隠し要素/第3次Z
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時獄篇
IFルート＆関連イベント
Zシリーズ定番となる隠しルート。
第49話クリア時に後述する「IFポイント」が5以上であった場合、選択肢が出現し「運命に抗う」を選択するとこちらへ進める。今回は分岐は第50話～第54話のみであり、エンディングの展開も変化しない。
過去作と同じく2周目以降は無条件で選択肢出現。
IFポイント獲得条件
獲得時のポイント上昇数はすべて+1。複数の条件がある場合はすべてを満たす必要あり。
| ステージ | 行動 |
| 「つながる絆」 | 機械獣軍団・アルテア軍の出現前に第6の使徒を撃墜 |
| 「永遠の輪舞曲」 | カレン、カトル、トロワで五飛を攻撃せず、ヒイロだけで五飛を撃墜 |
| 「涙の行方」 「堕ちた巨人」 |
ジンがカグラと戦闘する |
| 「故郷に舞う風」 | 刹那orゼロで五飛を説得 |
| 「フィフス・ルナ攻防戦」 | サザビーを撃墜する |
| 「グーラの願い」 | 正太郎でグーラを2回説得する |
| 「灯火を集めて」 | （1）：正太郎→グーラ or グーラ→正太郎へ援護攻撃を行う （2）：シナリオクリアまでにグーラが敵ユニットを3機以上撃墜する |
| 「触れ得ざる者」 | キリコのみでテイタニアを撃墜する |
| 「ラプラスの遺骸」 | （1）：ダグザの撃墜数を80以上にする （2）：ユニコーンガンダムのNT-D発動イベント後、バナージがハマーンおよびフロンタルと戦闘する ※後述のダグザ生存フラグと共通 |
| 「二つの赤い彗星」 | 会話選択肢で「シャアを信じてみる」を選択 |
| 「奈落への入り口」 | 正太郎でグーラを説得 |
| 「暗黒の神ミケーネ」 | シナリオ終了時にギュネイ、クェス、マリーダの合計撃墜数が225機以上 |
| 「重力の井戸の底で」 | バナージでロニを撃墜する |
| 「生命の選択」 | 会話選択肢で「3号機と戦う」を選択 |
| 「アタリとハズレ」 | ミコノとゼシカがそれぞれ戦闘に参加する |
| 「開かれる扉」 | ガドライトを撃墜する |
パーツ関連
記述中のマップスクエア座標は左上隅を「横00，縦00」として数える。
補助GNドライブ
- 第8話「戦うボーイ・ミーツ・ガール」でヒビキを横28，縦24のスクエアに待機させる。
スーパーリペアキット
- 第28話「闇の詩」で主人公機の所属チームを「横03, 縦03」のスクエア（ゼニトリーのいた場所）に待機させる。
資金50000
- 第32話「忘却の霧の中」で自軍チーム（どれでも良い）を「横14, 縦03」のスクエア（ベックがいた場所）に待機させる。
超合金Z
- 第45話「暗黒の神ミケーネ」で甲児を「横29, 縦15」のスクエア（市民がいた場所）に待機させる。
カミナのサングラス
- 第48話3号機実験ルート「禁断の領域」でキタン、ヨーコ、ダリーもしくはギミーをそれぞれASIと戦闘させる。
もしくは、
- 第48話3号機凍結ルート「再来する絶望」でヒビキ（ジェニオン・ガイ搭乗）とアドヴェントをそれぞれガドライトと戦闘させる。
資金100000
- 第49話「開かれる扉」でガドライトを撤退させずに撃墜する。
機体＆パイロット関連
「第○話終了までに撃墜数○○機以上」は、指定話数のマップ終了までに達成する必要がある。終了後のサブオーダーで撃墜数を満たしてもフラグは立たないので注意。
クシャトリヤ残留
- （1）：第45話終了までにマリーダ、クェス、ギュネイの総撃墜数を225以上にする。
- （2）：第46話の分岐でメリダ島ルートを選択する。
ダグザ生存
- 第40話までにダグザがエースになっている。または、第40話「ラプラスの遺骸」でNT-D発動後バナージとフロンタル、ハマーンの戦闘前会話を発生させる。2周目以降は無条件で生存。
アスカ残留
- 第46話の分岐で日本ルートを選択。
- 「EVA3号機の起動実験を凍結させる」を選択する。
シュレード生存・ジン生存・ゼウス加入
第49話終了時の分岐で運命抵抗ルートへ進む。
クェス&ヤクト・ドーガ
- （1）：第55話までに下記の「クェスポイント」が+3以上（1周目限定） 。
クェスポイント
| ステージ | 行動 | ポイント |
| 「フィフス・ルナ攻防戦」 | シャア出現前にハサウェイでクェスを説得 | +2 |
| 「フィフス・ルナ攻防戦」 | シャア出現後にハサウェイでクェスを説得 | +1 |
| 「二つの赤い彗星」 | ハサウェイで敵ユニットを撃墜 | +1 |
| 「残された時間」 | ハサウェイでクェスを説得 | +1 |
| 「開かれた扉」 | シナリオ終了時にIFポイントが+5以上 | +2 |
- （2）：第56話でハサウェイでクェスを説得する。
- 2周目以降は（2）だけで加入条件達成。
ボン太くん
- （1）：第9話にてボン太くんで敵ユニットを3機以上撃墜する（両ルート共通）。
- （2）：第17話にてボン太くんで敵ユニットを3機以上撃墜する（両ルート共通）。
- （3）：第42話Aにてボン太くんでゲイツ機を含む敵ユニットを2機以上撃墜する or 第42話Bにてボン太くんでボスボロットを撃墜する。
コーラサワー&GN-X IV
- （1）：コーラサワーのスポット参戦時に撃墜数を稼ぐ。
・宇宙部隊ルート第13話「戦乱のプレリュード」 ・メリダ島ルート第48話「重力の井戸の底で」
- （2）：第46話の分岐でメリダ島ルートを選択する。
- （3）：第48話までに刹那、ロックオン、アレルヤ、ティエリア、スメラギの総撃墜数を350以上にする。
- 2周目以降はルート選択にかかわらず無条件で加入。
サーペント
- （1）：第21話前半MAPにてカレン、カトル、トロワで五飛を説得する。
- （2）：第21話後半MAPにてノインとヒルデで敵ユニットを5機以上撃墜する。
- （1）、（2）を満たせば第21話終了後のDトレーダーにて販売と同時に200Zボーナス入手。
バイアラン・カスタム
- （1）：第45話終了後の分岐でメリダ島ルートを選択。
- （2）：第48話「重力の井戸の底で」までにカミーユ、エマ、カツ、ファの総撃墜数を240以上にし、かつカミーユがエース（80以上）となっている。
- 条件を満たせば第48話開始時にフォウが搭乗している。
※条件を満たさない場合はリ・ガズィ(2機目)に搭乗している。
- 2周目以降は条件を満たせていれば日本ルート選択時でも入手可能。
ジュアッグ
- （1）：第45話終了後の分岐でメリダ島ルートを選択。
- （2）：第48話「重力の井戸の底で」までにアムロの撃墜数を80以上にする。
- （3）：（1）、（2）を満たした状態で第48話で出現するジュアッグをすべてアムロで撃墜する。
- 条件を満たしていればアムロの台詞が発生し、第48話終了後のDトレーダーにて販売され、更に100Zボーナス入手。
天獄篇
イベント関連
ランカ告白イベント
下記の「ランカポイント」が2以上ある場合、対バジュラルート第53話にて「ランカの想いを受ける／受けない」の選択肢イベントが発生する。
ランカポイント
| ステージ | 行動 | ポイント |
| 「終わる世界」 | クリア後の分岐シナリオにて「クォータールート」を選択 | +1 |
| 「禁断の惑星」 | 「ランカを自分の機体に乗せる」を選択 | +1 |
| 「野望の島」 | アルトでブレラを撃墜 | +1 |
| 「翠の海の明日」 | ブレラを撃墜 | +1 |
| 「翠の海の明日」 | アルトでブレラを撃墜 | +2 |
パーツ関連
記述中のマップスクエア座標は左上隅を「横00，縦00」として数える。
スーパーリペアキット
カミナのサングラス
ブースター&高性能レーダー
- 第25話「特異点の使命」でガロードを「横07, 縦21」のスクエアに待機させる。
娘娘名物まぐろマン
- 第31話「憎しみと悲しみと」でクロウを「横15, 縦09」のスクエアに待機させる。
アンドロメダ焼き&サイキックリアクター
fボンバーのディスク
S-アダプター&メガブースター&超合金Z
- ベックが自軍参入する（搭乗機体が装備している）。参入条件については後述。
機体＆パイロット関連
「第○話終了までに撃墜数○○機以上」は、指定話数のマップ終了までに達成する必要がある。終了後のサブオーダーで撃墜数を満たしてもフラグは立たないので注意。
ジュアッグ
- 第25話「特異点の使命」クリア後のDトレーダーのエクストラ枠にて販売。
α・アジール
- クェスとシャアの合計撃墜数が100以上の場合、第33話「黒歴史の闇」クリア後のDトレーダーのエクストラ枠にて販売。
ギュネイ&ヤクト・ドーガ
- 下記の「ギュネイポイント」が+2以上ある場合、宇宙ルート第36話にてカミーユまたはシャアで説得が可能、その後撃墜すると味方増援として出現し自軍参入する。
- その他ルートではギュネイポイントが+6以上で第40話クリア後に自軍参入。
- 2周目以降は無条件で加入。
ギュネイポイント
ポイント上昇値は全て+1。
| ステージ | 行動 |
| 「ジオンの未来」 | カミーユでギュネイを説得 |
| 「ジオンの未来」 | アムロがνガンダムに乗り換え後、アムロのみでギュネイを撃墜 |
| 「厳島の奇跡」 | カミーユでギュネイを説得 |
| 「厳島の奇跡」 | カミーユの説得後、カミーユとアムロでギュネイと戦闘 |
| 「赤い彗星の影」 | クェスでギュネイを説得 |
| 「赤い彗星の影」 | クェスの説得後、シャアでギュネイを説得 |
| 「一筋の光明」 | ハサウェイが出撃している状態でクェスがギュネイを説得 |
| 「一筋の光明」 | カミーユorクェスorシャアがギュネイを説得後、ギュネイを撃墜 |
マリーダ生存&クシャトリヤ強化
- （1）1周目で下記の「マリーダポイント」が+2以上ある、または2周目以降である。
- この条件を満たすと第44話冒頭でクシャトリヤのファンネル及びファンネル一斉攻撃の攻撃力が+300される。2周目以降は無条件で強化。
マリーダポイント
ポイント上昇値は全て+1。
| ステージ | 行動 |
| 「平和への暁」 | バナージでプルトゥエルブと戦闘 |
| 「平和への暁」 | 上記行動後、バナージでプルトゥエルブを説得 |
| 「暗闇のリディ」 | マリーダでリディと戦闘 |
| 「暗闇のリディ」 | バナージorマリーダでリディと戦闘し、リディを撃墜 |
| 「思いと力の向かう先」 | マリーダでリディと戦闘 |
| 「思いと力の向かう先」 | バナージorマリーダでリディと戦闘し、リディを撃墜 |
- （2）(1)の条件を満たした状態で、第44話でバナージで敵増援のリディ（バンシィ・ノルンがデストロイモードになっている状態）を撃墜するとマリーダが生存する。
グラハム生存
以下の条件のどちらかを満たしているとグラハムが生存する。2周目以降は無条件で生存。
- 第50話クリア時までに刹那とグラハムがエースである。
- 第50話でグラハムが敵ユニットを8機以上撃墜している。
ボン太くん
以下の条件のどちらかを満たしていると第51話開始時に入手。
- 宗介がエースであり。宗介・マオ・クルツ・クルーゾーの合計撃墜数が150以上。
- 宗介とテッサの両方がエースである。
- 2周目以降は無条件で入手。
ベック&ベック・ビクトリー・デラックス
- 第41話でロジャーでベックを説得後、第55話で味方増援として登場し自軍加入する。