基本設定
2つの平行世界間の接触がメインテーマとなっており、異なる世界観・情勢・技術レベルの2つの世界が接触する事によって起こる様々な事件が舞台となっている。
こちら側の世界
ストーリーの舞台となる世界。
地球
政治体制
ほぼ機動戦士ガンダムSEED DESTINYに準拠している。ただし、地球連合とは別に「国連」が存在している。プレイヤー部隊のLOTUSは国連の管轄下にある部隊。
軍事体制
人類の軍事組織としてはコズミック・イラ世界の地球連合軍、ザフト軍、オーブ軍に加え、鋼鉄神ジーグのビルドベース、神魂合体ゴーダンナー!!のダンナーベースを始めとした各ベース（ただしゴーダンナー勢の中で舞台として登場するのはダンナーベースのみ）、ヱヴァンゲリヲン新劇場版のゼーレおよびNERV、鉄のラインバレルのJUDA特務室・謎の組織加藤機関など。
人類以外の組織としては鋼鉄神ジーグの邪魔大王国、戦え!! イクサー1のクトゥルフ軍、組織では無いが擬態獣が地球圏の各地に出没している。
月
機動戦士ガンダムSEED DESTINYの世界観に従い、アルザッヘル基地やダイダロス基地が存在する。
また、獣装機攻ダンクーガノヴァのムーンWILLおよび、戦え!! イクサー1のビッグゴールドの要塞もここにある。
コロニー
機動戦士ガンダムSEED DESTINYの世界観に従っているため、同作品に登場するコロニーは全て存在するものと思われる。
ストーリー中に出たコロニーはザフトがセカンドシリーズのMSの開発を行っていたアーモリーワン、プラント首都があるアプリリウスワン、廃棄されたコロニーのユニウスセブンなど。
ダリウス界
ダリウス人が地球の内側に作り出した異空間。ガイキングLODの舞台であるが、ストーリーの要所のイベントで出てくるだけであり、本作ではここを舞台にする事は無い。
高蓋然性世界
平行世界のこと。
語義としては「高い確率で存在する別の世界」と言う意味であり、「あちら側から見たこちら」も高蓋然性世界と呼ぶ事になるが、『L』ではほぼこちら側の世界のみを舞台としている事に加え、あちら側の世界には平行世界間を行き来する技術が存在する（＝あちら側の世界にとっては平行世界は可能性で語られるだけの存在ではない）ため、こちらの世界をこのように呼ぶ人物は登場しない。
地球
政治体制
鉄のラインバレルのセントラルを頂点としたマキナ人間と、マキナ人間でない人類の統合政府が地球を二分している状態。
マキナ人間の側は全体が単一の意思で活動する存在である以上、政治体制と言えるものは実質的に無いと思われる。
人類統合政府はマキナ人間が出現した当初は抗戦しつつも戦力差に追い詰められていたが、停戦・和平を唱える政府の停戦派の代表、ルド・グロリアがセントラルとの停戦交渉を纏め上げ実現させたため、政府の実権は一気に停戦派のものになっている。ルド・グロリアもその際に政府そのものの大統領に就任している。
以上の経緯から現在は地球上では目立って戦争状態になっている訳ではないが、停戦の際に交わされた条約は統合政府側にとってかなり不利なもので、実質的に人類側が「頭を下げて停戦して貰った」状態に近いものとなっている（国民にはそれらの事実は知らされていない）。
超時空要塞マクロスのSDF-1マクロスおよびマクロスシティは存在するが、地球の半分がマキナ人間の勢力下となっている状態でどうなっているのかは不明。
移民船団
マクロスFのフロンティア船団およびギャラクシー船団がストーリーに登場。 このうちフロンティア船団はストーリー冒頭のプロローグにおいて、こちら側の世界に偶然に転移してしまう。
なお、各移民船団の中でも最後発組に位置するフロンティア船団でも、地球を発ったのはセントラルと統合政府が戦争状態に陥るよりも昔であり、船団に住む人々はセントラルの存在を知らない。ある程度その辺の情報を手に入れられる立場の人間であれば「政府が何者かと戦争状態に陥った」事くらいは掴む事も可能だが、その詳細まで掴んでいる者は、居ても船団政府首脳部クラスの一握りの人間だけである。
バジュラ
マクロスFに登場する生命体の群れ。本来ならばあちら側の世界の存在であったはずだが、フロンティア船団が緊急フォールドの際の事故でこちら側の世界に転移してしまったのを追いかけ、こちら側の世界にまでやってくる。
これにより、バジュラのフォールド能力はそれ単体で平行世界間を行き来する事まで可能なレベルにある事が判明する。最終的には、バジュラ本星そのものが丸ごとこちらの世界にフォールドしてくる。
技術レベル
こちらとあちらの世界には、技術レベルにかなり開きがある事が分かる。
- フロンティア船団がこちらの世界に転移してきた直後、ミネルバ隊と初遭遇した時、オズマのVF-25S メサイアを見てシンが「なんて機動性だ！」と驚愕している。
- 次元を超えて平行世界間を移動してくるのは全てあちら側の人物のみであり、こちらからあちらの世界に向かう技術が無い。
- ギルバート・デュランダル議長が、デスティニープラン実現のためにセントラルから技術供与を受けている。
- フォールド航法やワープ航法など、時空転移に属する移動方法の技術は全てあちら側の世界の勢力が持つ技術である。
- ただし、こちらの地球に例外が一人存在し、技術援助なども一切受けていないにも関わらず、あちらの世界をも凌駕する技術レベルを持つ。
- 細部は異なるものの、同じような時空間転移能力「イマジナリィロード」を持つ機動兵器・ストレイバードを独力で作り上げている。
- 技術で勝るはずのあちら側の世界の勢力が開発に行き詰ったものが、この人物の技術を盗用することで完成を見ている。