムロ、ジュドー、バナージ、ハサウェイのいずれかでジェリドを撃墜する |
| 同上 | 同条件でヤザンを撃墜する |
| 宇宙世紀ルート30話「変わりゆく世界」 | 味方増援のジェリド、ヤザンの両方が敵を撃墜する |
| 36話「星を継ぐ者」 | カミーユでジェリドを撃墜する |
| 宇宙ルート37話「宇宙を駆ける想い」 | カミーユでジェリドを撃墜する |
| 同上 | カミーユかジュドーでヤザンを撃墜する。SRポイントの関係上、カミーユにマルチアクションでジェリドとヤザンを両方撃墜させるのがよい |
- 入手できなくとも、困難ルートへ進めば自動入手。
ラファエルガンダム残留
- 第43話からのルート分岐でヤマトルートを選択。
- ヤマトルート43話のクリア後選択肢で残留させる。
ネオ・ジオング&フル・フロンタル
- 通常ルートでは36話でバナージ、アムロ、カミーユでそれぞれフロンタルと戦闘。その後バナージで撃墜する。51話のステージ中に加入。
- 困難ルートでは50話のステージ中に無条件で加入。
ヴァングレイII&サブ主人公
- 第48話でサブ主人公を大型ELS撃墜より前に主人公機で撃墜する。
- 第49話のステージ中に加入。
パーツ関連
超合金Z
- 第28話からの分岐で宇宙世紀ルートを選択。
- 宇宙世紀ルート29話でボスボロットを出撃させ、マップ北側にあるくろがね屋の敷地内にボスボロットを待機させる。
その他
胡蝶フラグ
- 西暦世界ルート第28話でブラックサレナを出撃させ、イベント発生まで撃墜されない（戦艦搭載は可）。α・アジールとは両立不可。フラグ未成立の場合は困難ルートのEDに再登場する。