困難ルート&関連イベント
Zシリーズと同様、終盤で分岐する隠しルート。 第49話クリア時に一定条件を満たしていると、第50話開始時に選択肢が発生して「これからも困難が待ち受けていると思う」を選択するとこちらへ進める。 このルートに進むと取り逃した隠し要素をいくつか自動入手出来、さらに第50話でフル・フロンタル&ネオ・ジオングが増援として登場、そのまま加入する。最終話ではヤマトの波動砲が再解禁される。
自動入手される要素
- フルアーマーΖΖガンダム
- Ξガンダム(ミサイルポッド装備)
- ナデシコC追加武装「相転移砲」
シークレットシナリオ関連
本作で新たに追加された隠しシナリオで、条件を満たすと特定の話と話の間に割り込む形で発生する。「シークレットシナリオ」内ではSRポイントを入手することはできないが、それ以外は普通のシナリオ同様で経験値や資金は入手可能。終了後に新たなサブオーダーの受注も可能。
黒い勇者特急(ブラックマイトガイン)
- 第17話までに旋風寺舞人、ガードダイバー、トライボンバーの合計撃墜数を一定以上にする。
- 条件を満たすと、第17話の後にシークレットシナリオ「黒い勇者特急」が発生し、第28話でマイトカイザーと同時に加入。
想いの形(ボン太くん追加武装付先行加入)
- 第27話クリアまでに相良宗介の撃墜数を一定以上。
- 条件を満たすと、第27話の後にシークレットシナリオ「想いの形」が発生し、クリア後に入手。
シ者、来訪(EVA第13号機&渚カヲル)
- 第39話クリアまでに碇シンジの撃墜数を一定以上。
- 第26話に登場する第5の使徒をシンジで撃墜。
- 宇宙世紀ルート第30話に登場する第6の使徒をシンジで撃墜、第7の使徒をアスカで撃墜。
- 第39話に登場する第9の使徒を4ターン目PP前にHPを30%以下にしてイベントを発生させたうえでシンジで撃墜、第10の使徒をシンジで撃墜。
- 条件を満たすと、第39話の後にシークレットシナリオ「シ者、来訪」が発生し、クリア後に入手。
長き旅路を支えるもの
- 条件を満たすと、第42話の後にシークレットシナリオ「長き旅路を支えるもの」が発生。
- 大量の資金持ちのザコばかりが登場する稼ぎ専用シナリオ。1回で簡単に100万以上を稼ぐことが出来る。
機体&パイロット関連
ブラックマイトガイン
- シークレットシナリオ「黒い勇者特急」を発生させる。
ボン太くん(先行加入&追加武装)
- シークレットシナリオ「想いの形」を発生させる。
- ボン太くん自体は第40話で自動入手。
フルアーマーΖΖガンダム
- 第36話までにジュドー・アーシタの撃墜数一定以上で入手。
- 入手できなくとも、困難ルートへ進めば自動入手。
ナデシコC追加武装「相転移砲」
- 第37話までにホシノ・ルリの撃墜数一定以上で追加。
- 入手できなくとも、困難ルートへ進めれば自動入手。
ガランシェール&スベロア・ジンネマン
- 条件を満たすと、宇宙ルート第37話スポット参戦時にそのまま正式加入。
- 条件を満たせば、他のルートを通った場合でも加入可能。
Ξガンダム(ミサイルポッド装備)
- 条件を満たすと、宇宙ルート第38話で追加。
- 入手できなくとも、困難ルートへ進めば自動入手。
EVA第13号機&渚カヲル
- シークレットシナリオ「シ者、来訪」を発生させる。
ペーネロペー&レーン・エイム
- 条件を満たすと第40話開始時に入手。
バイアラン・カスタム&ジェリド・メサ、ハンブラビ&ヤザン・ゲーブル
- 条件を満たすと第40話開始時に入手。
ネオ・ジオング&フル・フロンタル
- 困難ルートへ進む。