時獄篇
IFルート＆関連イベント
Zシリーズ定番となる隠しルート。49話クリア時に選択肢が発生し、「運命に抗う」を選ぶとこちらに進める。
今回は分岐は50話～54話のみであり、エンディングの展開も変化しない。
過去作と同じく2周目以降は無条件で選択肢出現。
パーツ関連
補助GNドライブ
- 8話「戦うボーイ・ミーツ・ガール」でヒビキを座標横28，縦24（左上が0，0）に待機させる。
スーパーリペアキット
- 28話「闇の詩」でゼニトリーのいる場所に主人公機を含むチームを待機させる。
資金50000
- 32話「忘却の霧の中」でベックがマップ上で表示された位置（パラダイム本社）に機体を待機させる。
超合金Z
- 45話「暗黒の神ミケーネ」で市民がいたマスに甲児を待機させる。
カミナのサングラス
- 48話3号機実験ルート「禁断の領域」でキタン、ヨーコ、ダリーもしくはギミーをそれぞれASIと戦闘させる。
もしくは48話3号機凍結ルート「再来する絶望」でヒビキ（ジェニオン・ガイ搭乗）とアドヴェントをそれぞれガドライトと戦闘させる。
資金100000
- 49話「開かれる扉」でガドライトを撤退させずに撃墜する。
機体＆パイロット関連
クシャトリヤ残留
- 45話終了までにマリーダ、クェス、ギュネイの撃墜数を稼ぐ。
- 46話の分岐でメリダ島ルートを選択する。
ダグザ生存
- 35話終了後の分岐で宇宙部隊を選択する。
- 40話「ラプラスの遺骸」でNT-D発動後バナージとフロンタル、ハマーンの戦闘前会話を発生させる。
- 40話までにダグザの撃墜数を80以上にする。
もしくは
- 35話終了後の分岐で日本部隊、ミスリル部隊を選択する。
- 35話終了までにダグザの撃墜数を80以上にする。
アスカ残留
- 46話の分岐で日本ルートを選択。
- 「EVA3号機の起動実験を凍結させる」を選択する。
シュレード生存
ジン生存
ゼウス&ゼウス神
IFルートに進む。
クェス&ヤクト・ドーガ
- 35話終了後の分岐で宇宙部隊を選択し、37話「フィフス・ルナ攻防戦」でハサウェイでクェスを説得する。
もしくは、45話終了後の分岐でメリダ島ルートを選択、46話「残された時間」でハサウェイでクェスを説得する。
- 56話でハサウェイでクェスを説得する。
ボン太くん
- 9話、17話、42話でボン太くんで一定数以上撃墜する。
- 42話でゲイツをボン太くんで撃墜する。
コーラサワー&GN-X IV
- コーラサワーのスポット参戦時に撃墜数を稼ぐ。
・宇宙部隊ルート13話「戦乱のプレリュード」 ・メリダ島ルート48話「重力の井戸の底で」
- 46話の分岐でメリダ島ルートを選択した場合、48話までに刹那、ロックオン、アレルヤ、ティエリアの総撃墜数を300以上にする。
- 日本ルートを選択した場合、45話終了までに刹那、ロックオン、アレルヤ、ティエリアの総撃墜数を300以上にする。
サーペント
- 21話前半MAPでカレン、カトル、トロワで五飛を説得する。
- 一定数以上下記の条件を満たす(2周目以降で条件の緩和あり)。
・21話前半でカレン、カトル、トロワで五飛を攻撃せず、説得する。 ・21話前半で敵を全滅させる。 ・21話前半でヒイロが五飛を撃墜する。 ・21話後半でノインとヒルデで5体以上撃墜する。
- 21話終了までにヒルデノインの合計撃墜数を50以上にする。
- 条件を満たせば21話終了度のDトレーダーにて販売と同時に200Z獲得する。
バイアラン・カスタム
- 45話終了後の分岐でメリダ島ルートを選択。
- 48話「重力の井戸の底で」までにカミーユ、エマ、カツ、ファの総撃墜数を240以上にし、
カミーユの撃墜数を4人の中でトップかつ、80以上にする。
- 条件を満たせば48話開始時にフォウが搭乗している。
※条件を満たさない場合はリ・ガズィ(2機目)に搭乗している。
- 日本ルートの場合は45話終了後の分岐選択までに上記を満たす。
- 条件を満たせば48話終了後の合流時にフォウが搭乗している。
※条件を満たさない場合リ・ガズィ(2機目)を入手。
ジュアッグ
- 45話終了後の分岐でメリダ島ルートを選択。
- 48話「重力の井戸の底で」までにアムロの撃墜数を80以上にする。
- 条件を満たした状態で48話に出現するジュアッグをすべてアムロで撃墜する。
- 条件を満たしていればアムロの台詞が発生し、48話終了後のDトレーダーにて販売され、ついでに100Zも入手