個別コマンド
標準コマンド
- 移動
- ユニットを移動させる。移動後は待機や特定の行動のみが可能で、それらを行うと行動終了。
- 攻撃
- 敵ユニットを攻撃する。攻撃後は行動終了。
- 変形
- ユニットの形態を変化させる。移動前なら実行しても行動終了にはならない。
- 空中/地上/地中/水中/水上
- ユニットを別の地形へと移す。実行しても行動終了にはならない。
- パーツ
- 装備した消費強化パーツを使用する。
- 修理
- 修理装置を使い、HPを回復する。実行後は行動終了。
- 補給
- 補給装置を使い、ENや弾数を全回復する。実行後は行動終了。
- 精神
- ユニットに搭乗するパイロットの精神コマンドを使用する。使用しても行動終了とはならない（ごく一部だけ例外あり）。
- 能力
- ユニットの能力・武器性能及びパイロットの能力を調べる。行動したとは判定されない。
- 待機
- ユニットを待機させ、行動終了させる。移動後や、特殊技能のヒット＆アウェイを持ったパイロットの機体が移動せず行動終了判定を伴う行動を行った時に出現。
- 説得
- 特定の敵ユニットを説得する。
合体コマンド
- 合体
- 複数の合体対象ユニットを、合体後のユニットへと変化させる。移動前なら実行しても行動終了にはならない。Kでは、対象機パイロット全員の気力が110以上にならないと実行不可。
- 合身
- ユニットの形態を変化させる。発動に一定値以上の気力が必要（メカンダーロボには気力制限なし）。移動前なら実行しても行動終了にはならない。
- 合神（グランカイザー専用）
- ユニットをゴッドグラヴィオンに変化させ、ENも同時に全回復させる。発動には天空侍斗牙の気力が130以上必要。移動前なら実行しても行動終了にはならない。3ターン経過すると、重力子臨界で強制的にグランカイザーに戻る。
- 超獣合神（ノヴァイーグル専用）
- ユニットをダンクーガノヴァに変化させ、ENも同時に全回復させる。発動には飛鷹葵の気力が130以上必要。移動前なら実行しても行動終了にはならない。5ターン経過すると、機関暴走で強制的にノヴァイーグルに戻る。
- 六神合体（第2次Zのガイヤー専用）
- ユニットをゴッドマーズに変化させ、ENも同時に全回復させる。発動には明神タケルの気力が130以上必要。移動前なら実行しても行動終了にはならない。気力制限はユニットフル改造した際のカスタムボーナスにより解除される。
- 分離
- 合体ユニットを合体前の複数のユニットに戻したり、専用の追加装備を投棄する。移動前なら実行しても行動終了にはならない。L以降のパートナー制作品では合体後の分離は不可能。
小隊系コマンド
- 小隊（第2次α、第3次α）
- 小隊編成ユニットの確認及び小隊長の変更を行う。
- フォーメーション(Z)
- フォーメーションの確認及び変更を行う。
- タッグコマンド（第3次Z）
- タッグテンションがMAX時にのみ追加。タッグコマンドを使用する。
- マキシマムブレイク（第3次Z）
- タッグテンションがMAX時にのみ追加。マキシマムブレイクを使用する。
- 合流（OGs、OG外伝）
- 気力110以上の周囲8マス以内の行動前のシングルユニット2機で、ツインユニットを編成する。移動前後共に可能だが、移動後に合流すると行動前のユニットもまとめて行動終了になってしまうので要注意。
- 解散（OGs、OG外伝）
- ツインユニットを解散し、シングルユニット2機の状態に戻る。移動前後共に可能で、移動後に解散した場合、移動しなかった側のユニットは行動前の状態。
- 撤退（パートナーバトルシステム採用作品）
- パートナーユニット(PU)を組んでいる時のみ選択可能。PUのどちらか片方をマップから離脱させ、シングルユニット(SU)になる。離脱したユニットはマップクリアまで復帰できない。
- 編成（L、UX）
- SU同士を合流させPUにしたり、隣接し合ったPUを入れ替える。実行後は行動終了となる。
戦艦系コマンド
- 搭載
- 母艦のいるマスにユニットを移動させた後に出現し、選択すると母艦内に収容する。WやKでは戦艦側からも搭載したいユニットに隣接した状態で搭載可能な上、移動前なら何度でも実行できる。
- 回収(Z)
- 母艦の周囲に隣接したユニットを、一度に最大4小隊まで搭載する。上記の搭載と違い、移動前後にかかわらず回収後に戦艦は行動終了になるので注意。
- 発進
- 母艦専用。搭載したユニットを母艦内から移動させる。
- 換装（搭載換装）
- 換装可能なユニットを搭載している時、そのユニットにマップ内で換装をさせることができる。
- 捕獲（GC/XO）
- 隣接した（XOでは3マス以内）「BODY以外の全部位が破壊された捕獲可能な敵ユニット」を捕獲し、マップクリア後に運用・強化パーツ変換・解体（資金獲得）のいずれかの処遇を決める。捕獲後は行動終了。
原作再現系コマンド
- 歌
- 敵味方関係なく、所持している歌を聴かせて能力を変化させたり、敵にダメージを与えたりする。歌うと経験値が入る。実行後は行動終了。
- SB
- サウンドブースターを装備する。（サウンドフォースの機体）
- 換装（第2次α、第3次αの鋼鉄ジーグ版）
- ビッグシューターが別小隊で鋼鉄ジーグの5マス以内にいるか、ジーグと同一小隊に組み込んだ場合「ジーグ・パーンサロイド」に換装できる。Kでは廃止。
- 戦術換装（Zのインパルスガンダム専用）
- マップ上にミネルバが居る場合、どこにいても未使用のシルエット（フォースインパルスガンダム、ソードインパルスガンダム、ブラストインパルスガンダム）へ換装でき、ENが全回復。交換したシルエットへの再換装はマップクリアまで不可。実行しても行動終了にはならない。Kでは廃止。
- 接続 / 切断（アンビリカルケーブルがあるEVA系専用）
- 戦艦や特定建造物などの電源へアンビリカルケーブルを接続/切断。接続中は毎ターン開始時にENが全回復するが、電源から10マス以内の範囲でしか行動できない。切断中は自由に動けるが、毎ターン開始時にENが激減していく。移動前なら接続/切断しても行動終了とはならない。MXでは切断時に専用のショートムービーが流れる。
- デンチ（セルファイター系、セルブースター系ユニット専用）
- GEAR戦士電童や、騎士GEAR凰牙へハイパーデンドーデンチを射出してENを全回復させる。射出後は行動終了。なおデンチは武器扱いなので、武器一覧から指定しての使用も可能。MXでは射出時に専用のショートムービーが見られる。
- トリニティC（ゴッドシグマ専用）
- 1マップにつき一度だけ自機のENを全回復。実行しても行動終了とはならず気力も減少しないが、弾数は回復しない。経験値も入らない。
- エヴォルト（ムラサメライガー・ハヤテライガー・ムゲンライガー専用）
- ムラサメライガー、ハヤテライガー、ムゲンライガーの3形態を切り替える。イベント進行に伴って追加。
- V-M（レイズナー専用）
- V-MAXを発動させる。発動から3ターン後は1ターン行動不可となる。新のみ。
- MPW（兜甲児搭乗のマジンガーZ専用）
- マジンパワーを発動させる。新のみ。
- F.O（ガイキング専用）
- ユニットをガイキング（フェイスオープン）に変化させる。新のみ。
- アナライズ（覚醒人1号、ティラン専用）
- 敵ユニット1体に対して、次に与える攻撃を全てクリティカルにする。戦闘前なら偵察の効果もある。実行後は行動終了。
- クラスチェンジ（リュー専用）
- ユニットを各クラスチェンジ形態へ変化させる。
- 融合（アレルヤ・ハプティズム専用）
- パイロットがアレルヤ+ハレルヤ状態になる。アリオスガンダムの一部武器性能も変更。第2次Z再世篇のみ。
- NT-D（ユニコーンガンダム専用）
- ユニットをデストロイモードへ変化させる。発動5ターン後に強制解除。
- 戦闘モード（ノノ専用）
- ユニットをEVO-4→バスターマシン7号へ変化させる。
特殊行動コマンド
UXにて登場。マップ兵器の亜種で、特殊能力と同名の個別コマンドが追加されそれぞれの原作に由来したコマンドが選択可能に。
- アトラック＝ナチャ
- デモンベイン専用コマンド。気力120以上で追加。範囲内の敵ユニットが移動不能になる。
- E・ウェーブ
- フェイ・イェンHD専用コマンド。気力130以上で追加。範囲内の味方パイロットの能力を上昇、敵パイロットの能力を低下させる。効果はフェイの「歌姫」レベルで決定される。
- クアンタムバースト
- ダブルオークアンタ専用コマンド。気力140以上で追加。範囲内の味方パイロットの能力を30上昇、敵パイロットの能力を30低下させる。
- 翼の舞
- YF-29 デュランダル専用コマンド。気力130以上で追加。指定範囲内の敵ユニットが行動済みになる。
- トランザムバースト
- ダブルオーライザー専用コマンド。気力130以上で追加。範囲内の味方パイロットの能力を20上昇、敵パイロットの能力を20低下させる。
- ナーブクラック
- ディスィーブ専用コマンド。気力120以上で追加。範囲内の味方パイロットの能力を15上昇、敵パイロットの能力を15低下させる。
- 複合センサー
- RVF-25 メサイア専用コマンド。気力120以上で追加。範囲内の敵ユニットの最終命中率・回避率が-30%される。
- リフレクターコア
- ハインド・カインド専用コマンド。指定範囲内の敵の命中・回避率が-30%される。
全体コマンド
- ターン終了/フェイズ終了
- 手番を終了する。
- 検索/精神検索
- 自軍ユニットから、必要な精神コマンド・特殊技能・特殊能力・特殊武器・小隊長能力などの持ち主を絞り込んで探し出す。初期は「精神検索」として精神コマンドのみ選択可能だったが、シリーズ進行と共に検索項目や機能が拡張され、敵部隊側の特殊技能や特殊能力も検索可能となっている。かなり利用頻度が高い。
- 部隊表
- 現在MAP上に存在する味方及び敵ユニットの数と名前が確認できる。
- 戦況報告
- 一部作品で採用。現在の総合撃墜数/被撃墜数、熟練度獲得の有無、経過ターン数などが確認できる。また、撃墜数に関しては誰が何機撃墜したか、と細かく見ることも出来る。
- 作戦目的
- 勝利条件・敗北条件・熟練度/SRポイント獲得条件の確認ができる。
- システム
- システムコマンドを使用する。BGM設定を変更したり、グリッドやユニットアイコンの表示設定などが出来る。
- セーブ
- クイックセーブを行う。