困難ルート＆関連イベント
Zシリーズと同様、終盤で分岐する隠しルート。
- 第47話でヤマトが波動砲を使用
- 第49話クリア時点でエースパイロット25人以上、かつグレートエースがいる
以上の条件を満たしていると、第50話開始時に選択肢が発生(2周目以降は無条件)して「これからも困難が待ち受けていると思う」を選択するとこちらへ進める。
このルートに進むと取り逃した隠し要素をいくつか自動入手出来、さらに第50話でフル・フロンタル&ネオ・ジオングが増援として登場、そのまま加入する。最終話ではヤマトの波動砲が再解禁される。
自動入手される要素
- フルアーマーΖΖガンダム
- Ξガンダム（ミサイルポッド装備）
- ナデシコC追加武装「相転移砲」
以上は50話開始時のシナリオデモで入手。
以上は50話のステージ中に加入。
シークレットシナリオ関連
本作で新たに追加された隠しシナリオで、条件を満たすと特定の話と話の間に割り込む形で発生する。「シークレットシナリオ」内ではSRポイントを入手することはできないが、それ以外は普通のシナリオ同様で経験値や資金は入手可能。終了後に新たなサブオーダーの受注も可能。
黒い勇者特急(ブラックマイトガイン)
- 第17話までに旋風寺舞人、ガードダイバー、トライボンバーの合計撃墜数を一定以上にする。アンジュ捜索ルートの場合は60機、日本帰還ルートの場合は50機。
- 条件を満たすと、第17話の後にシークレットシナリオ「黒い勇者特急」が発生し、第28話でマイトカイザーと同時に加入。
想いの形(ボン太くん追加武装付先行加入)
シ者、来訪(EVA第13号機&渚カヲル)
- 第39話に登場する第9の使徒、第10の使徒を碇シンジで撃墜。同シナリオクリアまでにシンジがエースになっている場合は片方だけでよい。
- 条件を満たすと、第39話の後にシークレットシナリオ「シ者、来訪」が発生し、クリア後に入手。
長き旅路を支えるもの
機体＆パイロット関連
ブラックマイトガイン
- シークレットシナリオ「黒い勇者特急」を発生させる。
- 実際に加入するのは西暦世界ルート28話。条件を満たしていれば宇宙世紀世界ルートでも合流時に加入している。
サベージ(クロスボウ)
- 第28話からのルート分岐で宇宙世紀ルートを選択。
- 宇宙世紀ルート31話でサベージに乗った宗介が敵を最低1機撃墜。
- 条件を満たすと、宇宙世紀ルート31話クリア後にそのまま正式加入。
ボン太くん（先行加入&追加武装）
- シークレットシナリオ「想いの形」を発生させる。
- ボン太くん自体は第40話で自動入手。
ツヴァルケ&メルダ・ディッツ（先行加入）
- 第8話にスポットで出てくるメルダ・ディッツが敵を最低1機撃墜。
- 第28話からの分岐で宇宙世紀ルートを選択。
- 宇宙世紀ルート第28話で山本玲でメルダを撃墜する。クリア後に正式加入。
- 条件を満たさない場合も第47話で正式加入。
フルアーマーΖΖガンダム/ガランシェール&スベロア・ジンネマン
この二つの要素は以下のポイントが共通で関与している。 フルアーマーΖΖガンダム
- 第35話クリア時にポイントを3以上獲得
- ジュドー・アーシタをエースにする
- 第35話インターミッションまでにΖΖガンダムのカスタムボーナスを獲得
- 条件を満たすと第36話で入手。入手できなくとも、困難ルートへ進めば自動入手。
ガランシェール
- 38話クリア時にポイントを6以上獲得
- 条件を満たすと、宇宙ルート第37話スポット参戦時にそのまま正式加入。
- 条件を満たせば、他のルートを通った場合でも加入可能。
| ステージ | 行動 | ポイント |
| 「開かれた扉」 「赤い海と戦いの大地」 |
ジュドーとマリーダが戦闘する | +1 |
| 同上 | バナージとマリーダが戦闘する | +1 |
| 同上 | バナージでマリーダを撃墜する | +1 |
| 「孤立」 メリダ島の危機 |
ジュドーとマリーダが戦闘する | +3 |
| 同上 | プルorプルツーとマリーダが戦闘する | +1 |
| 同上 | バナージでマリーダを撃墜する | +1 |
| 「灼熱のダカール」 | プルorプルツーとプツトゥエルヴが戦闘する | +2 |
| 「戦場のクロスハート」 | ジュドーorプルorプルツーでプルトゥエルヴを説得する | +2 |
| 同上 | バナージでプルトゥエルヴを説得する | +1 |
| 「星を継ぐ者」 | バナージorマリーダとリディが戦闘する | +1 |
| 同上 | マリーダでリディを撃墜する | +2 |
| 同上 | バナージでリディを撃墜する | +1 |
| 「宇宙をかける想い」 | バンシィ・ノルン(デストロイモード)を撃墜する | +2 |
ナデシコC追加武装「相転移砲」
- 第37話までにホシノ・ルリの撃墜数一定（60？）以上で追加。
- 入手できなくとも、困難ルートへ進めれば自動入手。
Ξガンダム（ミサイルポッド装備）
- 第37話までにハサウェイ・ノアの撃墜数一定（60？）以上で追加。
- 入手できなくとも、困難ルートへ進めば自動入手。
α・アジール
- 第28話からのルート分岐で宇宙世紀ルートを選択。
- 宇宙世紀ルート31話にてバナージとハサウェイでロニと戦闘。バナージで撃墜。
- 37話からの分岐で宇宙ルートを選択。
- 宇宙ルート38話にてバナージかハサウェイでロニを説得。（ここまでの条件を満たしていない場合、説得コマンドが出現しない？）バナージかハサウェイでロニを撃墜。
- 条件を満たすと、宇宙ルート第38話で入手。
レイジア&ジル
- パラメイル第一中隊（アンジュ、サリア、ヒルダ、ヴィヴィアン、エルシャ、ロザリー、クリス）の合計撃墜数一定（合計420？）以上で、西暦世界ルート第38話スポット参戦時にそのまま正式加入。
- 条件を満たせば、他のルートを通った場合でも加入可能。
EVA第13号機&渚カヲル
- シークレットシナリオ「シ者、来訪」を発生させる。
ペーネロペー&レーン・エイム
- 以下の行動で得られるポイントを2以上獲得すると、第40話開始時に加入。ポイントはすべて1
| ステージ | 行動 |
| 独自ルート第24話「岐路」 | マップ上にΞガンダムがいる状態で味方増援の出現イベントを見る |
| 同上 | ハサウェイでレーンを撃墜する |
| 宇宙世紀世界ルート第30話「変わりゆく世界」 | レーンを撃墜する |
| 同上 | 味方増援のレーンが撃墜されずにシナリオをクリアする |
| 同ルート第31話「灼熱のダカール」 | ハサウェイとレーンが戦闘する |
| 宇宙ルート第37話「宇宙をかける想い」 | ハサウェイでレーンを撃墜する |
バイアラン・カスタム&ジェリド・メサ、ハンブラビ&ヤザン・ゲーブル
- ポイント制？
- 第23話からの分岐で独自ルートを選択。
- 独自ルート23話でスポット参戦のジェリドとヤザンそれぞれで一定数（1機？）敵を撃墜する。
- 独自ルート24話でジュドーと増援のカミーユでジェリド・ヤザンとそれぞれ戦闘。カミーユでジェリドを、ジュドーでヤザンを撃墜。
- 第28話からの分岐で宇宙世紀ルートを選択
- 宇宙世紀ルート30話で味方増援として出現したジェリド、ヤザンが敵を一定数（1機？）撃墜。
- 宇宙世紀ルート32話でジュドーと増援のカミーユでジェリド・ヤザンとそれぞれ戦闘。カミーユでジェリドを、ジュドーでヤザンを撃墜。
- 第36話でジュドーとカミーユがジェリド・ヤザンとそれぞれ戦闘。カミーユでジェリドを、ジュドーでヤザンを撃墜。
- 37話からの分岐で宇宙ルートを選択。
- 宇宙ルート37話でジュドーとカミーユがジェリド・ヤザンとそれぞれ戦闘。カミーユでジェリド・ヤザンを撃墜。(SRポイントの関係でマルチアクションで撃墜する。)
- 条件を満たすと第40話開始時に入手。
ラファエルガンダム残留
- 第43話からのルート分岐でヤマトルートを選択。
- ヤマトルート43話のクリア後選択肢で残留させる。
ネオ・ジオング&フル・フロンタル
- 通常ルートでは条件を満たすと51話のステージ中に加入。
- 困難ルートでは50話のステージ中に無条件で加入。
パーツ関連
超合金Z
- 第28話からの分岐で宇宙世紀ルートを選択。
- 宇宙世紀ルート29話でボスボロットを出撃させ、マップ北側にあるくろがね屋の敷地内にボスボロットを待機させる。