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その後、約10年の休止期間を経て1999年より新たにTVアニメを軸としてゾイドシリーズの商品展開が再始動。TVシリーズ第1作のストーリーは、それまでのゾイド同様バトルストーリーをベースとした戦記ドラマであったが、第2作以降は世界観を一新、ミリタリー色が薄められた一方、冒険活劇としてのジュブナイル色が強められ、若い世代が入りにくかったゾイドの間口を広げることに成功した。
その後、約10年の休止期間を経て1999年より新たにTVアニメを軸としてゾイドシリーズの商品展開が再始動。TVシリーズ第1作のストーリーは、それまでのゾイド同様バトルストーリーをベースとした戦記ドラマであったが、第2作以降は世界観を一新、ミリタリー色が薄められた一方、冒険活劇としてのジュブナイル色が強められ、若い世代が入りにくかったゾイドの間口を広げることに成功した。
ゾイドのコンテンツとしての母体はあくまで玩具サイドであるため、玩具メーカー（タカラトミー）によって玩具のための詳細な物語が先に創られ、それを「原作」としてアニメ化やコミカライズと言ったメディア展開おこなわれている。アニメで描かれた新しい世界観やストーリーもアニメスタッフが考えたものではなく、ゾイドの玩具企画室が主導になって作り上げたものである（例外として、『[[機獣創世記ゾイドジェネシス]]はアニメスタッフ主導でストーリーが作られている）。「メカとおおまかな世界観は玩具メーカーがデザインするが、実際のストーリー展開はアニメスタッフに委ねる」というような、多くのロボットアニメとは制作スタンスが根本的に異なっており、映像化されるゾイドは基本的に商品化もされてなくてならないという理念が根底にある。ゲームなどにおいては特典としてゲームオリジナルのゾイドのキットが付くことも恒例化している。なお、コトブキヤなど他のメーカーからもゾイドのプラモデルや可動フィギュアが販売されているが、これらは「アニメ版を原作にした玩具」という扱いである。
スパロボ参戦についてはファンの間では期待こそされていたものの、版権面の都合等の諸々の理由などからそのハードルは非常に高いものと思われていたが、『[[スーパーロボット大戦K]]』において『[[機獣創世記ゾイドジェネシス]]』が参戦、さらに『[[スーパーロボット大戦Operation Extend]]』においてTVシリーズ第1作である『[[ゾイド -ZOIDS-]]』が参戦。参戦における障害は事実上存在しなくなったと見られる。
ここ最近は発売元であるトミーの合併（現・タカラトミー）に伴い展開が縮小傾向にあり、2009年以降は商品展開自体も途絶えていたが、2013年より過去のゾイドの機体群を現代の技術でリファインする玩具シリーズ「ゾイドオリジナル」の展開が予告されている。これらは単なるデザインの刷新なだけではなく、これらリファイン玩具のための背景設定やバックストーリーが今までとは一部が異なるものに改訂されており、公式サイトや関連書籍などで新しい「惑星ゾイド」の姿が少しずつ公開されている（"惑星Zi"という言葉は使われていない）。
ここ最近は発売元であるトミーの合併（現・タカラトミー）に伴い展開が縮小傾向にあり、2009年以降は商品展開自体も途絶えていたが、2013年より過去のゾイドの機体群を現代の技術でリファインする玩具シリーズ「ゾイドオリジナル」の展開が予告されている。これらは単なるデザインの刷新なだけではなく、これらリファイン玩具のための背景設定やバックストーリーが今までとは一部が異なるものに改訂されており、公式サイトや関連書籍などで新しい「惑星ゾイド」の姿が少しずつ公開されている（"惑星Zi"という言葉は使われていない）。