隠し要素/D
- 本作の隠し要素は比較的オーソドックスな条件が多い。強いて言えば、撃墜数が条件のものがやや多い。
- 今回はVガンダムのクロノクル、カテジナが仲間になるが、これは歴代シリーズでも珍しい。
- ハマーンの加入条件が非常に厳しい。
分岐表
| 地上 | 宇宙 |
|---|---|
| － | VF-1Jバルキリー or VF-11CFAサンダーボルト |
↓
| 共通 |
|---|
| － |
↓
| ジョッシュ | リム |
|---|---|
| グラキエース1/2 | ウェントス1/2 |
↓
| 共通 |
|---|
| － |
↓
| カイラスギリー | 木星 |
|---|---|
| νガンダムHWS | ガンダムMk-III |
↓
| 共通 |
|---|
| B・D マーグ1/4 グラキエース2/2orウェントス2/2 |
↓
| ジョッシュ | リム |
|---|---|
| － | － |
↓
| 共通 |
|---|
| フルアーマーΖΖ マーグ2/4 |
↓
| エンジェル・ハイロゥ | 旧エリオス領 |
|---|---|
| V2アサルトバスター ハマーン クロノクル カテジナ |
マーグ3/4 ダルタニアス追加武装 （＝反陽子爆弾除去1/2） |
↓
| 共通 |
|---|
| ロゼ |
↓
| 惑星ラクス | ギシン星 |
|---|---|
| シビル ガビル バルキリー追加武装 |
マーグ4/4 反陽子爆弾除去2/2 |
↓
| 共通 |
|---|
| － |
隠し要素（機体・パイロット）
VF-1Jバルキリー or VF-11CFA サンダーボルト
第1分岐において「遺跡の内部へ進む（宇宙）」を選択。その後、
| 同分岐5話「少年達は戦場へ帰る」迄に ガムリンの撃墜数6～9機 |
次話の選択で「探さない」 | なし | |
| 次話の選択で「機体を探す」 | VF-1Jバルキリー | ||
| 同話迄に ガムリンの撃墜数10機以上 |
「探さない」 | なし | |
| 「機体を探す」 | VF-1Jで出撃 | VF-1Jバルキリー | |
| VF-11CFAサンダーボルトで出撃 | VF-11CFAサンダーボルト | ||
基本的にVF-11CFAサンダーボルトの方が強い。「ミリア市長のバルキリーに乗りたい」「1周目で15段階改造を重視したい」場合以外はVF-11CFAサンダーボルトを選んだ方が良い。
なお5話までの撃墜数が5機以下の場合、次話では選択肢が表示されず上表の「なし」（出撃不可）と同じになる。
但し、機体を探した場合は次マップのクリア規定ターンが8から6に減少するため、1周目では苦しいかもしれない。
ガンダムMk-III
第2分岐において「木星へ向かう」を選択すると「ジュピターミラージュ」でルー・ルカ搭乗し自動的に入手。なおカイラスギリールートを通った場合はルーは何も乗っていない状況になる。
νガンダムHWS装備型
第2分岐において「カイラスギリー攻略へ向かう」を選択。その上で「対決！ マーズとマーグ」クリア後までにアムロの撃墜数50機以上ならば「カイラスギリー攻略戦」開始時に入手。
ザーメ・ザウ&B・D
「背中ごしのセンチメンタル」で敵として登場するB・Dを撤退させずに撃墜する（HP50%以下orターン経過で撤退）。すると次面「アナザー・アースより来たるもの」で登場し、そのまま加入。
メリクリウス＆ヴァイエイト
- 1.ヴァイエイト
- 「PLANET DANCE」クリアまでにヒルデとノインの撃墜数合計が10機以上なら、次話の開始前に入手。
- 2.メリクリウス
- 同話クリアまでにヒルデとノインの撃墜数合計が20機以上なら、次話の開始前に入手。
フルアーマーΖΖガンダム
「誇り高き反逆者」クリアまでにジュドーとルーの撃墜数合計が40機以上の場合、次面から使用可能になる。
V2アサルトバスターガンダム
第3分岐において「エンジェル・ハイロゥへ向かう」を選択すると「狂乱のエンジェル・ハイロゥ」で自動的に入手。
キュベレイ＆ハマーン
第3分岐において「エンジェル・ハイロゥへ向かう」を選択。
- 「狂乱のエンジェル・ハイロゥ」前半クリアまでに、アムロ、カミーユ、シャア、ジュドーの撃墜数合計が400機以上。
- 「狂乱のエンジェル・ハイロゥ」後半開始時にカミーユ、シャア、ジュドーを出撃させ、クリアまで撃墜されていない。
以上を満たしていれば、クリア後に加入。「暗黒の皇帝」出撃選択から使用可能。
加入条件が非常に厳しいので、2周目に狙った方が楽。
ゴトラタン＆カテジナ、リグ・コンティオ＆クロノクル
第3分岐において「エンジェル・ハイロゥへ向かう」を選択。
- 「幻覚と踊れ」後半でクロノクル、カテジナを撤退させる。
- 「狂乱のエンジェル・ハイロゥ」前半でウッソとカテジナ、クロノクルを戦闘させる。
- 「狂乱のエンジェル・ハイロゥ」後半、まずカテジナ、次にクロノクルの順にウッソで説得してから撃墜。
以上を満たしていれば、「反乱惑星の対決!」または「"破滅"の意味」から使用可能。
ゴッドマーズ (OVA)＆マーグ
- 「銀河の虎」において、タケルによりマーグを説得。
- 「誇り高き反逆者」において、タケルでマーグを説得。
第3分岐において「旧エリオス領へ向かう」を選択。
- 「暴かれた真実」において、タケルによりマーグを説得。
- ↑を満たした後、タケルでマーグ（ゴッドマーズOVA乗換後）を撃墜。
第4分岐において「ギシン星へ向かう」を選択。
以上を満たしていれば、「反乱惑星の対決！」から使用可能。
ゼーロン＆ロゼ
「暗黒の皇帝」にて、タケルでロゼを説得する。「反乱惑星の対決！」または「"破滅"の意味」から使用可能。
尚、説得しなかった場合、ロゼはコスモクラッシャーのサブパイロットとなる。
FBz-99G ザウバーゲラン＆ガビル
第4分岐において「惑星ラクスへ向かう」を選択。
以上を満たしていれば「"破滅"の意味」から使用可能。
シビル
第4分岐において「惑星ラクスへ向かう」を選択。
以上を満たしていれば「"破滅"の意味」から使用可能。
備考
上記の条件で味方になる敵パイロットの一部は、味方にしてボーナスポイントの育成を行うと、その育成が次周以降に敵となった場合にも反映している。クロノクルの回避を上げまくったりしていると詰む可能性があるので注意。
対象：クロノクル、B・D、ガビル、マーグ（洗脳後バージョンには引き継がれないが、洗脳前バージョンと一度だけ戦闘の機会有）、ロゼ
主人公パートナー
グラキエース＆ファービュラリス
ジョッシュ（男主人公）の場合のパートナー。
- 「アイスドール グラキエース」において、ジョッシュによりグラキエースを説得。
- 「生と死の呪縛」において、ジョッシュによりグラキエースを説得。
- ↑の後の選択で「システムをカットしない」を選択。
以上を満たすと「誇り高き反逆者（スーパー系）」または「戦場の父、戦場の子（リアル系）」において加入。
| ラキを仲間にした | リアル系 | ジョッシュ：後継機 ラキ：ファービュラリス |
| スーパー系 | ジョッシュ：フォルテギガス（分離不可） ラキ：ファービュラリス | |
| ラキを仲間にしていない | リアル系 | ジョッシュ：後継機 リム：元の機体 |
| スーパー系 | ジョッシュ＆リム：フォルテギガス（2人乗り・分離可） |
ウェントス＆ストゥディウム
リム（女主人公）の場合のパートナー。
- 「運命の風」における選択で「話を聞いてみる」を選択。
- 「生と死の呪縛」における選択で「システムをカットしない」を選択。
以上を満たすと「誇り高き反逆者」において加入。
| ウェントスを仲間にした | リアル系 | リム：後継機 ウェントス：ストゥディウム |
| スーパー系 | リム：フォルテギガス（分離不可） ウェントス：ストゥディウム | |
| ウェントスを仲間にしていない | リアル系 | リム：後継機 ジョッシュ：元の機体 |
| スーパー系 | リム＆ジョッシュ：フォルテギガス（2人乗り・分離可） |
その他
ダルタニアス武装追加
第3分岐において「旧エリオス領へ向かう」を選択すると、「反逆のクロッペン」において自動的に追加。
「キャノンキュービック」「火炎アタック火炎十文字斬り」「超空間エネルギー解放」の3種。
反陽子爆弾除去
上記の武装追加を行った上で、第4分岐で「ギシン星へ向かう」を選択。
以上の条件を満たしている場合、通常はズール皇帝（本物）が復活し2度目の戦闘となるが、そのイベントが消滅し、代わりにゴッドマーズの反陽子爆弾が除去される。
バルキリー追加武装
第4分岐で「惑星ラクスへ向かう」を選択。すると「決死の防衛」において自動的に追加。
サウンドフォースを除くバルキリー全機、およびバトル7に武装「反応弾」が追加。