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:TVアニメシリーズ第2作。2001年に放送。全26話。ゾイド同士によるバトルスポーツ「ゾイドバトル」を主軸とした作品で、シリーズの中で最も明るい陽性の作風が特徴。
:TVアニメシリーズ第2作。2001年に放送。全26話。ゾイド同士によるバトルスポーツ「ゾイドバトル」を主軸とした作品で、シリーズの中で最も明るい陽性の作風が特徴。
;ゾイドフューザーズ（SRW未参戦）
;ゾイドフューザーズ（SRW未参戦）
:TVアニメシリーズ第3作。2004年から2005年にかけて放送。全26話。『/ゼロ』同様ゾイドバトルを主軸とした作品だが、こちらは「父が追い求めた伝説のゾイド探し」「ゾイド同士の合体・Ziユニゾン」「秘密組織リヒタースケールの暗躍」などの重要な要素が増え、ストーリーも徐々にシリアス色が増していった。シリーズで唯一XEBECが関与していない。
:TVアニメシリーズ第3作。2004年から2005年にかけて放送。全26話。同作から放送局がテレビ東京系列となった。『/ゼロ』同様ゾイドバトルを主軸とした作品だが、こちらは「父が追い求めた伝説のゾイド探し」「ゾイド同士の合体・Ziユニゾン」「秘密組織リヒタースケールの暗躍」などの重要な要素が増え、ストーリーも徐々にシリアス色が増していった。シリーズで唯一XEBECが関与していない。
;[[機獣創世記ゾイドジェネシス|ゾイドジェネシス]]
;[[機獣創世記ゾイドジェネシス|ゾイドジェネシス]]
:TVアニメシリーズ第4作。2005年から2006年にかけて放送。全50話。
:TVアニメシリーズ第4作。2005年から2006年にかけて放送。全50話。
===漫画===
ギャグ作品やホビーとしてのゾイドを扱った作品は割愛。
;機獣新世紀ZOIDS
:上山道郎による漫画作品で、『月刊コロコロコミック』にて1999年から2001年まで連載。バンやフィーネなどアニメシリーズ第1作のメインキャラクターの多くは本作を初出としており、コミカライズでありながら原作でもあるという特殊な立ち位置にある作品となっている。掲載誌の方針転換によりストーリー半ばで打ち切られ、以降は上山氏の個人サイトにおいてタカラトミーの非公認ながら継続されている。
;ZOIDS惑星Zi
:塩崎雄二による漫画作品で前述の『機獣新世紀ZOIDS』と入れ替わる形で連載開始。世界観は一新され登場するゾイドも当時商品展開されていた「ブロックスゾイド」が中心となっている。
;ZOIDS妄想戦記
:トミー（現：タカラトミー）公式サイトにおいて掲載されていたWebコミック。バトルストーリーのサイドエピソードを扱った作品だが一分設定にバトルストーリーとの矛盾があるため「妄想」のタイトルの通りif作品であると言う見方もある。
===ジオラマシリーズ===
===ジオラマシリーズ===