基本設定
本作では他作品と異なって、「地球が既に異星人に完全支配されてしまっている状態」から物語が始まるという、珍しいスタンスとなっているのが特徴。ムゲ・ゾルバドス帝国とグラドス軍により地球が制圧され、その傘下として地球の勢力である「スペシャルズ」による容赦の無い弾圧が巻き起こり、主人公達は地球解放戦線機構とカラバの合同部隊（後にマーチウィンドに改名）に加わって、レジスタンスとして戦う事になり、ゲーム開始時には非常に重く殺伐とした雰囲気を漂わせている。
前半時は、異星人の侵略者達を中心に戦う事になり、異星人の支配下にあった地球の勢力による一大反抗作戦である「オペレーション・デイブレイク」の発動を機に一度は異星人の勢力を壊滅・撤退に追い込む。しかし、後半時には新たな異星人の侵略者であるズール皇帝を中心としたギシン、キャンベル星人、ベガ星連合軍の一大同盟国家である「銀河帝国」と戦う事になり、ルートによっては地球の勢力であるOZ（元・スペシャルズ）やスペースコロニーの勢力であるアクシズやホワイトファング、そしてシャア・アズナブル率いるネオ・ジオンとも戦っていく事になる。そして、最終的には戦いの裏で暗躍を行っていた「アル＝イー＝クイス」と名乗る勢力と最後の決戦を迎える事になる。
暦は『新機動戦記ガンダムW』のアフターコロニーであり、世界観のベースは『蒼き流星SPTレイズナー』の第2部で、『機動戦士Ζガンダム』『新機動戦記ガンダムW』『超獣機神ダンクーガ』などの要素を付け加えている。
政治体制
ムゲ帝国の傘下のグラドス軍が統治を行っている。地球人達は厳密な階級分けがされており、スーパー女主人公であるマナミ・ハミルはA級市民、アークライト・ブルーはB級市民となっている事が作中で判明している。
軍事体制
地球解放戦線機構
「Liberation Front of the Earth」。「ライフ」という略称があるがほとんど使われず「解放戦線」と呼ばれることが多い。ムゲ帝国と闘うため組織されたレジスタンスでリアル系の初期所属組織。主な指導者はロス・イゴール、ブレックス・フォーラ。ブライト・ノアを実働部隊の隊長として行動する。旧連邦の軍人が多く、軍の階級で呼ぶことが多い。
カラバ
地球解放戦線機構と協力関係にある反帝国組織。『機動戦士Ζガンダム』の同名組織が元だが、破嵐万丈、アラン・イゴールが主要メンバー。地球解放戦線とは違い、主に民間出身者で構成されておりスーパー系主人公は最初こちらで動くことになる。また、極東のスーパーロボット開発者たちを独自にかくまっており、スーパーロボットの開発も行っている。
マーチウィンド
プレイヤーの部隊名（デフォルト）。アムロ・レイに詩の一節から取って名付けられる。
各地域の設定
極東地区
一年戦争終盤にムゲ帝国の砲撃で東京は崩壊しているため、他のシリーズと異なりこの地域が主な舞台になるわけではない(何度か東京や北京で戦闘は存在する)。極東地区のスーパーロボットの開発者達は万丈の助けで終戦間際のどさくさで各地に姿を隠している設定。
他地域
コロニー
ムゲ帝国への反攻作戦としてオペレーション・メテオを実行。ガンダムWの5機に加えアルティメットガンダムも投入された。
月
敵勢力
ムゲ・ゾルバドス帝国
グラドスを傘下に置く。
スペシャルズ / OZ
ムゲの支配に協力的な地球人（主にロームフェラ財団）による軍事組織。後にOZとしてムゲに反旗を翻すが、やがて地球圏の支配に乗り出す。『機動戦士Ζガンダム』のティターンズの面々もここに属する。また、スーパー系男主人公以外のライバルはここの所属となる。スーパー系男主人公のライバルもバスクに協力するため、実質的にロームフェラ派はどのルートを通ってもライバル組織である。
ルートの選択によってはトレーズ・クシュリナーダの手引きでプレイヤー部隊を含む地球解放戦線機構・カラバの大半もがOZに編入される。この場合、階級はOZに準じて特佐、特尉、軍属出身でない者は志願兵扱いとして特士扱いとなり、シナリオでもブライト特佐やクワトロ特尉と呼ばれるようになる珍しい作品である。
地下勢力
ミケーネ帝国、百鬼帝国、BF団が存在。ミケーネと百鬼は地上征服の目的のためムゲの傘下におり、特に百鬼は、スーパーロボットの研究所を攻撃しているミケーネに援軍と称して部隊を送るが、実際はゲッター線の施設だったら横取りしようと考えていたり、ムゲやスペシャルズの兵士を鬼に改造している。後にミケーネと百鬼は正式に同盟を結ぶ。
ドレイク軍
ドレイク・ルフトがシャピロ・キーツを客将として招いていたので、ドレイク軍はムゲに協力することになる。
銀河帝国
ギシン星人、ベガ星人、キャンベル星人による外宇宙の帝国。『六神合体ゴッドマーズ』のギシン帝国が元。