最終分岐ルート＆関連イベント
X同様、終盤で分岐する隠しルート。
| ステージ | 行動 | ポイント |
| 第8話 | 主人公でルーディーを撃墜する | +1 |
| 第26話 | 主人公でルーディーを撃墜する | +1 |
| 第29話 | 主人公とルーディーが戦闘する | +1 |
| 主人公でルーディーを撃墜する | +1 | |
| 第46話 | 主人公でワシールモンを撃墜する | +1 |
| 第50話 | クリア時にエースパイロットが25人以上おり、かつTACマネジメントのGRADE6を開発する | +2（必須） |
以上のポイントを6以上満たしている（2周目以降は無条件）と、第51話開始時に選択肢が発生して「困難な道だろうと積極的に戦っていく」を選択するとこちらへ進める。満たさなかった場合は強制的に通常ルートへ進む。例によってエースパイロット25人以上が必須なので、エースプラウドを活用していきたい。
- こちらのルートに進むと、取り逃していた場合に限りマスターガンダム&東方不敗マスター・アジアが第52話に加入し、サポーターコマンド「戦闘アドバイス」が第53話で使用可能になる。後者は通常ルートでは入手不可能。
シークレットシナリオ関連
正義と勇気を共にして(エルドラソウル先行加入、ブラックマイトガイン)
プライベート・ミッション(プロスペクター先行加入、エステバリス3機強化他)
Vジャンクション(ヴァングネクス、グランヴァング、グルンガスト、ヒュッケバインスポット参戦、強化パーツ「Vクリスタル」、「航海のお守り」)
第33話までに以下の条件を満たすと第34話クリア後に発生。
- 5人以上のパイロットをエースにする
- TACマネジメントのGRADE4を開発する
ステージ開始前のインターミッションで選択肢が発生し、それによって会話内容が変化する。
来訪者X(ゼルガード、サイバスタースポット参戦、強化パーツ「Xの宝剣」、「Xの宝盾」)
第41話までに以下の条件を満たすと、第42話クリア後に発生。
- 10人以上のパイロットをエースにする
- TACマネジメントのGRADE5を開発する
- ステージ開始前のインターミッションで選択肢が発生し、それによってゼルガードのメインパイロットが変化する。
流浪のハマーン(ナイチンゲール先行加入、マシュマー・セロ&ザクIII改、ギュネイ・ガス&ヤクト・ドーガ (ギュネイ専用))
以下の条件を満たすと、第46話クリア後に発生。
- 下記のポイントを8以上獲得
- 機体&パイロット関連の項に記載したナイチンゲールを除く宇宙世紀関連の隠し要素をすべて獲得する
| ステージ | 行動 | |
| 宇宙ルート第13話 | ジュドーとハマーンが戦闘する | +1 |
| クリア時にハマーンを撃墜している | +2 | |
| クリア時にハマーンを撃墜していない | +1 | |
| 第22話 | ジュドーでマシュマーを撃墜する | +1 |
| ファでマシュマーを撃墜する | +2 | |
| カミーユ、ジュドー、トビアとハマーンが戦闘する | 各+1 | |
| カミーユかジュドーでハマーンを撃墜する | +1 | |
| 宇宙ルート第36話 | マシュマーがプルツー、ラカンと戦闘する | 各+1 |
| 第41話 | ファかジュドーでマシュマーを撃墜する | +1 |
| 第42話クリア後分岐選択 | シャア共闘ルートを選択する | -2 |
| ハマーン共闘ルートを選択する | +3 | |
| 独自ルートを選択する | +1 | |
| シャア共闘ルート第43話 | ファとマシュマーが戦闘する | +1 |
| ファかジュドーでマシュマーを撃墜する | +1 | |
| シャア共闘ルート第44話 | ジュドーかシャアでハマーンを撃墜する | +1 |
| シャア共闘ルート第45話 | シャアをギュネイより先に撃墜する | +2 |
| ハマーン共闘ルート第43話 | ファとマシュマーが戦闘する | +1 |
| ファかジュドーでマシュマーを撃墜する | +1 | |
| ハマーンをイベント発生前に撃墜する | +2 | |
| ハマーン共闘ルート第44話 | ハマーンでシャアを撃墜する | +1 |
| シャアをギュネイより先に撃墜する | +2 | |
| ハマーン共闘ルート第45話 | ジュドーでハマーンを撃墜する | +1 |
| 自軍復帰したハマーンが敵を複数機撃墜する | +1 | |
| クリア時にマシュマーが撃墜されていない | +1 | |
| 独自ルート第43話 | ファとマシュマーが戦闘する | +1 |
| ファかジュドーでマシュマーを撃墜する | +1 | |
| 独自ルート第44話 | ジュドーでハマーンを撃墜する | +1 |
機体＆パイロット関連
キュベレイMk-II&エルピー・プル、クィン・マンサ
- 下記の条件を満たすと得られるポイントによって入手。ポイント加算はすべて1。
キュベレイMk-II&プル
- 第34話分岐によって条件が変化する。
- 地上ルート：ポイントを5以上獲得した場合、ルート合流時に加入。
- 宇宙ルート：ポイントを3以上獲得し、第35話でジュドーがプルツーを説得する。
クィン・マンサ
- 45話クリア時にポイントを6以上獲得
| ステージ | 行動 |
| 第10話 | ジュドーとプルツーが戦闘する |
| ジュドーでプルツーを撃墜する | |
| カミーユとプルツーが戦闘する | |
| トビアとプルツーが戦闘する | |
| 第15話 | ジュドーとプルツーが戦闘する |
| ジュドーでプルツーを撃墜する | |
| 宇宙ルート第35話 | ジュドーでプルツーを説得する |
| ジュドーでプルツーを撃墜する | |
| プルでプルツーを撃墜する | |
| 第41話 | プルとクェスが戦闘する |
| 第42話 | クリア後のルート分岐でシャア共闘ルートを選択する |
| 第45話(どのルートでも共通) | ジュドーとプルツーが戦闘 |
| ジュドーでプルツーを撃墜する | |
| プルがプルツーと戦闘する | |
| プルでプルツーを撃墜する |
α・アジール、ナイチンゲール
- 下記の条件を満たすと得られるポイントによって入手。
α・アジール
- 45話クリア時にポイントを6以上獲得
ナイチンゲール
- 45話クリア時にポイントを7以上獲得すると、第47話クリア後に入手。
- シークレットシナリオ「流浪のハマーン」発生時は第47話の増援時にシャアが登場する形で加入。
| ステージ | 行動 | |
| 第41話 | アムロとクェスが戦闘する | +1 |
| アムロかプルでクェスを撃墜する | +1 | |
| カミーユとギュネイが戦闘する | +1 | |
| アムロかカミーユでギュネイを撃墜する | +1 | |
| 第42話クリア後分岐選択 | シャア共闘ルートを選択する | +3 |
| ハマーン共闘ルートを選択する | -2 | |
| 独自ルートを選択する | +1 | |
| シャア共闘ルート第43話 | シャア、ギュネイ、クェスがいずれも敵を撃墜(うち1人は複数機)する | +1 |
| シャア共闘ルート第44話 | シャア、ギュネイ、クェスがいずれも敵を撃墜(うち1人は複数機)する | +1 |
| シャア共闘ルート第45話 | アムロかカミーユでシャアを撃墜する | +1 |
| アムロとクェスが戦闘する | +1 | |
| アムロでクェスを撃墜する | +1 | |
| アムロかカミーユでギュネイを撃墜する | +1 | |
| シャアをギュネイより先に撃墜する | +1 | |
| ハマーン共闘ルート第43話 | アムロでクェスを撃墜する | +1 |
| アムロかカミーユでギュネイを撃墜する | +1 | |
| ハマーン共闘ルート44話 | アムロ、カミーユ、ハマーンの誰かでシャアを撃墜する | +1 |
| アムロかカミーユでギュネイを撃墜する | +1 | |
| シャアをギュネイより先に撃墜する | +1 | |
| ハマーン共闘ルート45話 | アムロとクェスが戦闘する | +1 |
| アムロでクェスを撃墜する | +1 | |
| 独自ルート第43話 | アムロでクェスを撃墜する | +1 |
| アムロかカミーユでギュネイを撃墜する | +1 | |
| 独自ルート第45話 | アムロとクェスが戦闘する | +1 |
| アムロでクェスを撃墜する | +1 | |
| アムロかカミーユでシャアを撃墜する | +1 |
マスターガンダム&東方不敗マスター・アジア
- 第46話クリア時にポイントを6以上獲得していると、第47話で加入。加算はすべて1。
- 取り逃した場合でも、隠しルート第52話で無条件加入。
| ステージ | 行動 |
| 第14話 | 凱と東方不敗が戦闘する |
| ドモンと東方不敗が戦闘する | |
| ドモンで東方不敗を撃墜する | |
| 第15話 | 東方不敗が敵を撃墜する |
| 非正規部隊ルート第30話 | アキトと東方不敗が戦闘する |
| ドモンと東方不敗が戦闘する | |
| ドモンで東方不敗を撃墜する | |
| 第45話(どのルートでも共通) | 東方不敗が敵を撃墜する。1機撃墜するごとに加算される(最大5) |
| 第46話 | 東方不敗とデビルガンダムが戦闘する |
カルロスの覚醒(精神コマンド強化)
サポーターコマンド関連
物野正「少年の覚悟」強化
- 第43話までにハーロックの撃墜数が60機以上
モコナ「ぷーぷぷー」強化
ウェンディ＆カルメン「内助の功」強化（ユキコ追加）
パーツ関連
妖精のお守り&エクストラアームズ
- 第22話でアルカディア号を特定の場所付近で待機させるとカイジが現れ、アイテムを渡してくれる。北端から13～14マス目、東端から2～3マス目の4マスが対象。
- スパロボ公式Twitterでヒントが示されていた。
ダイナミックアーマー&光子力3Dプリンター
- 第36話A（地球ルート）「光の子の力」でマジンガーZを特定の場所で待機させると炎天家冷奴が現れ、アイテムを渡してくれる。
- マジンガーZ登場イベント後、すぐ北に移動（光子力研究所敷地内の角）すればいいのでわかりやすい。