ゲームの本筋とは関係のないシナリオのこと。プレイするかしないか、プレイヤーの手で自由に選ぶことができる。
スパロボでは特定作品で採用されているが、その位置付けは作品によって異なる。
各作品
スーパーロボット大戦GC（XO）
特定メインシナリオクリア後のインターミッションで、メインシナリオとは別に選択可能。次のメインシナリオに進むまでなら何度でもプレイでき、経験値・資金・撃墜数を稼いだり、スキルエースの取得、登場する敵ユニットを捕獲して部隊を強化できる。
サブシナリオを攻略しないと加入しないパイロット、機体、特定機体の追加武装も存在する。またサブシナリオによっては、1回目と2回目でシナリオ内容が若干変化することがある。
サブシナリオの位置については以下を参照。
第3次スーパーロボット大戦α 終焉の銀河へ
本編シナリオを特定の話数まで進めると、オプションのシナリオフローチャート場面から選択可能。本編を補完する意味合いが強い。
『GC（XO）』と違いサブシナリオは本編から独立しており、本編の部隊強化はできない。
サブシナリオの位置については「全話一覧/第3次α」を参照。
スーパーロボット大戦Operation Extend
第3章までの各章クリア後と第2章・第3章始めにある。主に直後のミッションで加入するキャラクターの前日譚で一部ミッションは次章予告も兼ねている。ゲームシステム上、ミッション出現まで進めていればいつでもプレイ可能。
スパロボ学園
本編のシナリオとは別に用意されているサイドストーリーで、本編の進行とは関係なく随時プレイ可能。ただし一部のシナリオは本編クリア後でないとプレイできない。
全80シナリオ用意されており、全てクリアするとちょっとしたボーナスがある。詳細は「サブシナリオ/学園」を参照。