スーパーロボット大戦64の隠し要素
本作は中盤以降、シナリオが3つに分岐し、終盤まで全く異なる物語となる。そのため隠し要素もルートごとに達成できるものやその条件が異なっていることが多い。 本項でのルート名称及びシナリオ番号については「スーパーロボット大戦64＆リンクバトラー必勝攻略法（双葉社）」に準拠する。全話一覧/64の項も参照。
各ルートごとの隠し要素
序盤
ガンダム、ガンキャノン、ガンタンク
リアル系主人公のみ入手可能。
#7「華麗なるル・カイン」においてNPCの3機を撃墜されずに撤退させることで、クリア時に機体のみ入手可能。
3機とも戦力として数えるのには微妙な性能である。
エマ&ガンダムMk-II
リアル系主人公では無条件で加入する。
スーパー系主人公の場合、#17「破滅を導くガンダム」でクワトロでエマを説得するとクリア後に加入する。
説得しなかった場合、#27「血塗られた道」でカミーユがガンダムMk-IIで加入する。
ガラリア&バストール
#21「海と大地の狭間より」で、4ターンの間ガラリアに一切攻撃しないと、そのまま加入する。
後々のトッドの加入条件にもなっている。
エリカ
スーパー系主人公でのみ加入する。
#24「裏切りの町」クリア後の選択肢で、1つ目のものを選択する。
アイナ&アプサラス
リアル系主人公の場合、#4「時は流れた」でシローとアイナが戦闘後、シローでアイナを説得する。
#25「衝撃のビクトリア」でシローでアイナを説得すると加入する。
機体・パイロットともに非常に強力なので、ぜひ加入させたい。
独立軍ルート・前半
ゲイル&グライムカイザル
リアル系主人公でのみ加入する。
#5「少女が見た流星」でエイジでゲイルを説得すると、#33「梁山泊の戦い」クリア後に加入する。
銀鈴ロボTYPE-1
#33「梁山泊の戦い」クリア時までに草間大作の撃墜数が20以上の時に加入する。
超能力技能による絶大な命中・回避補正により、ジャイアントロボより圧倒的に強い。
ヒルデ&トーラス
独立軍ルート以外では無条件で加入する。
#39「OZ分裂（前編）」で、デュオでヒルデを説得すると味方になり、クリアまで撃墜されなければ正式加入する。
フォウ
リアル系主人公でのみ加入する。
#19「悲しみのホンコン・シティ」でカミーユでフォウを2回説得する。
#21「海と大地の狭間より」でカミーユでフォウを説得する。
#40「OZ分裂（後編）」で、カミーユが同マップに出現するジェリドよりLvが上の時にカミーユでフォウを説得すると加入する。
ジェリドのLvは味方上位15人の平均+3とかなり高いので、前々からカミーユのLvを高くしておく必要がある。「努力」や「奇跡」を使えるパイロットをサブパイロットにしたスーパーガンダムに乗せる、リンクバトラーを使用するなどの手段が考えられる。
アレンビー&ノーベルガンダム
#19「悲しみのホンコン・シティ」または#20「卑劣な罠を破れ！」でドモンでアレンビーを説得する。
#40「OZ分裂（後編）」でドモンでアレンビーを説得すると撤退し、クリア後加入する。
なお、場合によっては後々再び敵になることもある。（後述）
ロザミア
#38「スウィートウォーター防衛戦」でゲーツを撃墜し、ロザミアを撤退させる。
#43「混沌の地球圏」でゲーツを撃墜後、カミーユでロザミアを説得すると、クリア後に加入する。
ガンダムMk-III、メタス改
#46「マーズとマーグ」クリア後にガンダムMk-IIIを入手し、メタスがメタス改に強化される。
完全平和ルート
ゲイル&グライムカイザル
銀鈴ロボTYPE-1
独立軍ルートとの分岐前のため同様。
ミネルバX
#54「戦いの意味は」で甲児でミネルバXを2回説得するとクリア後に入手できる。
量産型グレートマジンガー
#57「突入！移動要塞を破壊せよ！（後編）」クリア後に入手できる。
OZルート・前半
銀鈴ロボTYPE-1
#70「トールギス破壊」クリア時までに草間大作の撃墜数を30以上にする。
他のルートに比べて時期が遅い分、必要撃墜数が多い。
ガトー&GP-02Aサイサリス
#72「月は地獄だ！」で自軍戦艦をシロッコ、バスクより先に月面基地へ到達させてクリアするとクリア後に加入する。
しかし、#112「決戦！皇帝ズールとの対決（後編）」でアクシズと協力しない、もしくは#113「生と死の未来」で無条件に機体ごと裏切るので、機体もパイロットも強化する必要は全くない。
ゲイル&グライムカイザル
リアル系主人公でのみ加入する。
#5「少女が見た流星」でエイジでゲイルを説得すると、#74「再び訪れた悪夢」開始前または#75「混沌は終わらない」クリア後に加入する。
フォウ
リアル系主人公でのみ加入する。
#19「悲しみのホンコン・シティ」でカミーユでフォウを2回説得する。
#21「海と大地の狭間より」でカミーユでフォウを説得する。
#81「キリマンジャロの嵐」でカミーユでフォウを説得すると、フォウの乗機がその場で爆発して撤退し、クリア後に加入する。
Lvによる条件がないため、独立軍ルートより難易度が低い。
アレンビー&ノーベルガンダム
#19「悲しみのホンコン・シティ」または#20「卑劣な罠を破れ！」でドモンでアレンビーを説得する。
#81「キリマンジャロの嵐」でドモンでアレンビーを説得すると撤退し、クリア後加入する。
フルアーマー百式改
#82「アクシズからの使者」開始前に百式がフルアーマー百式改に強化される。
独立軍ルート・後半
ナイーダ
スーパー系主人公かつ最初から独立軍ルートを通っている場合のみ加入する。
#49「混迷への出撃」でデュークでナイーダを説得する。
#85「銀河帝国先遣艦隊」開始前の選択肢で「タケルの衝撃波を食らわせる」を選択すると、ナイーダがダブルスペイザーで出撃し、そのまま加入する。
キリカ
スーパー系主人公でのみ加入する。
#86「獣戦機基地 総攻撃」でキリカをデューク、マリアの順で説得すると、クリア後に加入する。
アレンビー離脱&再加入
#88「死闘！ランタオ島大決戦（後編）」でアレンビーを出撃させると敵になる。
4ターン以内にドモン、レインの順でアレンビーを説得するとアレンビーはクリア後に再加入する。
説得しなかった場合、デビルガンダム第2形態のパイロットがウォンからアレンビーになる。
トッド&サーバイン&シルキー
ルートによって乗ってくる機体が異なる。
#21「海と大地の狭間より」でガラリアを仲間にする。
#26「シャピロ、転生！」でショウでトッドを説得する。
#34「宇宙の呼ぶ声」または#50「広がって行く悪意」でショウでトッドを説得する。
以上を満たすと#90「決死の突破作戦」3PPにトッドがサーバインに乗って味方増援として出現し、そのまま加入する。この時マーベルの撃墜数が30以上だとシルキーも同乗している。
ロゼ&ゼーロン
#49「混迷への出撃」または#63「争い絶えない世界で（後編）」でタケルでマーグを説得する。
#85「銀河帝国先遣艦隊」でタケルでマーグを説得した後で、タケルでマーグを撃墜し、タケルでロゼを説得する。
#91「決死の突破作戦（後編）」でタケルでロゼを説得すると、クリア後に加入する。
プル&キュベレイMk-II
#95「勝利者のいない戦い」でジュドーでプルを説得する。
#96「地球圏制圧」でグレミーを撃墜後、ジュドーでプルを説得すると、クリア後に加入する。
プルツー加入条件にもなっている。
プルツー
プルが仲間にいるときに、#98「決戦宙域（後編）」でジュドーでプルツーを説得。
#99「野心」でジュドーでプルツーを説得。
#101「アクシズの攻防（中編）」でグレミーを撃墜する前にジュドーでプルツーを説得すると、クリア後に加入する。
実際に使用可能になるのは#102「アクシズの攻防（後編）」クリア後からになる。
マシュマー&ザクIII改orキャラ&ゲーマルク
二者択一になる。
#97「決戦宙域（前編）」で一時加入するマシュマーとキャラを生存させる。
#100「アクシズの攻防（前編）」でどちらかをジュドーで説得する。先に説得した方のみを説得できる。
#103「悪夢再来」クリア後の選択肢で、「地球圏に残留する」を選択する。
#120「シャアの反乱」8PPに説得した方が味方増援として現れ、そのまま加入する。
単純な戦力としては、キャラの方が強い。
ノイエ・ジール
#103「悪夢再来」クリア後の選択肢で、「地球圏に残留する」を選択する。
#120「シャアの反乱」クリア後に入手できる。
OZルート・後半
ナイーダ
スーパー系主人公のみ加入する。
#66「兄と弟と」または#84「共同戦線」でデュークでナイーダを説得する。
#105「破滅への序曲」開始前の選択肢で「放っておくわけにはいかない」を選択すると、ナイーダがダブルスペイザーで出撃し、そのまま加入する。
ロゼ&ゼーロン
OZルート経由の場合、#82「アクシズからの使者」でタケルでマーグを説得する。
#84「共同戦線」でタケルでマーグを説得後、タケルでマーグを撃墜し、タケルでロゼを説得する。
完全平和ルートの場合、#65「木星帰りの男」でタケルでマーグを説得する。
#66「兄と弟と」でタケルでマーグを説得後、タケルでマーグを撃墜し、タケルでロゼを説得する。
#106「破滅への序曲」でタケルでロゼを説得すると、クリア後に加入する。
キリカ
スーパー系主人公でのみ加入する。
#106「見えない明日」でキリカをデューク、マリアの順で説得すると、クリア後に加入する。
トッド&ズワウス&シルキー
ルートによって乗ってくる機体が異なる。
#21「海と大地の狭間より」でガラリアを仲間にする。
#26「シャピロ、転生！」でショウでトッドを説得する。
#68「地球圏統一のために」でショウでトッドを説得する。
以上を満たすと#107「見えない明日」3PPにトッドがズワウスに乗って味方増援として出現し、そのまま加入する。この時マーベルの撃墜数が30以上だとシルキーも同乗している。
アレンビー離脱&再加入
#110「絶望と悲しみの拳（後編）」でアレンビーを出撃させると敵になる。
敵を10機以下にする前にドモン、レインの順でアレンビーを説得するとアレンビーはクリア後に再加入する。
独立軍ルートとはアレンビー撤退の条件が異なることに注意。 説得しなかった場合、デビルガンダム第2形態のパイロットがウォンからアレンビーになる。
シュバルツ生存
#110「絶望と悲しみの拳（後編）」で真ゲッターロボが出撃していると、シュバルツが死亡しない。
量産型νガンダム
OZルート経由でのみ入手可能。
#110「絶望と悲しみの拳（後編）」クリア後に入手。インコム装備とフィンファンネル装備の選択になる。
無改造ではフィンファンネル装備の方が強力だが、インコム装備は改造限界が高く、最終的には本家より高性能になる。ただしマップ兵器とIフィールドを持たない点で劣る。
プル&キュベレイMk-II
#114「宇宙の渦」で、グレミーを撃墜後にジュドーでプルを説得するとクリア後に加入する。
プルツーの加入条件にもなっている。
トールギスIII
#115「ハマーンの黒い影」クリア後の選択肢で「トールギスIIIにする」を選ぶとガンダムエピオンがトールギスIIIになる。
改造段階がリセットされる以外、あらゆる点でエピオンよりはるかに強力なので、ぜひトールギスIIIにしたい。
プルツー
プルが仲間にいるときに、#115「ハマーンの黒い影」でジュドーでプルツーを説得。
#116「駆り立てる野心」でグレミーを撃墜する前にジュドーでプルツーを説得。
#117「生命、散って」でジュドーでプルツーを説得すると、クリア後に加入する。
終盤
キュベレイMk-II (プルツー用)
プルツーを仲間にするのが前提条件。
#103「悪夢再来」または#118「醒めない悪夢」クリア後の選択肢で「地球圏に残留する」を選ぶ。
その後の選択肢でキュベレイMk-IIの色をプルツー機のものに変更できる。
キラル&マンダラガンダム
完全平和ルートでは加入しない。
#43「混沌の地球圏」または#80「トレーズ抹殺指令」でドモンでキラルを撃墜する。
#121「恐怖！デビルアクシズ始動！（前編）」でキラルが味方増援として現れ、そのまま加入する。
クェス&ヤクト・ドーガ
#123「絶叫の宇宙」でラー・カイラムをアクシズに移動させる。
2ターン経過する前にアムロでシャアを撃墜し、アクシズ押し返しイベントを発生させる。この時までにクェスを撃墜しない。
クリア後に加入する。ただし次は最終話である。
主人公関連
エルリッヒ&ノウルーズ
独立軍ルート
レラが自軍に同行している。
#43「混沌の地球圏」でアークでエルリッヒを説得。
クリア後の選択肢で「わかりません、わかりませんけど…」を選択する。
次のマップが#44「ここより共に」になり、エルリッヒが加入する。
完全平和ルート
#54「戦いの意味は」でアークでエルリッヒを説得すると、そのまま加入する。
OZルート
#72「月は地獄だ！」を通った場合、アークでエルリッヒを説得。
#80「トレーズ抹殺指令」でアークでエルリッヒを説得。
クリア後の選択肢で「わかりません、わかりませんけど…」を選択する。
次のマップが#44「ここより共に」になり、エルリッヒが加入する。
リッシュ&シグルーン
独立軍ルート
#36「激闘！ラビアンローズ」でセレインとリッシュが戦闘し、戦闘前会話で「フン！物好きな奴だな」または「敵である以上は戦う以外はなかろう」を選ぶ。
#39「OZ分裂（前編）」でセレインでリッシュを説得。
#42「その名はエピオン」開始前に加入する。
完全平和ルート
#53「燃え尽きない流星」でセレインとリッシュが戦闘し、戦闘前会話で「フン！物好きな奴だな」または「敵である以上は戦う以外はなかろう」を選ぶ。
#58「地球圏を覆う暗雲」でセレインでリッシュを説得。
#59「戦場に帰る」開始前に加入する。
OZルート
#72「月は地獄だ！」を通った場合、「返答する」を選択すると#73「野望の行きつく果て」または#76「神になれなかった男」開始前に加入する。
#75「ムーン・アタック」を通った場合、「もう一度声をかける」を選択すると#76「神になれなかった男」開始前に加入する。
カーツ&ヴァイローズ
カーツを仲間にするとスーパーアースゲインは手に入らない。
独立軍ルートでは#43「混沌の地球圏」、OZルートでは#80「トレーズ抹殺指令」までにブラッドでカーツを2回以上撃墜する。
次のマップが#45「決着の時」になる。クリア時にブラッドの撃墜数が100以上ならカーツが加入する。
完全平和ルートではカーツはパイロットとして加入することはなく、必ずスーパーアースゲインが手に入る。
アイシャ&エルブルス
エルブルスは加入直後にのみ使用可能で正式加入時アイシャはスィームルグSのサブパイロットになる
独立軍ルート
#35「偽りの平和」でマナミでアイシャを説得。
#39「OZ分裂（前編）」でマナミでアイシャを説得。
#42「その名はエピオン」で敵が9機以下になった時、マナミが生存していれば味方増援としてアイシャが登場する。
完全平和ルート
#53「燃え尽きない流星」でマナミでアイシャを説得。
#54「戦いの意味は」でマナミでアイシャを説得。
#58「地球圏を覆う暗雲」で2PP、または敵が7機以下になった時、マナミが生存していれば味方増援としてアイシャが登場する。
OZルート
#72「月は地獄だ！」を通った場合、「お願い、話を聞いて」または「待って、アイシャ」を選択する。
#75「ムーン・アタック」を通った場合、「アイシャを呼び止める」を選択する。
#80「トレーズ抹殺指令」でマナミでアイシャを説得。
#81「キリマンジャロの嵐」開始前にスィームルグSが出撃可能になり、サブパイロットがアイシャになる。