隠し要素一般
第1部
ダンクーガ武装アグレッシブビースト早期入手
第1部シーン1「『男らしく』でいこう」開始前のIMまでにダンクーガの全項目と武器を1段階以上改造すると第2部でダンクーガ加入時に追加されている。条件未成立の場合でも第3部になれば使用可能。
バストール＆ガラリア
第1部シーン2「来訪者、彼方より」にて、ガラリア以外の敵を全滅させると自動的に仲間になる。
ボーナス：特殊技能LV+1
ギャプラン＆ロザミア
第1部シーン2「二人のニュータイプ」にて、カミーユでロザミアを説得するとその場で仲間になる。
ボーナス：精神力+15
ダンバイン（トッド機）＆トッド
第1部シーン3「魂の故郷から」にて、ショウでトッドを説得した後トッド機を破壊すると、シーン3ラスト「異変」の直前に仲間になる。
雪山イベント関連
第1部シーン3「強襲」にて、シローでアプサラスIIを撃墜すると雪山イベントが発生。シロー及びEz-8が「異変」直前まで離脱する。
アプサラスII
雪山イベントを発生させた状態で、第1部シーン4ラスト「嵐の中で輝いて」にて、シローでアイナを説得するとその場で仲間になる。
尚、アイナは雪山イベントの有無に関わらず仲間になる。
グフカスタム＆ノリス
上記のイベントを発生させた後、同面のノリスをアイナ→バーニィの順で説得するとその場で仲間になる（上記イベントを発生させない場合、アイナでの説得ができないため必然的に仲間にならない）。ボーナス特殊能力が非常に有用。
ボーナス：強運
ガンダム試作2号機
雪山イベントを発生させた状態で、第3部シーン5「マーズ・アタック」にて、シローでガンダム試作2号機を倒すとクリア後に入手できる。
シローは「ビームサーベルで…」的なセリフを言うが、トドメをさす武器は何でもOK。
ケンプファー
第1部シーン3「僕は僕、君はミレーヌ」にて、雪山イベントを発生させず、かつこのステージを2番目または3番目に選択すると入手できる。ケンプファーはともかく、ケンプファーを運んでくるキキはこのイベントを発生させないと事典に登録されない。尚、この面を2番目、「強襲」を3番目に選べば、このイベントと雪山イベントを同一プレイで発生させることは可能。ただしソロモン核発射イベントの阻止は不可能になる。一度クリアしてキキを登録し、やり直して核発射を阻止するのが戦力的にはお勧め。
ソロモン核発射阻止
第1部シーン3「強襲」を1、2番目に選択すると、2EPにガトーが出現（5EP、またはHP40%以下で撤退）。このガトーを撃破すると、第2部にてソロモンへの核発射イベントが発生しなくなり、一部隠しコンテナが入手できるようになる。詳しくは隠しコンテナの項を参照。
キュベレイMk-II（プル機）＆プル
第1部シーン3「僕は僕、君はミレーヌ」にて、ビューティ、レイカ、トッポを撃墜せずに5EPまでにピラミッドを3つ全て破壊する。するとプル機が出現するので、このプルを撃破すれば第2部シーン5「絶望の宇宙に」開始前に加入する。
尚、COMPACT2ではプルとプルツーは択一だったが、今回は二人とも仲間にできる。
量産型グレートマジンガー
第1部シーン4B「絶対零度の罠」にて、鉄也で量産型グレートのいずれか1体を説得すると、クリア後使用可能になる。
リメイク前はこれと二択だったミネルバXは登場しなくなった。
テキサスマック＆ジャック・キング、メリー・キング
第1部シーン5「Gの咆哮」を1～2番目に選択すると、自動的に仲間になる。この面を3～4番目に選ぶと視聴可能な「ゲッターvsゲッターG」デモとは択一となる。図鑑を埋めるにはデモを見てからやり直すこと。
G-3ガンダム、シャア専用ザク
第1部シーン5「裏切りのコレクター」にて、10EPに敵増援として登場するG-3ガンダムをクリスで、同じくシャア専用ザクをバーニィで撃墜する。シーン5ラスト「戦場は大空高く」直前に入手できる。リメイク前はシーン4の地上ルートだったが、変更されて共通ルートになったので確実に入手できる機会がある。
サイコガンダム
第1部シーン6にて、「アクシズの使者」より後に「グリプスの亡霊」を選択すると、サイコガンダムが敵増援として出現。
カミーユで撃墜するとクリア後に入手できる。
ガンダムシュピーゲル＆シュバルツ
第1部シーン6ラスト「激動の地上を制するもの」において、ガンダムシュピーゲルが味方増援として登場。
デビルガンダム撃墜（＝シュピーゲル撤退）までシュピーゲルのHPが一度も50%以下にならなければ、クリア後仲間になる（実質、仲間になるのは第3部シーン1開始時となる）。
マスターガンダム＆東方不敗
(1)第1部シーン4で地上ルートを通っている（＝第1部シーン3「魂の故郷から」を1番目か2番目に選択）
(2)第1部シーン6ラスト「激動の地上を制するもの」において、東方不敗のHPを50%以下にしてドモンとの会話イベントを見る。
(3) (2)の後、東方不敗にドモン以外でトドメを刺す（ドモンでトドメを刺すと、東方不敗死すのイベントに進んでしまう）
(1)～(3)を満たすと、第3部シーン3C「悪魔と陰謀と」にて、味方増援として出現する。
第2部
アイザム・ザ・サード＆シャザーラ or ダンガイオー追加武装
第2部シーン3「魂のスパイラルナックル」にて、以下の択一。尚、シャザーラ撃破は同面の熟練度獲得条件にもなっている。
- シャザーラのHPを50%以下にする→ダンガイオーでシャザーラ説得→シャザーラ撃破で、ダンガイオーに武装「スパイラルナックル」が追加される。
- シャザーラのHPを50%以下にする→ダンガイオーでシャザーラ説得→HP30%以下でシャザーラを再度説得、でその場でシャザーラが仲間になる。 ボーナス：反骨心
ノイエ・ジール＆ガトー
(1)第2部シーン4ラスト「楽園への帰還」において、コウとガトーが戦闘
(2) (1)の後、クワトロでガトーを説得
(3)第3部シーン4「宇宙の道標」にて、クワトロでガトーを説得。
(4) (3)の後、ハマーン・グレミーを撃破した後、コウでガトーを説得。その場で仲間になる。
尚、彼を仲間にした状態で隠しルートに進んだ場合、第3部ラストクリア後に離脱。隠し最終話にて追加の敵として出現する。
ジンギマークII＆キナ・コロン
(1)第2部シーン5「燃えて走れ姉妹戦士」にて、ロムでキナを説得する。
(2)第2部シーン6ラスト「激震する宇宙に」にて、ディオンドラ撃破後にロムでキナを説得すると、その場で仲間になる。
ボーナス：がんばり屋
キュベレイMk-II（プルツー機）＆プルツー
第2部シーン5「動き出す幽鬼たち」にて、ジュドーでプルツー説得。その後、プルツー機のHPが20%以下、かつグレミーがいない状態で再度ジュドーで説得すると、その場で仲間になる。
Xエステバリス改 or ΖII
第2部シーン6「コロスは殺せない」を、1番目か2番目に選択するとXエステバリス改を、3番目か4番目に選択するとΖIIを、クリア後に入手する。
第3部
零影＆イルボラ
(1)第3部シーン1「空虚な夢を見る者」にて、スケルトンのHPが30%未満のとき、ジョウでイルボラを説得。
(2)第3部シーン3B「大いなる胎動」にて、シャルムを撃墜後、ジョウでイルボラを説得する。
(3)第3部シーン5「マーズ・アタック」にて、ロミナでイルボラを説得後、ジョウでイルボラを撃墜するとクリア後に仲間になる。尚、味方になったイルボラはエルシャンクのサブパイロットに乗り換えることも可能。
ビルバイン夜間迷彩
第1部シーン4でバイストンウェルルートを通過している場合、第3部シーン2「呪われしジャンヌ＝ダルク」クリア後にビルバインがグレードアップする。
真・ゲッターロボ or ライン・ヴァイスリッター
第3部シーン2「ゲッター線、その意味」において、敵が研究所に侵入した場合、シーン2「そのために今、生きている」クリア後にゲッターGが真ゲッターになる。
逆に侵入させなかった場合は、同面にてヴァイスリッターを最後に残し、キョウスケでエクセレンを説得する。これで第3部シーン3C「白騎士の心」クリア後に部隊復帰するエクセレンの乗機がライン・ヴァイスリッターに変化する。
尚、この選択は隠しルートクリア時に視聴できるデモの種類にも関係する。
ダンクーガ追加武装「断空光牙剣」
第3部シーン3A「神の祝福を」にて、ダンクーガとシャピロの最初の戦闘後、両者が生存しており、かつダンクーガのHPが35%以下だとイベントが発生し、入手できる（断空光牙剣デモも視聴可能となる）。
この条件を満たすとシャピロは撤退するため、シャピロ撃破が条件となっている熟練度獲得とは2択。
ライディーン追加武装「ゴッドボイス」
(1)第3部シーン3A「ラ・ムーの星」において、洸で激怒巨烈を撃破する（→巨烈死亡イベント）
(2)第3部シーン3Aラスト「妖魔の島」において、洸で豪雷巨烈、および妖魔巨烈獣バラゴーンを撃破するとイベントが発生し、入手できる（ゴッドボイスデモも視聴可能となる）。残念ながらゴッドバードHCは無くなった。
νガンダム or νガンダムHWS
第3部シーン3Cに入る前のシーンのラストステージの難易度がハードならνガンダムを、ノーマルならνガンダムHWSを入手する。
選択順の詳細は後述。
グローバイン
(1)第3部シーン3C（ムーン編）をシーン3A（アース編）より先に選択。
(2)第3部シーン3C「復讐鬼たち」において、ジェットでグローバインを説得すると、その場で仲間になる。
ボーナス：起死回生
（キリカ）ボーナス・精神統一
第3部シーン3Cラスト「ただ地球の平和のために」において、マリアでキリカを説得するとキリカが撤退し、ボーナス特殊技能の「精神統一」を入手。キリカは仲間にならない。
石破ラブラブ天驚拳
第3部シーン4「君の中の永遠」において、ドモンでレインを説得すると合体技「石破ラブラブ天驚拳」が使用可能になる。
同時にイベントが発生しDGを自動撃破するため、DG撃破が条件となっている熟練度獲得とは二択。
（ガルディ）ボーナス・精神統一
第3部シーン4ラスト「マシンロボ・炎」において、ガルディのHPを90%未満にしてロム、レイナの順で説得するとガルディが撤退し、ボーナス特殊技能の「精神統一」を入手。ガルディは仲間にならない。
ダイテツジン＆九十九
第3部シーン5「マーズ・アタック」を10ターン以内にクリアすると、「演算ユニットを奪え」クリア後に加入する。
隠し最終話
第3部シーン5ラスト「そして決戦の銀河へ」クリア時の熟練度がHARD（＝熟練度50以上）の場合、隠しシナリオであるシーン6「逆襲のシャア編」へと進む。上記の隠し要素には熟練度と択一の条件のものも多いので、計画的に取得していくのが肝要（尚、最終話開始時点で入手可能な熟練度は最高で97）。
なお、隠しルートでは逆襲のシャア系のユニット・キャラクターが登録されるほか、隠しルートクリア時に専用のデモが用意されている。このデモは「真ゲッター入手時」「ラインヴァイスリッター入手時」「両方を未入手」の3パターンが存在するため、デモ収録率を100%にしたければこの3つのパターンで隠しルートを攻略する必要がある。
尚、3種類のデモは該当の機体の部分が異なるだけで他は全く同じ。図鑑類を100%にしないと気が済まないプレイヤー以外は1種類見れば十分。
ボーナス特殊技能（熟練度関係）
- 第1部シーン3ラスト「異変」
- 難易度ノーマル（熟練度7以下）で、援護攻撃・援護防御がクリア後の特殊技能選択画面に追加。
- 第1部シーン6ラスト「激動の地上を制するもの」
- 難易度ノーマル（熟練度15以下）で、援護攻撃・援護防御がクリア後の特殊技能選択画面に追加。
- また、同条件で強運を必ず入手。
- 第2部シーン3ラスト「悪夢、再来」
- 難易度ノーマル（熟練度23以下）で、援護攻撃・援護防御がクリア後の特殊技能選択画面に追加。
- 第2部シーン6ラスト「激震する宇宙に」
- 難易度ノーマル（熟練度32以下）で、援護攻撃・援護防御がクリア後の特殊技能選択画面に追加。
- また、同条件で起死回生、統率を必ず入手。
コンテナ関係
以下の機体は、敵が落とすコンテナに入っている。いずれの敵もHP減少による撤退はなく、必ずコンテナを落とすため、敵に拾われない限りは必ず手に入る。 （バイストンウェルルートに進む必要があるライネックは例外）
隠しコンテナ関係
主に基地内のステージにおいて、破壊可能な壁を壊すことで隠し部屋が出現することがあり、場合によってはコンテナが置かれている（隠しでなく、最初から見えているコンテナもある）。一部のコンテナは熟練度によって中身が変わる。
第1部シーン6ラスト「激動の地上を制するもの」
第2部シーン2「怒りの魔神」
- マップ中央にコンテナあり。壁破壊の必要あり。リック・ディアス（黒）
- マップ南東にコンテナあり。壁破壊の必要あり。資金20000
第2部シーン4「新たなる侵略の手」
- マップ中央に隠しコンテナあり（壁破壊で出現）。コア・ブースター
- マップ北東に隠しコンテナあり（壁破壊で出現）。資金10000
第2部シーン5「動き出す幽鬼たち」
第2部シーン6「探求者」
この面でコンテナを入手するには、第1部シーン4でガトーを撃破し、ソロモンへの核発射を阻止する必要がある。
核発射イベントが発生した場合はコンテナなし。
第3部シーン3Bラスト「燃える宇宙」
- マップ東に隠しコンテナあり（壁破壊で出現）。ソーラーセイル
- マップ西にコンテナあり。壁破壊の必要あり。資金50000
第3部シーン4ラスト「マシンロボ・炎」
第3部シーン5「誠実な心で」
- マップ北西に隠しコンテナあり（壁破壊で出現）。2箇所。資金50000、V-UPユニット(U)
第1部シーン3のステージ順について
- A：「魂の故郷から」
- 1番目か2番目に選ぶと、シーン4が地上ルートになる→東方不敗フラグ、他
- 3番目に選ぶと、シーン4がバイストンウェルルートになる→ビルバイン夜間迷彩フラグ、他
- B：「強襲」
- 1番目か2番目に選ぶとガトーが出現。ガトー撃破でソロモンへの核発射が阻止できる→百式改orフルアーマー百式改フラグ
- 雪山イベントが発生する。次面とあわせて検討の必要あり。
- C：「僕は僕、君はミレーヌ」
- 2番目か3番目に選び、かつ雪山イベントを発生させていない場合、キキがケンプファーを持ってくるイベント発生。
| 地上 | BW | 核阻止 | キキ | |
| A→B→C | ○ | × | ○ | 雪山を諦めれば可能 |
| A→C→B | ○ | × | × | 雪山との同時発生可能 |
| B→A→C | ○ | × | ○ | 雪山を諦めれば可能 |
| B→C→A | × | ○ | ○ | 雪山を諦めれば可能 |
| C→A→B | ○ | × | × | × |
| C→B→A | × | ○ | ○ | × |
尚、図鑑への収録という観点からは、雪山イベント以外は全て一度は見ておく必要がある。
第3部シーン3-A、3-B、3-Cの選択順について
グローバインの説得とνガンダムHWSの入手に関わる。
3つの内最初に選択したシーンが熟練度38以上、次が40以上、最後が42以上で難易度ハードになる。
νガンダムHWSはシーン3-Cがノーマルでなければ入手できないので、3-Cを後に回すと熟練度の条件が厳しくなる(隠しシナリオを目指す場合特に厳しい)。
また、グローバインは3-Cを3-Aより先に選択しなければならない。
従って、隠し要素を全て取りたい場合はシーン3-Cを最初に選択するのが望ましい。