隠し要素/X
困難ルート＆関連イベント編集
ZシリーズやV同様、終盤で分岐する隠しルート。第28話の条件は3つ全て満たす必要がある。2周目以降は無条件。
| ステージ | 行動 | ポイント |
| 第24話「偉大な勇者」 | 甲児か鉄也でガラダブラを撃墜する | +1 |
| 第28話「闇と光」 | 1. マジンガーZEROのHPを30000以下に減らす
2. 甲児か鉄也で暗黒大将軍を撃墜 3. クリア時に甲児と鉄也の撃墜数合計80以上 |
+1 |
| 第48話「暗黒の王、光の勇者」 | 合体攻撃「魔神双皇撃」で闇の帝王を撃墜する | +2 |
| クリア時にエースパイロットが25人以上いる | +3（必須） |
ポイントを5以上満たしていると、第49話開始時に選択肢が発生して「今後、想像を絶する敵が来ると思う」を選択するとこちらへ進める。満たさなかった場合は強制的に通常ルートへ進む。
このルートに進むと、取り逃した場合に限り第49話にて以下が味方増援として加入する。
さらにマジンガーZEROはこのルートを選んだうえでないと入手に挑めない。
ポイントの関係上エースパイロット25人以上は必須なので、エースプラウドも活用していきたい。
シークレットシナリオ関連編集
想いというオーラ（ビルバイン関連）編集
- 第4話でショウがトッドを説得または撃墜
- 第12話でショウがトッドを撃墜
- 第12話クリア時点でトッドポイントを4以上獲得
条件を満たすと第12話の後に発生し、シナリオエンドデモの選択でビルバインを夜間迷彩仕様にできる。
さらに対ドアクダールート第34話でビルバイン武装「オーラシュート」が追加される。対ミスルギルートの場合は合流時に追加済。
最凶VS最強（合体攻撃先行入手）編集
ポイントを2以上獲得すると第28話クリア後に発生。マジンカイザーとマジンエンペラーGに合体攻撃「魔神双皇撃」が追加される。
困難ルート開放ポイントと被っているが点数や配分が異なる。
| ステージ | 行動 | ポイント |
| 第24話「偉大な勇者」 | 甲児か鉄也でガラダブラを撃墜する | +1 |
| 第28話「闇と光」 | マジンガーZEROのHPを30000以下にする | +2 |
| 甲児か鉄也で暗黒大将軍を撃墜
なおかつクリア時に甲児と鉄也の撃墜数合計80以上 |
+1 |
赤い彗星の矜持（ナイチンゲール）編集
- 第35話「さらなる高みへ」でアムロとサザビーに搭乗したシャアが計5機以上の敵を撃墜する。
- 同ステージでシャアが撃墜した敵の中にネームドパイロット6名（マスク、バララ、ロックパイ、キア、ヤザン、ラカン）のうち誰かが含まれている。
条件を満たすと第35話クリア後に発生。ナイチンゲールは宇宙世紀系およびGレコ系パイロットが乗り換えできる。
シュワルビネガーの秘密編集
第41話「天を貫く螺旋」クリア時点で以下の条件を満たしていると発生。前作の「長き旅路を支えるもの」に相当する資金稼ぎ用シナリオ。
- MagicカスタマイズをGRADE5まで開放する
- エースパイロットが10人以上いる
機体＆パイロット関連編集
ナイチンゲールはシークレットシナリオ関連で書いたので割愛。
ビアレス&トッド・ギネス編集
ポイントを5以上獲得すると、対ドアクダールート第34話で味方増援となり、そのまま加入。対ミスルギルートの場合は合流時に加入。
| ステージ | 行動 | ポイント |
| 第4話「流浪の聖戦士」 | トッドが初期配置のドラムロを撃墜 | +1 |
| 敵増援となったトッドをショウが説得 | +1 | |
| 第10話「めぐり合う螺旋」 | ショウとトッドが戦闘 | +1 |
| 第12話「オーラバトラー飛翔」 | ダンバイン搭乗時点のショウとトッドが戦闘 | +1 |
| ビルバインに乗り換えた後、ショウがトッドを撃墜 | +1 | |
| 対ドアクダールート第34話「ビヨン・ザ・トッド」 | 3EPまでにショウがトッドを撃墜 | +2 |
ヤクト・ドーガ（1周目入手）編集
ギュネイ機とクェス機それぞれの条件を満たせば入手。2周目以降は無条件で入手可能で、地上ルートを通った場合は合流時に2機とも追加されている。
- 宇宙ルート第21話「未知の宇宙」でクリムが敵を2機以上撃墜（ギュネイ機）
- 同ステージでクリムとミックが共に敵を2機以上撃墜（クェス機）
ザクIII改&マシュマー・セロ編集
第29話「薔薇のバーサーカー」で以下の条件のうちいずれかを達成すれば正式加入。未達成でも困難ルートに進めば第49話途中で加入する。
- 前半マップのマシュマーをジュドーで撃墜する
- 後半マップのマシュマーをジュドーで説得および撃墜する
- 味方増援となったマシュマーで敵ユニットを複数機撃墜する
クィン・マンサ&グレミー・トト編集
下記のポイントを4以上獲得すると対レコンギスタルート第43話で撃墜された後に加入。対ドアクダールートの場合は合流時に加入。
第33話ではプルが、第43話ではルーが選択出撃なことに注意。
| ステージ | 行動 | ポイント |
| 対ミスルギルート第33話「シャアの迷い」 | ジュドーでプルツーを説得 | +1 |
| プルでプルツーを説得 | +1 | |
| ジュドーかプルでプルツーを撃墜 | +1 | |
| 第42話「正義の名の下に」 | クリア後分岐選択に対ドアクダールートを選択 | +1 |
| 対レコンギスタルート第43話「それぞれの決着」 | グレミーを最後に撃墜 | +1 |
| 上記条件を満たす際にルーで撃墜した | +3 |
α・アジール編集
ポイントを2以上獲得すると入手。
対ドアクダールートを選んだ方が条件が易しいのと、マイナスポイントフラグがあるのに注意。
| ステージ | 行動 | ポイント |
| 対ミスルギルート第33話「シャアの迷い」 | クンを撃墜する | +1 |
| 第42話「正義の名の下に」 | クリア後分岐選択に対ドアクダールートを選択する | +1 |
| 対レコンギスタルート第45話「光る風の中」 | プルツー、アムロ、ベルリのいずれかでクンを撃墜する | +2 |
| キアをクンより先に撃墜する | -1 |
カバカーリー&マスク/ジーラッハ&マニィ・アンバサダ/ユグドラシル&バララ・ペオール編集
ポイントを6以上獲得すると、対レコンギスタルート第43話途中でバララとマニィ、同第45話途中でマスクが加入。対ドアクダールートの場合はいずれも合流時に加入。
また、未達成でも困難ルートに進めば第49話途中で全員加入する。
| ステージ | 行動 | ポイント |
| 第5話「海賊部隊のG」 | ベルリでマスクを撃墜 | +1 |
| 第9話「進むべき道を」/「暗闇の灯火」 | ベルリでマスクを撃墜 | +1 |
| 第20話「宇宙と大地と」 | スポット参戦のマスクで敵を1機撃墜 | +1 |
| スポット参戦のマスクで敵を2機以上撃墜 | +2 | |
| 第27話「宿命のライバル」 | ベルリでマスクを撃墜 | +1 |
| ベルリかラライヤでマニィを撃墜 | +1 | |
| 対ミスルギルート第34話「完全な世界」 | ベルリとマニィが戦闘 | +1 |
| ラライヤとマニィが戦闘 | +1 | |
| 対レコンギスタルート第43話「それぞれの決着」 | ベルリでマスクを撃墜 | +1 |
| マニィを撃墜 | +1 | |
| バララを撃墜 | +1 |
ガイトラッシュ&ロックパイ・ゲティ編集
以下の条件のうち、いずれかを達成すれば対レコンギスタルート第43話クリア後に加入。対ドアクダールートの場合は合流時に加入。
援護攻撃による撃墜では条件達成にならないのと、両シナリオ共に2人は選択出撃なので注意。
- 第27話「宿命のライバル」で、ラライヤとリンゴの両名とロックパイが戦闘する
- 同ステージでラライヤまたはリンゴでロックパイを撃墜する
- 対レコンギスタルート第43話「それぞれの決着」で、ラライヤまたはリンゴでロックパイを撃墜する
ジャイオーン&キア・ムベッキ編集
ポイントを3以上獲得すると、対レコンギスタルート第45話途中で加入。対ドアクダールートの場合は合流時に加入。
第35話ではシャアが選択出撃な事に注意。さらにキアが登場しない対ドアクダールートの方が条件が易しいという落とし穴がある。
| ステージ | 行動 | ポイント |
| 対ミスルギルート第33話「シャアの迷い」 | シャア、ベルリ、クリムのいずれかでキアを撃墜 | +2 |
| 上記3名以外でキアを撃墜 | +1 | |
| 第35話「さらなる高みへ」 | シャアでキアを撃墜 | +1 |
| 第42話「正義の名の下に」 | クリア後の分岐選択で対ドアクダールートを選択 | +2 |
| 対レコンギスタルート第45話「光る風の中」 | シャア、ベルリ、クリムのいずれかでキアを撃墜 | +1 |
ネルガル&ビゾン・ジェラフィル/アルシエル&アルフリード・ガラント（スポット参戦）編集
ポイントを5以上獲得すると、対レコンギスタルート第44話途中で加入、さらにアルフリードがスポット参戦。対ドアクダールートの場合は合流時に加入。
やや厳しいが、第37話のフラグだけでも条件達成は可能。他作品のキャラであるヒイロとゼクスが絡むフラグがあるのには注意。
| ステージ | 行動 | ポイント |
| マナの国調査ルート第15話「片翼の二人」 | 青葉とビゾンが戦闘 | +1 |
| 青葉とヒナが戦闘 | +1 | |
| ヒイロとビゾンが戦闘 | +1 | |
| 対ミスルギルート第30話「胸の中の嵐」 | ヒイロとビゾンが戦闘 | +1 |
| ゼクスとビゾンが戦闘 | +1 | |
| 第37話「誰も知らない明日へ」 | 青葉でビゾンを撃墜 | +2 |
| 青葉以外でビゾンを撃墜 | +1 | |
| ヒイロとビゾンが戦闘 | +1 | |
| アルフリードを撃墜 | +1 | |
| 増援として再出現したビゾンをヒナで撃墜 | +2 | |
| 増援として再出現したビゾンを青葉で撃墜 | +1 |
マジンガーZERO編集
困難ルート第51話「可能性の宇宙」で甲児を出撃させ、甲児がMAP上にいる状態でマジンガーZEROを撃墜。すると元の乗機から乗り換える形で加入。
パーツ関連編集
トミー・ビジョン/エクストラアームズ編集
対レコンギスタルート第43話「それぞれの決着」で、マスクの初期位置南西1マスのところに交差点がある。
そこへアムロ、シャア、カミーユ、ジュドー、シーブック、ベルリの計6人のうち1人を待機させると農家のお父さんが現れ、アイテムを渡してくれる。
高性能レーダー/Sアダプター編集
第47話「星を継ぐ者」で、グランディスをエッフェル塔に隣接させると、待機位置でイベントが発生しアイテムを入手できる。
中断メッセージでヒントとして示唆されている。