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:セントラルからの離反後の貢献などから、[[プリベンター]]の監視下（事実上プリベンターへの編入）という前提で超法規的な恩赦が出された。
彼らの真の目的は「こちら側の世界」の人間を統一意志セントラルへ対抗できるよう鍛え上げるための「仮想敵」になることであり、そして加藤機関はセントラルに対しての「敵」である(その立ち位置は宇宙からの侵略者に対抗する為に[[ビアン・ゾルダーク|ビアン総帥]]が創設し、世界の「仮想敵」となった[[ディバイン・クルセイダーズ]]に類似している)。「向こう側の世界」からの侵略用兵器であるマキナの完全破壊を目的の一つとしており、そのために必要な力である「マキナ殺し」[[ラインバレル]]を求めていた。だが、後に[[JUDA]]と手を組んだことでラインバレルが味方になり、その必要はなくなった。
彼らの真の目的は「こちら側の世界」の人間を統一意志セントラルへ対抗できるよう鍛え上げるための「仮想敵」になることであり、そして加藤機関はセントラルに対しての「敵」である(その立ち位置は宇宙からの侵略者に対抗する為に[[ビアン・ゾルダーク|ビアン総帥]]が創設し、世界の「仮想敵」となった[[ディバイン・クルセイダーズ]]に類似している)。「向こう側の世界」からの侵略用兵器であるマキナの完全破壊を目的の一つとしており、そのために必要な力である「マキナ殺し」[[ラインバレル]]を求めていた。だが、後に[[JUDA]]と手を組んだことでラインバレルが味方になり、その必要はなくなった。
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+テルミノ・クレメンティア遂行中に旗艦シャングリラが撃沈、久嵩も戦死しており、作戦終了後に組織としては解散。残る構成員たちは久嵩最後の命令である「理想の未来を想像し、それを必ず実現せよ」に従い、独自の道を歩み出すことになった。
===原作漫画版===
===原作漫画版===
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:長らくの敵対後、地上ルート第31話の決戦後に共同戦線を結び、その際に森次、沢渡、ユリアンヌ、そして五飛が自軍に入る。
:長らくの敵対後、地上ルート第31話の決戦後に共同戦線を結び、その際に森次、沢渡、ユリアンヌ、そして五飛が自軍に入る。
:……なお、本作においては「月刊男の裏社会」なる雑誌で'''特集が組まれていた'''らしい。
:……なお、本作においては「月刊男の裏社会」なる雑誌で'''特集が組まれていた'''らしい。
−:エンディングで構成員には法的手続きが行われ、本来は極刑だったが本来の目的や
+:エンディングで構成員には法的手続きが行われ、本来は極刑だったが本来の目的やセントラルからの離反後の貢献などから、[[プリベンター]]の監視下（事実上プリベンターへの編入）という前提で超法規的な恩赦が出された。
−;[[スーパーロボット大戦UX]]
;[[スーパーロボット大戦UX]]
:本作でも長期に渡り敵対するが、第45話で沢渡と真田以外のメンバーが全員自軍に参加（レズナーはパイロットではなくシャングリラの砲手としてだが）。なお、敵対時は「ファクター」の仕様変更によりマサキ＆グラン・ネイドルが非常に面倒。
:本作でも長期に渡り敵対するが、第45話で沢渡と真田以外のメンバーが全員自軍に参加（レズナーはパイロットではなくシャングリラの砲手としてだが）。なお、敵対時は「ファクター」の仕様変更によりマサキ＆グラン・ネイドルが非常に面倒。
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=== 正規メンバー ===
=== 正規メンバー ===
;[[加藤久嵩]]
;[[加藤久嵩]]
−:総司令にして創設者。先述した機関の真の目的は彼のみぞ知る。移動基地「[[シャングリラ]]」のファクター。
+:総司令にして創設者。先述した機関の真の目的は彼のみぞ知る。移動基地「[[シャングリラ]]」のファクター。前線に出る際はアルマ「ツクヨミ」を使用。
;[[菅原マサキ]]
;[[菅原マサキ]]
:一番隊隊長。アニメ版ではセントラルと機関の連絡役だが、後に敵対。[[グラン・ネイドル]]を駆る。
:一番隊隊長。アニメ版ではセントラルと機関の連絡役だが、後に敵対。[[グラン・ネイドル]]を駆る。
+;市川伴三郎（いちかわ ばんざぶろう）
+:初代二番隊隊長。原作漫画版で名前のみ登場。アルマ「アマテラス」を駆る。「マキナ狩り」の最中に戦死している。
;[[真田八十介]]（さなだ やそすけ）
;[[真田八十介]]（さなだ やそすけ）
−:原作漫画版での二番隊隊長。老齢だが現役。アニメ版未登場。
+:原作漫画版での二番隊隊長。老齢だが現役。アルマ「ツラナギ」を駆る。アニメ版未登場。
;[[中島宗美]]
;[[中島宗美]]
−:アニメ版での二番隊隊長。[[タリスマン]]を駆る。原作漫画版ではJUDA所属であり、ヒトマキナとの初戦後に特務室ごと加入。後に四番隊隊長となっている。
+:アニメ版での二番隊隊長。[[タリスマン]]を駆る。原作漫画版ではJUDA所属であり、ヒトマキナとの初戦後に特務室ごと加入。後に沢渡の後任として四番隊隊長となっている。
;[[デミトリー・マガロフ]]
;[[デミトリー・マガロフ]]
:三番隊隊長。[[カグツチ]]を駆る。
:三番隊隊長。[[カグツチ]]を駆る。
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:元一番隊隊長。
:元一番隊隊長。
;「[[推進派]]」達
;「[[推進派]]」達
−:原作漫画版における「加藤久嵩の切り札」。
+:原作漫画版における「加藤久嵩の切り札」。久嵩の恩師・天児のクローン達で、政治面から機関をバックアップする。
;[[加藤機関兵士]]
;[[加藤機関兵士]]
:各部隊（八番隊除く）に所属する一般兵達。アニメ版には直接は登場していない。
:各部隊（八番隊除く）に所属する一般兵達。アニメ版には直接は登場していない。
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;[[桐山英治]]
;[[桐山英治]]
:キリヤマ重工社長。ジャミング施設破壊作戦後に正式に加入。デミトリーの後任として三番隊隊長に就任。
:キリヤマ重工社長。ジャミング施設破壊作戦後に正式に加入。デミトリーの後任として三番隊隊長に就任。
+;[[道明寺誠]]
+:元特自隊員。陸の後任として八番隊隊長に就任。
;旧JUDA特務室
;旧JUDA特務室
−:メンバーは全員参加。浩一のみ、ジャミング施設破壊作戦で行方不明となっている。
+:メンバーは全員参加。浩一のみ、ジャミング施設破壊作戦で行方不明となっていた。イズナは3年後にディスィーブの一件で戦死（これに伴い乗機を失ったシズナも事実上戦線離脱）、美海も行方不明となっている。
;大場真来梓
;大場真来梓
:1999年12月31日から地上に派遣されていた少女型ヒトマキナ。本格侵攻に際して「正義の味方になって戦う」ことを決意。森次に一目惚れしたのがきっかけで、彼について加藤機関に加入している。
:1999年12月31日から地上に派遣されていた少女型ヒトマキナ。本格侵攻に際して「正義の味方になって戦う」ことを決意。森次に一目惚れしたのがきっかけで、彼について加藤機関に加入している。