ZEXIS

大国間での利権争いが激化する今回の世界で、国に縛られず中立的な立場で行動する部隊として結成された。部隊名はZ EXtra International Savers（特別国際救助隊）の略で「ゼクシス」と読む。頭のZはXでもYでもない第3の存在、中立を意味している。命名者はエルガン・ローディック。

構成組織はコスモクラッシャー隊、ソレスタルビーイング、黒の騎士団、S.M.Sなど。竹尾ゼネラルカンパニー、21世紀警備保障株式会社といった民間企業・組織も当初から参加し、後にグレン団（再世篇ではカミナシティ新政府）や第303独立愚連隊も参加。また次元転移してきたZEUTHメンバーも順次合流した。
特徴として正規軍からの参入者が数えるほどしかなく（おそらく歴代でも最も少ない）、一般企業や傭兵からの参加者が中核を占め、また一般的にテロリスト扱いを受けるような反体制組織も参加しているという点が挙げられる。そのためか指揮官達の用心深さが徹底しており、ZEXISを結成したエルガン・ローディックに対してすら序盤から疑いの目を向けるほどであった（結果、特に疑う必要のない情報に対しても疑ってしまうという弊害も起きたが）。
なおこうした脛に傷持つメンバーが多いため、破界篇では部隊内の暗黙のルールとして、「参加者個人の過去や主義主張等については詮索しない」というものが存在した。

破界篇

シナリオ中盤にエルガン・ローディックの手引きによって各組織が合流し結成される。今回は「国連平和維持理事会」直属の国際救援部隊という扱い。反政府組織が参加しているという特異性からか、結成直後から社会的立場を持った組織のメンバーを中心とする「表部隊」と、非合法組織のメンバーが中心になった「裏部隊」に分かれて行動するケースが多く見られた。
(この分割はZEUTHがザフト組とアウトロー組に分かれて行動していたことに酷似しているが、ZEUTHのような二部隊間の対立は発生していない。これはZEXIS首脳陣の用心深さもあるが、何より多元世界成立直後の不安定な情勢の中、情報入手をUNに頼らざるを得なかったZEUTHとは違い、多元世界成立から20年もの月日が経ち世界情勢が一応の安定を見せている今回の世界では、情報の入手手段が豊富に存在したというのが大きな理由だろう）
設立当初は各組織間のスタンスの違いからか自軍内で意見が対立することが多かったが共闘を通じて連携を深め、お互いの意思を尊重することで和解。最終的に陰月にてガイオウを退けることに成功した。（この一連の戦いは、再世篇では破界事変と呼ばれている）
そして全ての戦いが終わった後ZEXISとZEUTHは一旦解散され、各人はそれぞれの戦いへと戻っていったのだが…

再世篇

破界篇終了後、解散したZEXISとZEUTHの面々は地球連邦軍によって破界事変での功績を奪われただけでなく、様々な弾圧を受けることになった。
連邦軍によって黒の騎士団やソレスタルビーイングは壊滅させられ、コロニーのガンダム達も散り散りとなるなど反体制側のメンバーは大きな打撃を受け、OZへの参加者やS.M.S、コスモクラッシャー隊といった地球連邦軍に参加したメンバーもOZやアロウズの台頭に伴い冷遇を受けることとなった。また暗黒大陸は時空振動により再び封鎖され、外部から侵入することができなくなっていた。
その後反体制側のメンバーは黒の騎士団とソレスタルビーイングを中核として一つに合流。連邦側のメンバーもS.M.Sやコスモクラッシャー隊を中心に合流し、聖インサラウム王国の出現時の混乱を突いてゼロが発したZEXISの招集コードによって部隊全体が結集。同時にエルガン・ローディックから発せられた命令によって「地球連邦所属の外部独立部隊」として活動の正当性を確保し、再びZEXISとして活動することとなった。
今回は「独自の査察権と行動権を持つ、地球連邦所属の外部独立部隊」という扱いだが、アロウズとOZという自軍共通の敵が地球連邦側にいるためか、名目上は連邦軍所属であるにも関わらず反体制組織としての側面が強く、何と自軍メンバーの半数以上がテロリスト、もしくは正規軍からの離反者となっている（そもそも実質的な部隊トップであるゼロからしてテロリストである）。しかも、前述の「独自の査察権」により、同じ連邦軍のアロウズ及びOZと戦闘になってもなんら問題はない。破界事変での死闘を共にした仲間という事もあって、破界篇に比べると自軍全体の結束は固くなっており、破界篇の時のように各組織ごとに分かれて行動することは殆ど無くなった（「表部隊」と「裏部隊」に分かれることも無くなっている。ある意味自軍全体が裏部隊（反体制組織）化していると言えなくもないが）。
OZやアロウズとは当然折り合いが悪いのだが、事情を知らない人間にとってはあまりに不明瞭な結成経緯であるため、正規軍ですらZEXISの存在を疑問視する者が存在する。
その有り様は、ベクトルこそ正反対とはいえ敵対組織のアロウズと似通っている、とも言える。

登場作品

第2次スーパーロボット大戦Z 破界篇 第2次スーパーロボット大戦Z 再世篇: 両作品通じてのプレイヤー部隊。破界篇ではまだ大局を支配できる力はないが、再世篇になってくると戦略クラスの兵器を持つ機体も運用できる（真ゲッタードラゴン、∀ガンダム、ガンダムダブルエックス、ガンダムエックス、ウイングガンダムゼロ、ダブルオーライザー）など、戦力的にはαナンバーズに匹敵する（あちらはイデオンを筆頭に惑星クラスすら破壊できるユニットが揃っているが）。

運用艦船

破界篇

プトレマイオス: ソレスタルビーイングが母体。
マクロス・クォーター: S.M.Sが母体。
ダイグレン: グレン団が母体。
月光号: 第303独立愚連隊が母体。後に離反するが、最終的に和解。

前作『Z』での自軍部隊であるZEUTHに比べ、戦艦は3・4隻と平均的な数となった。

再世篇

マクロス・クォーター: 破界事変より引き続きZEXISの艦船となった唯一の艦。
プトレマイオス2: 破界事変後に大破したプトレマイオスに代わって登場。
斑鳩: 黒の騎士団が母体。
タワー: 早乙女研究所・カミナシティ新政府が母体。後に大破。
ドラゴンズハイヴ: ドラゴンズハイヴが母体。
エターナル: ZEUTHが母体。
真ゲッタードラゴン: 終盤にて参戦。

構成母体

破界篇

ソレスタルビーイング: チーム・プトレマイオスが参加。
黒の騎士団: 総帥であるゼロの他、カレン、扇、玉城、C.C.、藤堂、四聖剣が参加。また、ゼロに雇われた傭兵としてキリコも参加している。
コスモクラッシャー隊: 主なメンバーは全員参加。
S.M.S: クォーターとスカル小隊及びピクシー小隊が参加。
大グレン団: 団長のカミナ以下主要なメンバーは全員参加。カミナの戦死後はシモンが団長の座を受け継ぐ。
ドラゴンズハイヴ: チームDが参加。後に獣戦機隊とエイーダも合流。
第303独立愚連隊: 隊ごと参加するが、後にレントン以外のメンバーは離反。最終局面でホランドが復帰する。
竹尾ゼネラルカンパニー: 社長のワッ太以下主な社員が参加。
21世紀警備保障: ダイ・ガードの運用に関わる社員が参加。
くろがね屋/光子力研究所: 甲児とさやかが参加。
早乙女研究所: ゲッターチームが参加。
コロニーのガンダム: オペレーション・メテオのガンダム5機はいずれも参加。
スコート・ラボ: 結成までの成り行きでクロウが参加。
ブリタニア・ユニオン: ユーフェミアの命令でスザク、ロイド、セシルが参加。敵対関係である黒の騎士団ともZEXIS所属中は休戦状態になっていた。しかし、後にユーフェミアがゼロに殺害されたため、スザク達は国連軍に参加する事に。
ZEUTH: この世界に飛ばされてきたメンバーの大半が参加。破界篇中盤以降は敵組織に呼ばれるため、部隊名の変更は出来ないがZEXIS共にプレイヤーの部隊名となる。
新帝国インペリウム: 最終局面でマルグリットが離反し、ZEXISに参加。

再世篇

大半のメンバーが破界篇と共通している。

ソレスタルビーイング: ブリッジクルーや二代目ロックオンなどの人員の入れ替えがあったものの、引き続きチーム・プトレマイオスが参加。
黒の騎士団: ゼロの他、主な団員が参加。ルートによってはゼロは追放されるが、終盤で戻ってくる。
ICPO: 正太郎が参加。
コスモクラッシャー隊: 主なメンバーは全員参加。ZEUTHのスーパーロボット部隊も大体はここに所属している。
S.M.S: クォーターとスカル小隊（終盤までアルトとミシェルのみ）及びピクシー小隊、アクエリオンが参加。
FIRE BOMBER: 当初はトゥウィンクルプロジェクトに参加するはずだったが、ZEXISを気に入ったバサラの意向によりメンバー全員が合流。また、ガムリンもミレーヌの護衛という形でZEXISに参加する。
カミナシティ新政府: 総司令官であるシモンの他、ヨーコ、キタン、ギミー、ダリー、隼人、敷島博士が参加。下記の反政府側ゲリラの他、號と竜馬が合流する。
反政府側ゲリラ: ヴィラル、弁慶、渓、凱が参加。
ハイム牧場: ロラン他、暗黒大陸に赴いたZEUTH組が該当。
ドラゴンズハイヴ: チームDと獣戦機隊、グランナイツ、Gソルジャー隊が参加。後にドラゴンズハイヴ自体も合流。
第303独立愚連隊: 実質レントンとエウレカのみの参加。黒の騎士団ルートではホランドも合流する。
竹尾ゼネラルカンパニー: 社長のワッ太以下主な社員が参加。社員やアルバイトとして万丈、ザンボットチーム、ゲイナー、ガロードも所属。
21世紀警備保障: ダイ・ガードの運用に関わる社員が参加。
くろがね屋/光子力研究所: 甲児とさやかに加え、ボスとくろがね五人衆も参加。
コロニーのガンダム: オペレーション・メテオのガンダム5機はいずれも参加。
OZからの離反者: 一部のZEUTHメンバーが参加していたが、それぞれの考えからOZを離脱し自軍に合流。その他、ヒルデが該当。
サンクキングダム: ノインが参加。
地球連邦軍/ブリタニア・ユニオン: シュワルツが参加。終盤にてスザク達ナイトオブラウンズも参加する。
アロウズからの離反者: ピーリスがZEXISに保護される形で参加。
秘密結社からの離反者: フィアナがZEXISに救助される形で参加。
カタロン: ライル（二代目ロックオン）が参加。
傭兵: キリコ、シャッコ、グレゴルー等が該当。キリコは今回、黒の騎士団に雇われていない。
スコート・ラボ: クロウとエスターが参加。
ZEUTH: ZONEの影響によりセツコ、ランド、メールが飛ばされてくる。破界事変では傍観に徹していたラクスとディアナ、サンドマンらも行動を起こし、後にアビスを通じてジャミルらも参加。
聖インサラウム王国: マルグリットが離反。

人物

エルガン・ローディック: ZEXISの設立者であり、秘密裏で各組織を併せる活動もしていた。再世篇ではZEXISに「地球連邦軍の外部独立部隊」という地位を与え、活動を後押しした。
ゼロ: ZEXISの実質的な最高指揮官。破界事変の最終局面でエルガンから全権を委ねられ、いつ如何なる時でもZEXISを招集できる機密コードを託された。再世篇では彼の号令によって再びZEXISが集結する事になる。
スメラギ・李・ノリエガ ジェフリー・ワイルダー F.S. 神隼人 ラクス・クライン: ZEXISの指導者達（このうち隼人は破界篇の時点では指導者組には入っておらず、ラクスは再世篇で合流）。正規軍出身者が一人もいないのが特徴である。