- 本作では従来の隠し要素に加え新たに「シークレットシナリオ」という隠しシナリオが用意されている。
- 従来の隠しルートと異なり、シークレットシナリオは条件を満たすと特定の話と話の間に割り込む形で発生する。例えば、第1話終了後にシークレットシナリオが発生したなら、第1話→シークレットシナリオ→第2話といった形で割り込んでくる。また、シークレットシナリオは1度条件を満たして発生させないとシナリオチャートに出現しない。これは初回封入特典のスペシャルシナリオも同様。
- 「シークレットシナリオ」内ではSRポイントを入手することはできないが、それ以外は普通のシナリオ同様経験値や資金は入手可能。終了後に新たなサブオーダーの受注も可能。
- シークレットシナリオの条件を満たしても、開始前のインターミッションでシークレットシナリオでイベント出撃する機体にEV表示がない点には注意。