- 本作では何と言ってもグレートゼオライマーの入手条件が厳しい。序盤におけるルート分岐の選択がほとんど固定されてしまう他、ゲイル・IWSP等多数の隠し要素を犠牲にすることになる。
- 主人公関連の隠し要素がある点も特徴的。
分岐表
| 統夜（男主人公） | カルヴィナ（女主人公） |
|---|---|
| － | － |
↓
| 共通 |
|---|
| ゲイル（1/2） |
↓
| アークエンジェルに乗艦 | ナデシコに残る |
|---|---|
| ゲイル（2/2） I.W.S.P.パーツ（1/2） |
グレートゼオライマー（1/4） |
↓
| 共通 |
|---|
| ジュリア(1/3) |
↓
| 地上に残る | 月へ向かう |
|---|---|
| グレートゼオライマー（2/4） | ガイ生存（1/2） |
↓
| 共通 |
|---|
| グレートゼオライマー（3/4） ジュリア（2/3） ボン太くん |
↓
| 残留する | 北米へ向かう |
|---|---|
| グレートゼオライマー（4/4） | Xエステバリス レイズナーMk-II |
↓
| 共通 |
|---|
| ジュリア（3/3） レイピア |
↓
| アラスカ基地に向かう | 和平交渉に向かう |
|---|---|
| I.W.S.P.パーツ（2/2） | - |
↓
| 共通 |
|---|
| アレンビー |
↓
| ラダム討伐に向かう | 和平交渉に向かう |
|---|---|
| バルザック生存 | ガイ生存（2/2） |
↓
| 共通 |
|---|
| － |
↓
| 宇宙に残る | 地球に降りる |
|---|---|
| - | - |
↓
| 共通 |
|---|
| － |
隠し要素一般
グレートゼオライマー
前提：下記のステージおよび強制出撃以外のマップで、ゼオライマーを一切出撃させない（第32話終了まで）。
また、味方の援護攻撃を利用しての撃墜ではなく、ゼオライマー単体の攻撃での撃墜が必要になる。
（1）ナデシコに残るルートを進み、第13話「2体の魔神」にて、マサトが耐爬に止めを刺す
（2）地上に残るルートを進み、第21話「オルファンの抗体」にて、マサトがシ・アエン、シ・タウに止めを刺す
（3）第29話「地獄城の激闘！」にて、マサトが葎に止めを刺す
（4）残留するルートを進み、第32話「怨念の終焉」にて、マサトがロクフェル、祗鎗、塞臥、幽羅帝の全てに止めを刺す
以上を満たしていれば、第36話「ボソン・ジャンプ」開始前に再加入するマサトの乗機がグレートゼオライマーに変化している。
ただでさえ強いゼオライマーの性能が更に向上した鬼性能機。ルート選択がほとんど固定化する、第36話までゼオライマーがほとんど使えないなどのデメリットはあるが、入手の価値は十分にある。
ゲイル＆グライムカイザル
（1）第3話「彼の名はエイジ」にて、エイジでゲイルを説得する。
（2）第4話「さよならの赤い星」にて、エイジでゲイルを説得する。
（3）同話にて、選択肢「ゲイル救出に賛成」を選択する。（デメリットは特にない）
（4）アークエンジェルに乗艦ルートを進み、第14話「蒼き流星となって」にて、エイジとゲイルが戦闘する。
以上を満たしていれば、第39話「消えない灯火、消える命」開始前に加入する。尚この際、ジュリアも同時に自軍に加わるが、パイロット登録はされない。
1周目での加入時のみ機体に5段階改造が施されるが、2周目以降に生存させた場合には引継ぎの仕様（自軍に未加入の機体は無改造扱い）から5段階改造が施されることはない。
ルート選択の関係上、グレートゼオライマーとは択一となる。
ジュリア＆ブラッディカイザル
上記のゲイル加入フラグが成立していない場合のみ、下記を満たせばパイロットとして自軍に加入する。
加入タイミングはゲイルと同じだが、ブラッディカイザルには修理装置が搭載されている。
（1）第20話「真実は一つじゃない」にて、エイジで？？？（ジュリア）を説得する。
（2）第27話「浮上」にて、グラドス軍最後の1機をジュリアにする。
（3）第35話「慟哭の空」にて、グラドス軍最後の1機をジュリアにする。
I.W.S.P.パーツ
（1）第10話「闇の胎動」クリア後に、アークエンジェルに乗艦ルートを選択
（2）第36話「ボソンジャンプ」クリア後に、アラスカ基地に向かうルートを選択
以上を満たせば、第38話「道を選ぶとき」開始前に入手できる。ストライクガンダム、ストライクルージュ、スカイグラスパー各機共用の換装パーツ。
ルート選択の関係上、ゲイルと同じくグレートゼオライマーとは択一。
ボン太くん
（1）第24話「ベヘモス」にて、宗介でタクマに止めを刺す。
（2）第29話「地獄城の激闘！」にて、宗介でザイードに止めを刺す。
（3）第30話「奪われた女神」にて、宗介でガウルンに止めを刺す。
以上を満たせば、第34話「真実の侵略者」における宗介の乗機がボン太くんに変化。以後使用可能になる。
Xエステバリス
第31話「さだめの楔」クリア後に、北米へ向かうルートを選択
以上を満たせば、第32話「戦慄！ 5人のテッカマン」クリア後に使用可能になる。
ルートの関係上、グレートゼオライマーとの同時入手は不可能。
レイズナーMk-II
（1）第31話「さだめの楔」クリア後に、北米へ向かうルートを選択する。
（2）第32話「戦慄！ 5人のテッカマン」にて、変形型を選択する
以上を満たせば、第32話「戦慄！ 5人のテッカマン」から使用可能になる。
ルートの関係上、グレートゼオライマーと同時に入手できない。
アレンビー＆ノーベルガンダム
（1）第38話「道を選ぶとき」にて、敵の最後の1機をアレンビーにする。
（2）第41話「涙の兄弟拳！東方不敗暁に死す」にて、レインでアレンビーを説得する。
（説得後は、キョウジや東方不敗が残っていても即撃破してかまわない。誰で撃墜しても問題ない。）
以上を満たせばクリア後にパイロットとして自軍に加入する。
なお、（1）にて条件を満たさなかった場合、第41話ではウォルターガンダムに搭乗して出現する（DG細胞に感染した専用グラフィックも存在する）。
その場合でも生存して自軍に加わるが、パイロット登録はされない。
レイピア（相羽ミユキ）＆テッカマンレイピア
（1）第34話「真実の侵略者」にて、テッカマンブレードでテッカマンエビルに止めを刺す。
（2）第36話「ボソンジャンプ」にて、テッカマンブレードでテッカマンアックスに止めを刺す。
以上を満たせば、第43話「Darkside Of The Moon」クリア後に加入。
ガイ生存
（1）第20話「真実は一つじゃない」クリア後に、月へ向かうルートを選択
（2）第43話「Darkside Of The Moon」クリア後に、和平交渉に向かうルートを選択
以上を満たせば、和平交渉第44話「どこにでもある「正義」」にて再加入する。
第4話の離脱から復帰時には機体に4段階改造が施されているが、1周目でのみこの後の部隊合流時にさらに4段階改造が施される。
2周目以降に生存させた場合には引継ぎの仕様から4段階改造が施されることはない。
ルートの関係上、グレートゼオライマーを入手してしまうと再加入できなくなる。
白鳥九十九の生存フラグも兼ねており、同ルートを通ると第49話に第3軍NPCでスポット参戦する。九十九死亡イベントを見る場合、第20話で地上ルートを通り、第43話で和平ルートに進む必要がある。
バルザック生存
・ラダム討伐に向かうルートを進み、第45話「闇と死の運命」にて、バルザックでテッカマンソードに止めを刺す。
以上を満たせば、同話にて本来発生するバルザック離脱を回避できる。ルートの関係上、ガイ生存とは択一となる。
隠し要素（主人公関連）
主人公機の必殺技
特定のサブパイロットと共に20回以上出撃すると、そのサブパイロットとの同乗時に必殺技が使用可能になる。
統夜、カルヴィナ共通。また、2名以上と20回以上同乗した場合、いずれの場合でも使用可能になる。
| 機体 | 必殺技 | 備考 |
|---|---|---|
| B・ブリガンディ | オルゴンバスターキャノン | サブパイロット毎にカットインなどが変わるが、 大きな変化はない。 |
| クストウェル・ブラキウム | Oブラキウムフィニッシュ | |
| G・ドラコデウス | インフィニティキャリバー | |
| ラフトクランズ | オルゴンライフルFモード | カティア同乗時 |
| オルゴンソードFモード | テニア同乗時 | |
| オルゴンクローFモード | メルア同乗時 |
エンディング分岐
特定のサブパイロットと25回以上同乗した場合、そのサブパイロットと共に歩むエンディングとなる。特に統夜の場合、そのサブパイロットと恋人関係となる。
尚、25回以上同乗したサブパイロットがいない場合、3人全員と共に歩むエンディングとなる（統夜のそれは俗に「ハーレムルート」と呼ばれる）。
この場合、最終話クリア後にガウ・ラの中心部へ向かう際の主人公機への同乗者がシャナ＝ミアとなる。また、統夜編においては本来死ぬはずのアル＝ヴァンが生存するほか、3人娘が（恐らくは）林水敦信から制服を送られ、甲児や主人公と同じ学校に通う、という展開になる。
ヴォルレント、ラフトクランズ
引継ボーナスの一種。
周回を重ね、ベルゼルート、クストウェル、グランティードの3機全てでクリアした場合、主人公機にヴォルレントが加わる。後継機はラフトクランズ。
参考
ステージの箇所は下記を参照して下さい。