本作は味方ユニットの数が母艦を除いて最大10機の制限があるために、説得して味方にしてもすぐに離脱してしまうケースが非常に多い。CB版では制限は撤廃されたが、やはり途中離脱するユニットは少なくない。
隠し要素
ゲッターQ＆早乙女ミチル
第2話「謀略の町」において、敵として登場するゲッターQを3EPまで撃墜せずにおくと、4PPでNPCとして自軍に参入。CB版では最後まで残留。
Gパーツ（Gファイター）
CB版限定。第2話「謀略の町」において、（横41：縦1）の位置にアムロを移動させるとカイが登場。加入はしないがクリア後ガンダムがGアーマーに変形可能になる。
エルメス＆ララァ
第3話「ダカールの制圧」において、アムロでララァを説得すると自軍に加入するが、第7話「決闘！！ラインX1」クリア後に離脱する。
メカ胡蝶鬼＆胡蝶鬼
- 第6話「敵要塞を破壊せよ！」において、メカ胡蝶鬼のHPが200以下（CB版ではHP1/3以下）の状態で竜馬で胡蝶鬼を説得すると自軍に加入するが、第8話「マ・クベの罠」クリア後に離脱する。
- 前述の状態になる前も説得コマンドは表示されるが失敗し、その後二度と説得できなくなる(コマンドが表示されない)。
ミネルバX
第8話「マ・クベの罠」において、甲児でミネルバXを説得すると自軍に加入するが、第9話「復讐の風」クリア後に離脱する。
サイコガンダム＆フォウ
第10話「マリオネット・フォウ」において、カミーユでフォウを説得すると自軍に加入するが、第13話「シロッコの影」クリア後に離脱する。
キュベレイMk-II＆プル
- 第13話「シロッコの影」において、ジュドーでプルを説得する。
- 第17話「ソーラレイ発動」において、ジュドーでプルを2回説得すると、自軍に加入する。
クィン・マンサ
FC版：プルが自軍にいる状態で第24話「ギルギルガンの亡霊」をクリアすると、プルがキュベレイMk-IIからクィン・マンサに乗り換える。
CB版：第24話「ギルギルガンの亡霊」でプルが(36,16)の町に待機。クリア後入手。
サイコガンダムMk-II＆プルツー
- 第19話「月面の死闘」において、プルツーがプルを撃墜する（この時点でプルは死亡）。
- 第22話「大気圏突入」において、ジュドーでプルツーを説得すると、自軍に加入する。
ビギナ・ギナ＆セシリー
- 第16話「脱出」において、シーブックでセシリーを説得する。
- その後、セシリーを撃墜せずに同マップクリア
- 第25話「ラストバタリオン再び」において、シーブックでセシリーを説得すると、NPCとして自軍に加入する。
CB版では脱出でセシリーを説得も撃墜もせず、ラストバタリオン再びでシーブックでセシリーを2回説得した場合も加入。ただし16話は強力な敵ユニットが多いため、逃げるにしろ戦うにしろ後で仲間にするならこの時点で説得して無力化させておいた方が無難。