第2使徒リリス（Second Angel Lilith）
TVシリーズ、旧劇場版
第3新東京市の地下ジオフロント最下層セントラルドグマに幽閉されている巨人。魂は碇ユイのクローン肉体に移植され、綾波レイとして活動している。ネルフ関係者でもその存在を知るものはごく僅か。存在は知っていても、ミサトなど「第1使徒アダム」と思っている者もいた。ミサトがその存在を知る第15話のラストで初登場。描写は全くないが、その後どこかの時点（15話ラスト～19話の間）でネルフ職員全体に対し地下のリリスの存在が（アダムと偽って）周知されていたようだ（19話で加持がシンジに「使徒がここの地下に眠るアダムと接触すれば～」と発言。シンジがアダム（リリス）の存在を知らなければ成立しえない会話である。また、22話ではゲンドウがレイにリリスからロンギヌスの槍を抜いて使用することを命じ、ミサトが公然と反対していた）。24話のカヲルの台詞にて、ジオフロントにあったのが「アダム」ではなく「リリス」だという事が判明する。
7つ目の仮面を付けており、下半身が無く人間の足の様な物体が幾つか根っこの様にあるだけで、ロンギヌスの槍によって十字架に貼り付けにされ封印されていたが、第15使徒アラエル（SRW未登場）の殲滅にロンギヌスの槍が持ち出された事により、この枷から解き放たれた。この際、下半身が一気に再生され足が復活する。黒い月のリリスは、白い月にて使徒を生み出したアダムとは異なる「生命体の源」である。つまり、アダムが生んだ使徒を除く全ての地球上の生物の始祖であり、その進化の先に最終形態として行き着いたのが現人類（リリン）である。
旧劇場版では、アダムを既に取り込んでいたレイがこの肉体に戻ることにより「禁じられた融合」を果たし、サードインパクトを引き起こした。PSP版『新世紀エヴァンゲリオン2』の一部エピローグには、リリスが他の星へ新たな生命を宿す為に地球から旅立っていくものがある。
なおリリスが第二使徒であると明言されたのは2003年に発売されたプレイステーション2用ソフト『新世紀エヴァンゲリオン2』が初であり、それ以前の資料では基本的に「第二使徒は詳細不明」とされていた（TRPG媒体などリリスを第2使徒と定義する媒体も少なからずは存在）。旧劇場版展開時に発売されたトレーディングカードでは「第一使徒は胎児状態のアダム、第二使徒は光の巨人」とされていた。
新劇場版
基本的に上記旧シリーズと似ているが、被せられた仮面が第3使徒サキエルなどに見られる使徒の顔のようなものに変わっている他、胸部に人類が調査した時の切開痕が残っている。
また、旧シリーズではミサトは物語の半ばに加持によってこれはアダムだという情報を与えられ、死に至るまでそれはアダムか、そうでない何かなのかを判断しかねたままだったが、新劇場版においては第1作『序』時点でミサト個人の権限のみにてシンジをセントラルドグマにまで同行させ、それが第2の使徒リリスであること等を説明、ネルフのメインスタッフの多くはその存在を知っていることも語られる。
登場作品
現時点ではMAPの背景としては登場しているが、ユニットとしての登場は無い。
αシリーズ
- スーパーロボット大戦α
- 第60話「最後のシ者」のMAP背景に登場。
- スーパーロボット大戦α for Dreamcast
- 今回は3Dで描かれている。新規EDルートではゲンドウが自らに取り込んだアダムの力を使って、使徒やEVA量産機の複製をリリスから生み出した。決着後はNERV本部の爆破により地底深くに埋まった。
- 第3次スーパーロボット大戦α