- 本作では従来の隠し要素に加え新たに「シークレットシナリオ」という隠しシナリオが用意されている。
- 従来の隠しルートと異なり、シークレットシナリオは発生条件を満たすと、特定の話と話の間に割り込む形で発生する。例えば、第1話終了後にシークレットシナリオが発生したなら、第1話→シークレットシナリオ→第2話といった形で割り込んでくる。また、シークレットシナリオは1度条件を満たして発生させないとシナリオチャートに出現しない。これは初回封入特典のスペシャルシナリオも同様。
- 「シークレットシナリオ」内ではSRポイントを入手することはできないが、それ以外は普通のシナリオ同様で経験値や資金は入手可能。終了後に新たなサブオーダーの受注も可能。
- なお、シークレットシナリオでは開始前のインターミッションでシークレットシナリオ内でイベント出撃する機体にEV表示がないので、シナリオ開始まで条件を満たしたかどうかはわからない。