- 本作『第2次スーパーロボット大戦G』の隠し要素は第2次スーパーロボット大戦の隠し要素をベースとしているが、異なる箇所も多い。
- 代表は、早乙女ミチルを仲間にするかどうかでルートの分岐等様々な影響が発生すること、及びヴァルシオーネの加入である。
ルートに影響する隠し要素
ゲッターQ＆早乙女ミチル
第4話「謀略の町」において、敵として登場するミチルを3PPまで生き残らせておけば、NPC味方となり、クリア後に加入する。
仲間にした場合と撃破した場合とで、進むルートが変化する（全話一覧/第2次G参照）。
また、仲間にせず撃破した場合、以後カテジナ・ルースが敵として登場するようになる。（逆に仲間にした場合、歴代スパロボでも非常に珍しいことに、カテジナが敵に回らない）
カテジナ・ルース戦闘前会話
カテジナが敵として出てくる全マップでウッソとカテジナを戦闘させる。 （1度でも、戦闘させないと以降、戦闘前会話が発生しなくなる。）
第24話「デビルガンダム再び」において、ウッソでクロノクルとカテジナを撃墜。 クロノクルとカテジナの最期のセリフが追加。（二人の撃墜順序によって2パターン）
エルメス＆ララァ
(1)ミチルを仲間にした場合の第7話「光る宇宙」において、シャア撃破後にアムロでララァを説得した場合、同話クリア後にエルメスを入手。
(2)第16話「宇宙へ･･･」において、シャアとアムロが戦闘する。クリア後にララァが加入する。
フォウ・ムラサメ
ミチルを仲間にしなかった場合の第6話「裏切りの荒野」において、フォウの拉致イベント発生。
このルートを通過した場合、第10話「マリオネット・フォウ」において、カミーユでフォウを説得可能。クリア後にフォウが仲間になる。
まとめ
| ミチルを仲間にした | ミチルを撃破した | FC版第2次での扱い | |
|---|---|---|---|
| ミチル | 自軍加入 | × | 同話のみNPCとして戦列に参加 |
| 次面（第5話～） | ジブラルタル空域 | ダカール制圧 | ルート分岐なし |
| フォウ | × | 説得可能 | 必ず説得可能で、 かつサイコガンダムも入手できた。 ただし途中離脱する。 |
| ララァ | 説得可能 | × | 必ず説得可能だった。 ただし途中離脱する。 |
| カテジナ | 敵にならない | 敵になる | 登場せず |
| その他 | ・第6話「サイド6の出会い」開始前、 ユカ＆ガンブラスターが加入 ・第17話「激闘！ジュピトリス」クリア後、 ゾロアット入手 |
× | 登場せず |
メカ胡蝶鬼＆胡蝶鬼
第8話「敵要塞を破壊せよ！」において、メカ胡蝶鬼のHPが1/3以下の状態で、竜馬で胡蝶鬼を説得する。以後、自軍に加入する。
ミネルバX
胡蝶鬼を仲間にしなかった場合の第9話「マ・クベの罠」において、甲児でミネルバXを説得する。以後、自軍に加入する。
まとめ
| 胡蝶鬼を仲間にした | 胡蝶鬼を撃破した | FC版第2次での扱い | |
|---|---|---|---|
| 胡蝶鬼 | 自軍加入 | × | 同様に自軍加入。 ただし途中離脱する。 |
| 次面（第9話） | 敵か味方か、謎のガンダム | マ・クベの罠 | ルート分岐なし |
| ミネルバX | × | 説得可能 | 必ず説得可能だった。 ただし途中離脱する。 |
| その他 | ・第9話「敵か味方か、謎のガンダム」において シャイニングガンダムが早期に加入 ・同話において、ラドラとのイベント発生。 第18話「脱出」においてラドラが撤退する |
× | イベントなし |
その他の隠し要素
Vガンダム（2機目）
ルート分岐があるが、どちらのルートでも入手は可能。
～Ζを先に救出ルート～
第3話「救出!!Ζガンダム」において、7ターン以降にクリアすると、クリア後に2機目のVガンダムを入手できる。
～シュラク隊合流ルート～
第3話「シュラク隊激闘」において、オリファーがクリア時まで生き残っている場合、クリア後に2機目のVガンダムを入手できる。
V2アサルトバスターガンダム
V2ガンダムをフル改造するとユニットが変化する。武装や特殊能力も一新され、移動後攻撃ができなくなる・ビームシールドを失うなどのデメリットも存在するため、使い方によってはフル改造しないほうが有利な場合も。
キュベレイMkII＆プル
(1)第15話「シロッコの影」において、ジュドーでプルを説得する。
(2)第19話「ソーラレイ発動」において、ジュドーでプルを2回説得する。すると、クリア後に加入する。
FC版第2次ではプルツーとの択一となったが、本作ではプルツーは登場しない。また、後継機（クィン・マンサ）への乗り換えもない。
ヴァルシオーネ＆リューネ
第21話「時間よ止まれ」において、17ターン目までマサキがマップ上にいると、リューネが出現。そのまま仲間になる。
同話は18ターン目までの味方全機の脱出がクリア条件なので、脱出口付近で待機しているのがよい。
尚、リューネは最終話開始前に離脱する。
石破天驚拳
ギアナ高地ルートでのみ修得可能な、ゴッドガンダムの最終奥義。
同ルート第24話「死闘！マスターアジア」において、ゴッドガンダムとマスターガンダムの一騎打ちの際、以下の手順を踏む。
(1)マスターガンダムのHPを60%以下にする
(2)戦闘を3回繰り返す（都度会話イベントが発生）
(3)その後、ドモンでマスターを撃破する
するとクリア後に武装「石破天驚拳」が追加される。
余談
本作の最終話開始前のシナリオデモは隠し要素で加入・離脱するキャラと縁の深い人物たちの会話で構成された隠し要素に特化したものになっている。誰もいない場合ブライトの一言だけになる。