裏技/EX
ネオ・グランゾン関連
歴代でも最強のユニット、ネオ・グランゾンを使用可能とする裏技がある。更に条件次第では、そのネオ・グランゾンと戦うことも可能。
ネオ・グランゾン使用
概要
ゲーム開始時に一定のコマンドを入力することで、シュウの搭乗機がネオ・グランゾンに変化する。SFC版・PS版共通。
手順
- マサキの章とリューネの章を、両方とも「ISSを使う」を選択して開始した上でクリアする。クリアデータに「M」「R」両方の文字が表示されればOK。
- ゲーム開始時、バンプレストのロゴが表示されている間に、「↓・↑・←・→・L・R（SFC版）」「↓・↑・←・→・L1・R1（PS版）」の順で入力。
- 「SFC版：ロゴの背景色がピンクになる」「PS版：タイトルバックに稲妻が走る」という現象が起これば成功。この状態でシュウの章を開始すると、シュウの搭乗機がグランゾンからネオ・グランゾンに変化している。
ネオ・グランゾンはいわずと知れた反則ユニットで、その強さはゲームバランスを完全に崩壊させるレベル（最終面に単機で放り出しても、負けることの方が難しい）。
使用すればシュウの章が劇的に楽になることは間違いないが、逆にシュウが出撃できない「闇のささやき」等の面には注意する必要がある。
ちなみに、このネオ・グランゾンを使用してクリアしたシュウの章のISSを用いて再びシュウの章を開始した場合、上記のコマンド入力を行わなくても乗機はネオ・グランゾンになる。
ネオ・グランゾンと戦う
概要
ラスボスを遥かに上回る能力を持つネオ・グランゾンと戦闘することが出来る。SFC版、PS版共通。
手順
- 上記の裏技を使用し、他章のISSを使わずにシュウの章を開始。
- ルート選択の際、リューネと接触できる「リューネ＝ゾルダーク」を通過し、ステージをクリアする（『全話一覧/EX』を参照。択一となるバーンを仲間にすることは不可）。
- 上記のシュウの章のクリアデータのISSを用い、リューネの章を開始。
以上の手順を踏めば「シュウ＝シラカワ」で対峙するシュウの搭乗機がネオ・グランゾンに変化する。
言うまでもなくラスボスより遥かに強い上、倒してもボーナス等は特になく、純粋にやり込みのための要素。準備不足の場合は全力でも倒せない可能性が十分にあるので、取りあえずチャレンジしてみて、無理だと思ったらクリア前の選択肢でシュウとの戦闘を回避すればよい。
戦闘の手引き（SFC）
各種パラメータが非常に恐ろしいことになっている。しかしシュウのLvは28であり、そこに付け入る隙がある。
この面までにアムロ、フォウのLvを29以上に育てておけば「威圧」の使用によりシュウの行動を1ターン封じることが出来る。これで安全に攻撃を加えることが可能になる。
攻撃はシャインスパークをメインに、スペースサンダー、クロスマッシャー辺り。その他の武器ではネオ・グランゾンの装甲2500に対してまともなダメージが入らないので、アムロやガラリアはお付きのメンバーを始末する役に回る。
尚、シャインスパークは相変わらず消費ENが激しく2回（街のEN回復効果を考慮しても3回）でEN切れになるため、序盤の戦艦選択でシーラを選択し、ここまでにLv30以上に育てて「補給」を修得させておきたい。補給時の気力低下分を補うため、ゲッターチームはお付きのメンバーのうち1体を撃破しておくと良い。
難点は、普通にプレイしているとアムロ＆フォウLv29、シーラLv30という条件の同時達成が非常に厳しいという点である。無理そうだと思ったら、前面で全滅プレイをするなどしてレベルを上げる必要があるだろう。
戦闘の手引き（PS）
相変わらず最強武器の威力は恐ろしいが、気力制限が厳しい上シュウの初期気力は100。よって、戦艦選択でシーラを選び、それによって加入する妖精のエルで「脱力」を2回かけ、更に気力を下げれば割と労せず勝てる。
まず、グレンダイザーやひらめきをかけたメタス等でネオ・グランゾンの足止めをしている間に、お供（サフィーネ、クワトロ、ティターンズ3人組）を撃破。シャインスパーク使用のため、ゲッターで2機撃破しておきたい。
あとは熱血シャインスパーク、フィン・ファンネル、スペースサンダー、クロスマッシャー等でネオ・グランゾンをひたすら攻撃。もしこれらでネオ・グランゾンの装甲を撃ち抜けず（装甲1600）、気力が上がってしまうと詰むので、ここまでに蓄積した資金を全てこれらの武器に投じる程度の準備は必要。
もし資金が足りない場合は、竜馬とガラリアの気力を同時に上昇させ、何とか竜馬の気力を130、ガラリアの気力を125にまで持っていく。シャインスパークに加えてハイパーオーラ斬りが使用可能になれば勝機はある。
2体のゴーショーグン
概要
ゴーショーグンが2体になる。マサキの章で実行可能なバグ技。SFC版。
手順
- 第5話「オーラ・シップ」を、2ターン以内にクリアする。すると、通常なら3ターン目に現れて、シナリオ終了後にいなくなるゴーショーグンが仲間として残る。
- この状態でゲームを進めると9話「王都潜入」の3ターン目にゴーショーグンが現れて、2体に増える。
この2体目のゴーショーグンの真吾はレベルが非常に高い。ただし、12話「王都への帰還」が終了すると、2体ともいなくなる。
ハロ
概要
ハロで遊べる。SFC版。
手順
スーパーファミコン専用マウスを使ってプレイすると、全体コマンドのシステム画面にハロが現れる。このハロにカーソルを合わせると、ハロをはじいて遊ぶことができる。