基本設定
地球圏最大の交易会社コネクトはワープゲートを通じ外宇宙との接触を持っているが、情報が伏せられ一般的には異星人と交流があることは知られておらず、噂として囁かれている程度。
ワープゲートは宇宙の各所に複数存在しており、行き先は別の銀河系であったり、異世界であったりする。「別の宇宙」という言い方をされている場合もあるため、パラレルワールドへ移動しているケースもあるとみられる（事実、舞台にはならないが、グッドサンダーチームはパラレルワールドから転移してきた事が語られており、マサキも第2次OGの「特異点崩壊」における会話からOGの世界から転移してきた可能性が高い）。
一方宇宙の各地ではグラドス軍とポセイダル軍とバララント同盟によるISTO（星間条約機構）が勢力拡大を図っており、ワープゲートを通じてさまざまな宙域へ軍勢を送り込もうとしている。
地球圏はおろか、宇宙の各所、果ては異世界にまでミューカスと呼ばれる謎の生命体が浸食を始めており、コネクトは独自の武装組織コネクト・フォース結成を急いでいる。ミューカスの脅威に対抗するには地球圏の一致団結が必要であるとして、あくまで中立の立場から地球連邦政府とジオン公国の停戦を求めている。また、他の星系の勢力からもミューカスの調査や対ミューカス戦闘に賛同を得、コネクト・フォースへ人員を出向させる約束を取り付けている。
地球圏
地球圏で基本となるのは、『機動戦士ガンダム』における宇宙世紀0079年の情勢。これ以前にインベーダーやムゲ・ゾルバドスの襲来、Dr.ヘル事件、デビルガンダム事件、邪神ドラゴ復活、ジャーク帝国や大魔界や機械化帝国からの侵略があり、地球連邦政府が疲弊して影響力が弱まっている。このために地球の各地域やスペースコロニーで自治の気風が高まり、そんな情勢でジオン公国が独立戦争を起こしている。
地球
各地域で連邦とジオンの戦闘が行われている。
日本
中立地帯となっており平和を保っている。公的な軍事力は自衛隊のレイバー程度しかなく、中立地帯を維持するための条件として、その機能や装備も制限されている。
スペースコロニー
連邦やジオンほどの軍事力を確保できない一部のコロニー勢力は、技術の粋を集めた戦局を変え得る高性能ワンオフ機として、独自のガンダムタイプモビルスーツを開発している。
火星
フロンティア星系
バジュラ母星
『マクロスF』の登場人物たちが入植している。地球からの移民船団かは特に語られていない。ISTOの侵攻が行われようとしている。
ドキドキスペース
『NG騎士ラムネ＆40』後半の舞台となる一種の宇宙。さまざまな世界が点在している。
アースティアに侵攻した邪竜族の残党が海賊化している。
ハラハラワールド
『NG騎士ラムネ＆40』前半の舞台となる異世界。
アースティア
『覇王大系リューナイト』の舞台となる異世界。本作でもNEO同様ドキドキスペースに内包される。邪竜族の残党がゲリラ的に暴れている。
ゾイドゾーン
惑星Zi
『ゾイド -ZOIDS-』及び『ゾイドジェネシス』の舞台となる惑星。ゾイド -ZOIDS-時代の情勢であり、ヘリック共和国とガイロス帝国による戦争が行われている。コネクトがヘリック共和国と協力関係にある一方、ISTOは勢力拡大の足掛かりとして惑星Ziを獲得しようとしており、ガイロス帝国宰相ギュンター・プロイツェンに接触を図っている。
ペンタゴナワールド
『重戦機エルガイム』の舞台となる星系。
アストラギウス銀河
『装甲騎兵ボトムズ』の舞台となる銀河系。ギルガメス連合とバララント同盟が百年戦争を繰り広げている。戦いの主体は惑星破壊規模の戦闘からATによる局地戦へ移行している。
サンサ
バララントの重要拠点となる惑星。ギルガメスによる第三次サンサ攻略戦が行われており激戦地となっている。