最終分岐ルート＆関連イベント
X同様、終盤で分岐する隠しルート。
| ステージ | 行動 | ポイント |
| 第8話 | 主人公でルーディーを撃墜する | +1 |
| 第26話 | 主人公でルーディーを撃墜する | +1 |
| 第29話 | 主人公とルーディーが戦闘する | +1 |
| 同上 | 主人公でルーディーを撃墜する | +1 |
| 第46話 | 主人公でワシールモンを撃墜する | +1 |
| 第50話 | クリア時にエースパイロットが25人以上おり、かつTACマネジメントのGRADE6を開発する | +2（必須） |
以上のポイントを6以上満たしている（2周目以降は無条件）と、第51話開始時に選択肢が発生して「困難な道だろうと積極的に戦っていく」を選択するとこちらへ進める。満たさなかった場合は強制的に通常ルートへ進む。例によってエースパイロット25人以上が必須なので、エースプラウドを活用していきたい。
- こちらのルートに進むと、取り逃していた場合に限りマスターガンダム&東方不敗マスター・アジアが第52話に加入し、サポーターコマンド「戦闘アドバイス」が第53話で使用可能になる。後者は通常ルートでは入手不可能。
シークレットシナリオ関連
正義と勇気を共にして(エルドラソウル先行加入、ブラックマイトガイン)
プライベート・ミッション(プロスペクター先行加入、エステバリス3機強化他)
Vジャンクション(ヴァングネクス、グランヴァング、グルンガスト、ヒュッケバインスポット参戦、強化パーツ「Vクリスタル」、「航海のお守り」)
第33話までに以下の条件を満たすと第34話クリア後に発生。
- 5人以上のパイロットをエースにする
- TACマネジメントのGRADE4を開発する
ステージ開始前のインターミッションで選択肢が発生し、それによって会話内容が変化する。
来訪者X(ゼルガード、サイバスタースポット参戦、強化パーツ「Xの宝剣」、「Xの宝盾」)
第41話までに以下の条件を満たすと、第42話クリア後に発生。
- 10人以上のパイロットをエースにする
- TACマネジメントのGRADE5を開発する
- ステージ開始前のインターミッションで選択肢が発生し、それによってゼルガードのメインパイロットが変化する。
流浪のハマーン(ナイチンゲール先行加入、マシュマー・セロ&ザクIII改、ギュネイ・ガス&ヤクト・ドーガ (ギュネイ専用))
以下の条件を満たすと、第46話クリア後に発生。
- 下記のポイントを8以上獲得
- 機体&パイロット関連の項に記載したナイチンゲールを除く宇宙世紀関連の隠し要素をすべて獲得する
| ステージ | 行動 | |
| 宇宙ルート13話 | ジュドーとハマーンがが戦闘する | +1 |
| 同上 | クリア時にハマーンを撃墜している | +2 |
| 同上 | クリア時にハマーンを撃墜していない | +1 |
| 第22話 | ジュドーでマシュマーを撃墜する | +1 |
| 同上 | ファでマシュマーを撃墜する | +2 |
| 同上 | カミーユ、ジュドー、トビアとハマーンが戦闘する | 各+1 |
| 同上 | カミーユかジュドーでハマーンを撃墜する | +1 |
| 宇宙ルート36話 | マシュマーがプルツー、ラカンと戦闘する | 各+1 |
| 第41話 | ファかジュドーでマシュマーを撃墜する | +1 |
| 第42話クリア後分岐選択 | シャア共闘ルートを選択する | -2 |
| 同上 | ハマーン共闘ルートを選択する | +3 |
| 同上 | 独自ルートを選択する | +1 |
| シャア共闘ルート第43話 | ファとマシュマーが戦闘する | +1 |
| 同上 | ファかジュドーでマシュマーを撃墜する | +1 |
| シャア共闘ルート第44話 | ジュドーかシャアでハマーンを撃墜する | +1 |
| シャア共闘ルート第45話 | シャアをギュネイより先に撃墜する | +2 |
| ハマーン共闘ルート第43話 | ファとマシュマーが戦闘する | +1 |
| 同上 | ファかジュドーでマシュマーを撃墜する | +1 |
| 同上 | ハマーンをイベント発生前に撃墜する | +2 |
| ハマーン共闘ルート第44話 | ハマーンでシャアを撃墜する | +1 |
| 同上 | シャアをギュネイより先に撃墜する | +2 |
| ハマーン共闘ルート第45話 | ジュドーでハマーンを撃墜する | +1 |
| 同上 | 自軍復帰したハマーンが敵を複数機撃墜する | +1 |
| 同上 | クリア時にマシュマーが撃墜されていない | +1 |
| 独自ルート第43話 | ファとマシュマーが戦闘する | +1 |
| 同上 | ファかジュドーでマシュマーを撃墜する | +1 |
| 独自ルート第44話 | ジュドーでハマーンを撃墜する | +1 |
機体＆パイロット関連
キュベレイMk-II&エルピー・プル、クィン・マンサ
- 下記の条件を満たすと得られるポイントによって入手。ポイント加算はすべて1。
キュベレイMk-II&プル
- 第34話分岐によって条件が変化する。
- 地上ルート：ポイントを5以上獲得した場合、ルート合流時に加入。
- 宇宙ルート：ポイントを3以上獲得し、第35話でジュドーがプルツーを説得する。
クィン・マンサ
- 45話クリア時にポイントを6以上獲得
| ステージ | 行動 |
| 第10話 | ジュドーとプルツーが戦闘する |
| 同上 | ジュドーでプルツーを撃墜する |
| 同上 | カミーユとプルツーが戦闘する |
| 同上 | トビアとプルツーが戦闘する |
| 第15話 | ジュドーとプルツーが戦闘する |
| 同上 | ジュドーでプルツーを撃墜する |
| 宇宙ルート第35話 | ジュドーでプルツーを説得する |
| 同上 | ジュドーでプルツーを撃墜する |
| 同上 | プルでプルツーを撃墜する |
| 第41話 | プルとクェスが戦闘する |
| 第42話 | クリア後のルート分岐でシャア共闘ルートを選択する |
| 第45話(どのルートでも共通) | ジュドーとプルツーが戦闘 |
| 同上 | ジュドーでプルツーを撃墜する |
| 同上 | プルがプルツーと戦闘する |
| 同上 | プルでプルツーを撃墜する |
α・アジール、ナイチンゲール
- 下記の条件を満たすと得られるポイントによって入手。
α・アジール
- 45話クリア時にポイントを6以上獲得
ナイチンゲール
- 45話クリア時にポイントを7以上獲得すると、第47話クリア後に入手。
- シークレットシナリオ「流浪のハマーン」発生時は第47話の増援時にシャアが登場する形で加入。
| ステージ | 行動 | |
| 第41話 | アムロとクェスが戦闘する | +1 |
| 同上 | アムロかプルでクェスを撃墜する | +1 |
| 同上 | カミーユとギュネイが戦闘する | +1 |
| 同上 | アムロかカミーユでギュネイを撃墜する | +1 |
| 第42話クリア後分岐選択 | シャア共闘ルートを選択する | +3 |
| 同上 | ハマーン共闘ルートを選択する | -2 |
| 同上 | 独自ルートを選択する | +1 |
| シャア共闘ルート第43話 | シャア、ギュネイ、クェスがいずれも敵を撃墜(うち1人は複数機)する | +1 |
| シャア共闘ルート第44話 | シャア、ギュネイ、クェスがいずれも敵を撃墜(うち1人は複数機)する | +1 |
| シャア共闘ルート第45話 | アムロかカミーユでシャアを撃墜する | +1 |
| 同上 | アムロとクェスが戦闘する | +1 |
| 同上 | アムロでクェスを撃墜する | +1 |
| 同上 | アムロかカミーユでギュネイを撃墜する | +1 |
| 同上 | シャアをギュネイより先に撃墜する | +1 |
| ハマーン共闘ルート第43話 | アムロでクェスを撃墜する | +1 |
| 同上 | アムロかカミーユでギュネイを撃墜する | +1 |
| ハマーン共闘ルート44話 | アムロ、カミーユ、ハマーンの誰かでシャアを撃墜する | +1 |
| ハマーン共闘ルート45話 | アムロとクェスが戦闘する | +1 |
| 同上 | アムロでクェスを撃墜する | +1 |
| 同上 | アムロかカミーユでギュネイを撃墜する | +1 |
| 同上 | シャアをギュネイより先に撃墜する | +1 |
| 独自ルート第43話 | アムロでクェスを撃墜する | +1 |
| 同上 | アムロかカミーユでギュネイを撃墜する | +1 |
| 独自ルート第45話 | アムロとクェスが戦闘する | +1 |
| 同上 | アムロでクェスを撃墜する | +1 |
| 同上 | アムロかカミーユでシャアを撃墜する | +1 |
マスターガンダム&東方不敗マスター・アジア
- 第46話クリア時にポイントを6以上獲得していると、第47話で加入。
- 取り逃した場合でも、隠しルート第52話で無条件加入。
| ステージ | 行動 |
| 第14話 | 凱と東方不敗が戦闘する |
| 同上 | ドモンと東方不敗が戦闘する |
| 同上 | ドモンで東方不敗を撃墜する |
| 第15話 | 東方不敗が敵を撃墜する |
| 非正規部隊ルート第30話 | アキトと東方不敗が戦闘する |
| 同上 | ドモンと東方不敗が戦闘する |
| 同上 | ドモンで東方不敗を撃墜する |
| 第45話(どのルートでも共通) | 東方不敗が敵を撃墜する。1機撃墜するごとに加算される(最大5) |
| 第46話 | 東方不敗とデビルガンダムが戦闘する |