- 全体的に強烈な隠し要素が多い。特に、スタンショック所持のビルトビルガー・タイプL、及び各種強力換装武器の入手如何は戦闘バランスをも左右する。
- その分入手条件が分かりづらい物が多い上に難易度も高め。
- 第15話「星から来るもの」では、インスペクター幹部を無理やり撃破することによるボーナスが存在。メキボスからの褒め言葉に因んで「やり込み派ボーナス」と呼ばれる。
分岐表
隠し要素（ユニット）
ヒュッケバインMk-III・R
(1)第17話「テスラ研脱出」18話「流星、夜を切り裂いて」の2つのステージで、レーツェルが合計15機以上撃墜数を稼ぐ。
(2)第30話「武神装攻ダイゼンガー」において熟練度を獲得する。
(3)第33話「会者定離の理」クリアまでに、ブリット、クスハ、リョウト、リオ、タスク、レオナの合計レベルが185以上
以上の条件を満たすと、ヒュッケバインMk-III・TがRに機種変更され、ガンナーとの合体orボクサーパーツの換装が可能となる。地上ルートの場合、第34話「熱砂を越えて」から、宇宙ルートの場合は第36話「ルナティック・ドリーム」クリア後から使用可能。
ゲシュペンストMk-II・S
第33話「会者定離の理」クリアまでに、カイの撃墜数が55以上、かつLvを33以上にする。
宇宙ルートの場合、第34話「激震の宇宙へ」から、地上ルートの場合は第36話「眠れ、地の底に」クリア後から使用可能。
ヴァイサーガorアシュセイヴァー
(1)地上第10話「桜花幻影」または宇宙第13話「新生、聖十字軍」において、エキドナを撃墜（撤退）させ、そのエキドナがいた位置にラミア機を移動させる。見た目には何も起こらないので注意。彼女が撤退したらすぐに移動させておくべき。
(2)第19話「現れた『影』」において、ラミアとアクセルが戦闘する。1回だけ戦闘すれば「ヴァイサーガ」の、2回だけ戦闘すれば「アシュセイヴァー」のフラグとなる。
(3)第24話「招かれざる異邦人（前編）」クリアまでにラミアの撃墜数が55機以上。
以上の条件を満たしていれば、第28話「楽園からの追放者」において味方増援として登場するラミアの乗機が変化、そのまま入手できる。なお、強化型のアンジュルグも通常通り入手できるが、ヴァイサーガにはラミアしか搭乗できないため、どちらかが余ることになる。
ビルトビルガー・タイプL
(1)第19話「現れた『影』」において、アラドが初期配置の量産型ゲシュペンストMk-IIを4機以上撃墜する。
(2)第24話「壊れた人形」クリアまでに、アラドの撃墜数を50機以上にする。
(3)第25話「紅の幻想」において、マイが初期配置の敵を5機撃墜してイベントを発生させる。5EP、または乗機のHPが40%以下になった場合もイベントが発生してしまうが、その場合は不可なので注意。
以上の条件を満たすと、クリア後に入手。なお、アラド機のビルトビルガーがなくなるわけではない。敵機を1ターン行動不能にするスタンショックを所持しているため、これ以降大半のボスを木偶の棒と化すことが可能な超重要機（特殊能力を所持していても「直撃」を使用すれば効く）。
隠し要素（換装武器・強化パーツ）
シシオウブレード
第14話「亡国の姫君」クリアまでにブリットの撃墜数を45機以上、かつLvを18以上にする。この際、第9話クリア後のルート分岐で宇宙へ行くとブリットの撃墜数が稼ぎにくくなるため注意。
条件を満たすと、第17話「テスラ研脱出」クリア後に入手できる。
ステルス・ブーメラン
以下のいずれかのステージで一度でもカーラを撃墜すると、第32話「オペレーション・プランタジネット（後編）」での加入時にカーラの乗機に装備されている。
- 第3話「聖十字軍の残身」
- 第4話「ブーステッド・チルドレン」
- 第6話「守るべきもの」
- 第8話「約束は炎に消えて」
- 地上第12話「ワイズ・ドール」
- ヨーロッパ第20話「超音速の妖精」
カーラはガード持ちなので全体的に撃墜は厳しい。第8話（HP10350以下で撤退）において、アタッカー持ち・熱血持ちのカイをグルンガストに乗せて暗剣殺での撃破を狙うのが確実。
また、難易度「易」の場合、ギリアムのゲシュペンストが正式参入時に装備している。
グラビトン・ランチャー
第6話「守るべきもの」において、ヴィレッタがユウキ、カーラ、アラド、ゼオラを除く全ての敵を撃破すると、第15話「星から来るもの」での自軍加入時に機体に装備されており、そのまま入手できる。
使い勝手の面ではもちろんだが、後述の「やり込み派」ボーナス入手を容易にするためには是非入手しておきたい。
ブーストハンマー
第16話「第三の凶鳥」において、4EPまでにアラドで初期配置全てのガンセクトを撃墜すると、クリア後に入手できる。
G・インパクトステーク＆ネオ・チャクラムシューター
第30話「武神装攻ダイゼンガー」でゼンガーがダイゼンガーに搭乗した後、敵を1機も撃墜せずにクリアする。
条件を満たしていれば第33話「会者定離の理」クリア後に入手できる。
勇者の印、鋼の魂
2周目以降の周回であれば、第33話「会者定離の理」クリア後に必ず入手できる。
やり込み派ボーナス
第15話「星から来るもの」において、敢えてインスペクター幹部の3人に戦いを挑み、アギーハ・シカログを先に撃破、最後にメキボスの順で撃破する。
すると彼ら自身から得られる強化パーツ・換装武器の他、ボーナスとして「シシオウブレード」「G・インパクトステーク」「高性能電子頭脳」「勇者の印」「鋼の魂」を入手できる。
- 撃墜のコツ
| 準備 | (1)第9話終了後に宇宙ルートを選んだ場合、ヒリュウ改を改造する機会があるので、 EN・装甲・艦首超重力衝撃砲に手を加えておくと良い。可能ならSP回復を修得しておくと理想的。 修理装置、補給装置を事前に装備しておくのも効果的。 (2)隠し換装武器「グラビトン・ランチャー」を入手しておくと、 同面でヴィレッタの乗機にグラビトンランチャーが装備されており、撃破が若干楽になる。 |
| 前提 | 味方は4機（リューネ、ギリアム、ヴィレッタ、レフィーナ）。 アギーハはリューネ、シカログはレフィーナ、メキボスはギリアム狙い。 |
| 配置 | 以下の条件を満たすように配置する。 (1)味方4人は全員ネビーイーム上に陣取る (2)敵3人はネビーイーム上に陣取らせない (3)リューネ、ギリアムはヒリュウ改に隣接させ、援護防御可能な陣系にしておく |
| 対シカログ | 特殊効果武器を使い果たした後の最大射程は5。また回避能力も無いに等しい。 グラビトンランチャー及びクロスマッシャーを軸に射程外から攻撃し続ければそのうち倒せる。 クロスマッシャーの弾数が尽きたら着艦して補給を。 |
| 対アギーハ | 回避率が尋常でなく高いので、クイックセーブを使うか必中を使うかしないと当たらない。 100%確実に行くなら、SP回復効果により毎ターン「必中」を使えるギリアムを軸に攻撃。 レフィーナがSP回復を使えるなら、必中＋艦首超重力衝撃砲で大ダメージが狙える。 尚、クイックセーブに依存する場合もHPが多いうちに限定した方がよく、HPが減ってきたら必中に頼るべき。 （HPが減ると分身や底力により益々攻撃が当て辛くなる。HPが高いうちなら集中をかけたヴィレッタでもまだ当てられる） |
| 対メキボス | 基本はアギーハ戦と同様。ただしシルベルヴィントより耐久力があるので、持久戦になりがち。 ギリアムが「必中」で攻撃→そのターン反撃（メキボスの攻撃は援護防御で対応）、を軸に地道にHPを減らす。 レフィーナがSP回復を使える場合は、アギーハ戦同様、必中＋艦首超重力衝撃砲を有効に使っていく。 |
| 注意 | リューネ・ギリアムを補給のためヒリュウ改に「搭載」した場合、アギーハ及びメキボスはヒリュウ改狙いになる。 またこの際、それまでの陣形を崩してヒリュウ改に隣接するように移動することがあるので注意。 |
| OGsの留意点 | OGsにおいては、グレイターキンの主力兵器・フォトンビーム砲がALL属性の兵器であるため、援護防御が受けられない。 ギリアムとメキボスが隣接していれば援護防御可能な高周波ソードで攻撃を仕掛けてくるので、うまく誘導すること。 |
隠し最終話
第41話「彼方への扉」クリア時点で熟練度が35以上の場合、隠し最終話である「荒ぶる星神」へ進む。