オーガノイドシステムとは、『ゾイドシリーズ』においてゾイドの野生性を引き出し戦闘能力を向上させるシステム。バトルストーリーでは古代ゾイド人によって生み出されたテクノロジーであり、古代遺跡からその情報が発掘されたことにより、ヘリック共和国とガイロス帝国の間で争奪戦が行われた。
『ゾイド -ZOIDS-』では「古代ゾイド人に関連しゾイドの戦闘力を向上させる」点は同じだが、人間サイズのゾイドの一種として登場。ゾイドに一時的に合体し戦闘能力を向上させる。このためにシステムは付かず単にオーガノイドと称される。存在は知られているが希少価値は高く、アーバインやロッソなどは一時ジークのことを狙っていた。
作中では「古代ゾイド人にはパートナーとなるオーガノイドが存在する」とされ、フィーネ・エレシーヌ・リネにはジーク、ヒルツにはアンビエント、リーゼ（SRW未登場）にはスペキュラー（SRW未登場）が存在している。シャドーはパートナーとなる古代ゾイド人が登場せず、現代の人間であるレイヴンの相棒となっている。
オーガノイドと合体したゾイドは出力強化だけでなく、再生能力の強化（ミサイルなどの消耗兵器まで発生させられる）もあり、更にはゾイドコアに損傷を受けて死んだゾイドの復活、エヴォリューションコクーンを発生させて機体全体を生まれ変わらせるゾイドの進化など、様々な奇跡を起こす。
『ZOIDS新世紀／ZERO』でのオーガノイドはゾイドコアと完全に融合した存在として扱われており、バックドラフト団はオーガノイドが融合したゾイドコアを持つゾイドの事を「アルティメットX」と呼んでいる。
なお、ゲーム作品『ZOIDS SAGA』シリーズにヒョウをモチーフとしたオーガノイド『パルス』がゼル・ユピートの相棒として登場する。
オーガノイド合体 / オーガノイド（特殊能力）
『OE』にて、ジーク及びシャドーの合体をシステム的に再現した形で採用。シールドライガー・ブレードライガー・セイバータイガー・ジェノブレイカーが特殊スキル「オーガノイド合体」を所持しており、実行するとHPとENが全回復。同時に特殊スキル「オーガノイド」が発動する（システム上は別のユニット扱いとなる）。また、サブパイロットにそれぞれジークとシャドーが追加され、それぞれの精神コマンドが使用可能になる。
特殊スキル「オーガノイド」はジークの合体するシールドライガー及びブレードライガーと、シャドーの合体するセイバータイガー及びジェノブレイカーで補正のかかるステータスが異なる。
ジークのものは攻撃・命中・回避に、シャドーのものは攻撃・防御・命中に、それぞれ能力Lv×2+6の補正値がプラスされる。
オーガノイド（特殊スキル）
『OE』ではデススティンガー搭乗時のヒルツのみ、アンビエントの合体による機体特殊能力ではなく、ヒルツの特殊スキル扱いとなっている。Lv8で全基礎能力+22となる。
オーガノイドシステム（強化パーツ）
『OE』では強化パーツとしても採用されているが、こちらはオーガノイドシステムとなっている。攻撃+25、回避+30、武器消費EN+30％、毎ターンHP+2%回復の効果となる。