サブシナリオ/学園
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本編のシナリオとは別に用意されているサイドストーリー。その数は全80本に及び、全て合計すると本編と同等かそれ以上のボリュームを持つ。
マップ中で「S」が付いている人物に話しかけることで、それぞれの人物に応じたサブシナリオをプレイすることが可能。「S」が付いている人物を見つけられれば、ストーリー本編がどのような状況であろうがプレイ出来てしまうが、サブシナリオの位置づけはあくまで「プレイヤーが好きな時に楽しめる小話」であるので、本編とは一切無関係であることを念頭においてプレイした方がよい。雰囲気重視のプレイヤーは、迂闊なタイミングでサブシナリオに入ってしまうと興が削がれる恐れがあるので注意。
No.1 - 29編集
| No | シナリオ名 | 備考 |
|---|---|---|
| 1 | イタズラがすぎる | |
| 2 | 元気すぎるのもどうかと | |
| 3 | 九人目の戦士 | |
| 4 | 私の呆れたスパイ | |
| 5 | 隠密行動中です | |
| 6 | 保健委員の逆襲 | |
| 7 | 強引な先輩 | |
| 8 | なよ竹の… | |
| 9 | メガネは好き嫌い？ | |
| 10 | 眠いの… | |
| 11 | がんばれ隊長さん | |
| 12 | 生徒会執行部の逆襲 | |
| 13 | 指揮官は男のロマンだぜ！ | |
| 14 | 三度のメシより… | |
| 15 | お姉さんの悩み | |
| 16 | モキモキモンキーパニック！ | |
| 17 | 転んじゃいます | |
| 18 | オカルト研究会の逆襲 | |
| 19 | 名刀？菊一文字 | |
| 20 | 方向音痴をなおしたくて… | |
| 21 | 彼女が欲しい | |
| 22 | 迫り来る"G"の恐怖！ | |
| 23 | 呪われています！ | |
| 24 | しりとり合戦 | 本編クリア後に出現 |
| 25 | アイデアが浮かばなくて… | |
| 26 | 大きい方がいいですか？ | |
| 27 | 旧校舎の秘密 | |
| 28 | 私は妖精 | |
| 29 | 女の子らしさって？ |
No.30 - 65（シリーズもの）編集
シリーズの名称は特にないため、便宜的に設定。
| No | シナリオ名 | 備考 |
|---|---|---|
| 30～33 | クリームパンの恨み コロネの中身はなんだろな ライフウイズハンバーガー 新しい世界へ |
クリームパンシリーズ |
| 34～40 | くしゃみ魔女ペッパーちゃん第1話 くしゃみ魔女ペッパーちゃん第2話 くしゃみ魔女ペッパーちゃん第3話 くしゃみ魔女ペッパーちゃん第4話 くしゃみ魔女ペッパーちゃん第5話 くしゃみ魔女ペッパーちゃん第6話 くしゃみ魔女ペッパーちゃん第7話 |
くしゃみ魔女シリーズ No.40は本編クリア後に出現 |
| 41～45 | 五人揃って…～一人目～ 五人揃って…～二人目～ 五人揃って…～三人目～ 五人揃って…～四人目～ 五人揃って…～五人目～ |
ジャージ戦隊シリーズ No.45は本編クリア後に出現 |
| 46～50 | 先生、お願いします！第1話 先生、お願いします！第2話 先生、お願いします！第3話 先生、お願いします！第4話 先生、お願いします！第5話 |
遼駕への刺客シリーズ |
| 51～53 | 行方不明のあいつを探せ プライドの激突 灼熱の決戦 |
vs清掃委員シリーズ |
| 54～58 | 学園怪盗00号 怪盗00号・第二の事件 怪盗00号の挑戦 怪盗00号・獲物はお前だ さらば怪盗00号 |
学園怪盗シリーズ |
| 59～63 | スパロボ学園の休息 その1 スパロボ学園の休息 その2 スパロボ学園の休息 その3 スパロボ学園の休息 その4 スパロボ学園の休息 その5 |
スタンプラリーシリーズ |
| 64～65 | 学園忍者部隊でござる 抜け忍を追えでござる |
学園忍者シリーズ |
No.66 - 80（メインキャラクターのサブストーリー）編集
原則的に、全て本編クリア後にプレイ可能となる。
| No | シナリオ名 | 備考 |
|---|---|---|
| 66～67 | 幼馴染のジレンマ 超カミングアウト |
咲弥のエピソード |
| 68 | 漢一匹！ 轟剛太郎！ | 轟のエピソード |
| 69～70 | ゴミはゴミ箱へ！ご飯は… 強すぎる女は嫌いですか？ |
京香のエピソード |
| 71 | あなたの秘密教えて下さい | 菜波のエピソード |
| 72～73 | 吹雪は吹雪ですぅ！ 終わりはいつも… |
吹雪のエピソード |
| 74～75 | 人は呼ぶ、懲りない女と 悪の中ボス募集中 |
葵のエピソード |
| 76～77 | 学園ミステリー 見えない瞳の見せない理由 |
てすらのエピソード |
| 78 | そのスイーツ危険につき | 小夜のエピソード |
| 79 | 新妻の心得？ | 魅門のエピソード |
| 80 | それゆえに恐らくは幸福な日々 | 魅門のエピソード 66～79を全て攻略した後に出現 |
出現条件他編集
特典強化パーツ編集
サブシナリオでは、戦闘勝利後に30%の確率で予め定められた強化パーツを入手可能。
特定ユニット、金コインについてもそれぞれ一定確率（20%、10%）で入手可能となっているが、強化パーツについてはメインシナリオ・サブシナリオクリア後の特典として入手する以外に方法がない。このため、強化パーツを入手可能な戦闘について下記に列記する。修理＋など、効果が高いにも関わらずサブシナリオのランダム入手でしか手に入らないパーツもあるので要注意。
強化パーツの効果詳細については強化パーツ/学園を参照。また、Wスロットによる特典強化パーツについてはバトルでの入手が不可能であるため省略。
| 強化パーツ | メインシナリオ （入手確率100%） |
サブシナリオ （入手確率30%） |
|---|---|---|
| APカット（小） | 小夜第2戦 | No.58 No.63 |
| APカット（大） | 魅門最終戦 | No.73 No.76 No.79 |
| HP＋（小） | 轟第2戦 | No.17 No.44 No.64 |
| HP＋（大） | 轟第3戦 学園長最終前哨戦 |
No.77 No.78 No.80 |
| 装甲値＋（小） | 轟第1戦 | No.4 No.29第2戦 No.35 |
| 装甲値＋（大） | なし | No.15戦 No.24 No.26 No.43 |
| 運動性＋（小） | 菜波第1戦 | No.41 |
| 運動性＋（大） | 菜波第2戦 | No.68第2戦 No.69 No.75 |
| 照準値＋（小） | 吹雪第1戦 | No.22第3戦 No.31 No.33 No.42 |
| 照準値＋（大） | なし | No.70 No.72 No.74 |
| ソーラーセイル | 葵第1戦 | No.9 No.16 No.32 No.36 |
| 待機HP回復＋ | てすら第2戦 吹雪第2戦 学園長最終前哨戦 |
No.21第2戦 No.25 No.30 |
| ジャンケンダメージ＋ | 京香第3戦 | No.19 No.48 No.51 |
| 格闘ダメージ＋（小） | 京香第1戦 | No.1第1戦 No.10 No.29第1戦 No.37 No.54 |
| 格闘ダメージ＋（中） | 京香第2戦 | No.1第2戦 No.6第1戦 No.23 No.38 No.55 No.59 |
| 格闘ダメージ＋（大） | 魅門最終戦 | No.13第1戦 No.45 No.47 No.65 |
| 射撃ダメージ＋（小） | 吹雪第1戦 | No.8第1戦 No.39 No.56 No.61 |
| 射撃ダメージ＋（中） | 吹雪第3戦 | No.20 No.40 No.57 No.62 |
| 射撃ダメージ＋（大） | 学園長最終前哨戦 | No.2 No.13第2戦 No.27 No.50 |
| 沈黙無効 | てすら第1戦 | No.5第1戦 No.7第1戦 No.8第2戦 No.18第1戦 |
| ヒート無効 | 轟第2戦 | No.5第2戦 No.6第2戦 No.6第3戦 No.7第2戦 No.18第2戦 |
| 感電無効 | なし | No.12 No.14第1戦 No.18第3戦 No.28 |
| スロウ無効 | なし | No.14第2戦 No.22第1戦 No.46 No.60 |
| 麻痺無効 | なし | No.11 No.22第2戦 No.34 |
| SP上限（小） | 咲弥第1戦 | No.3 No.52 |
| SP上限（大） | 咲弥第2戦 | No.66 No.67 No.68第1戦 No.71 |
| 修理＋ | なし | No.21第1戦 No.49 No.53 |