『スーパーロボット大戦EX』の隠し要素。
最大の特徴はISS。データを引き継いだ場合、別ルートの主人公の選択が他のルートでも影響を及ぼすことがある。
マサキの章
グラン・ガラン＆シーラ
#4「オーラバトラー」クリア後、「先を急ぐ」を選んだ場合#6「聖少女」で加入。同時にボチューン＆ニー、ボゾン＆キーンも加入。PS版では更に妖精のエルとベルも追加される。ゴラオンとは択一。
ゴラオン＆エレ
#4「オーラバトラー」クリア後、「あたりめぇよ！」を選んだ場合#5「オーラシップ」で加入。同時にビアレス＆トッドも加入。グラン・ガランと択一。
ライネック（2機目）＆リムル
#24「訣別」クリア後、「様子を見てくる」を選ぶと#26「野望、渦巻く」で加入。
リューネの章
グラン・ガラン or ゴラオン
#5「胞子の谷」開始前に「そうだな」を選べばグラン・ガラン、「よけいなお世話」を選べばゴラオンが加入する。CB版ではグラン・ガランにエルとベルも同行。マサキの章でどちらかを仲間にしたデータのISSを使っている場合、彼が仲間にしていない方が自動的に仲間になる。
バストール＆ガラリア
#6「サプライズド・アタック」でシーラもしくはエレでガラリアを説得するとその場で仲間になる。
ギラ・ドーガ＆ケーラ、ズサ＆ハサウェイ
#7「反撃」でアムロかカミーユで2人のうちどちらかを説得すればその場で2人とも仲間になる。
ドーベン・ウルフ
#8「ヴォルクルスの影」クリア後、ケーラがいれば入手。
ドライセン3機＆黒い三連星
シュウの章でシュウとリューネが会ったデータをISSで使用。#11「シュウ＝シラカワ」でシュウと戦闘し、#12「黒い三連星」で「一緒に来るかい」を選ぶと加入。
この場合、後半でマサキチームと合流できる。#21「めぐりあい」クリア後「とぼけるつもり？」だとそのままリューネチームで（プル＆プルツーがショウ＆シーブックとトレードされるが）、「そうだっけ？」だとリューネのみマサキチームに加入して最終話を戦うことになる。
シュウの章
出現方法
SFC版ではマサキの章かリューネの章いずれかをクリアすればトレーニングモードと差し替えで出現。PS版では両方の章をクリアする必要がある。
ネオ・グランゾン
ISSを使ってマサキとリューネの章両方をクリアしたデータを作成し、電源ON時のバンプレストのロゴマーク出現時に「下、上、左、右、L、R」を入力（PS版では『EX』のタイトル画面で「下、上、左、右、L1、R1」）。その状態でISSを使わずにシュウの章を始めればグランゾンがネオ・グランゾンに変化する。
この状態で#5「リューネ＝ゾルダーク」でリューネと戦闘し、そのデータを使ったISSでリューネの章を始めればネオ・グランゾンと戦うことも出来る。詳しくはユニット解説の該当項目で。
バウンド・ドック3機、ジェリド＆ライラ＆カクリコン
#2「戦国魔神ゴーショーグン」クリア後「遠回り」を選び#3「バゴニアの傭兵」で彼ら3人の誰かをシュウで説得すれば3人ともその場で仲間になる。
百式＆クワトロ
#4「ヌエット海」でシュウでクワトロを説得すればその場で仲間になる。
ズワァース改＆バーン・バニングス
「ヌエット海」クリア後「そうですね」を選び#6「復讐の騎士」でシュウでバーンを説得すれば仲間になる。加入時点ではノーマルのズワァースだが、クリア後に改に改造される。こちらのルートではリューネに会えない。
ノルス or ギルドーラ
#9「ノルス奪取」で移動要塞を破壊すればノルスを、破壊できなかった場合ギルドーラをそれぞれ入手。
サザビー＆ドーベン・ウルフ
#10「闇のささやき」で7ターン以内に敵を全滅させる。クワトロがいればサザビーを、ジェリドがいればドーベン・ウルフをそれぞれ入手。
ソルガディ＆アハマド
#13「ジハード」で「無駄に戦力を～」を選択、シュウでアハマドを説得すれば仲間になる。
サフィーネ生存
#16「反逆」開始時点でサフィーネがレベル31以上(PS版はレベル30以上)ならば味方に残留。それ以下の場合敵になり、撃墜すると死亡してしまう（撃墜しない場合もマップクリア時に死亡）。