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物語自体は、激化する戦争の結末や[[火星極冠遺跡]]の謎などを全ては描かないまま終了している。戦争の結末は、その後に公開された劇場版やゲームで補完されてゆく事になるが、その上で明かされなかった部分も多い。これは、ストーリーエディター・會川昇が「考えられる要素を全て入れて」執筆した第25、26話脚本初稿の分量が通常の1.5倍から2倍にまで膨れ上がってしまい、「ユリカとアキトの決着だけはつける」という佐藤竜雄監督の方針により謎の説明の大半がカットされたためである<ref>第25話、26話の脚本初稿は、「機動戦艦ナデシコ プレミアムボックス」の「シナリオ・絵コンテセレクション」に収録されている。</ref>。脚本家として参加した首藤剛志はWEBアニメスタイル内の自コラム「シナリオえーだば創作術」にて「僕がシリーズ構成なら、100話以上は続くナデシコという戦艦を主人公……つまり、舞台が主人公という意味の集団群衆ドラマにするしかない」「映画で続編が作られたにしても、26話で終わらせるにはもったいない企画だった」と放送当時を振り返っている<ref>[http://www.style.fm/as/05_column/shudo115.shtml 第115回 『機動戦艦ナデシコ』のなんでもかんでもぶち込め感]、WEBアニメスタイル、2007年9月12日。</ref><ref>[http://www.style.fm/as/05_column/shudo116.shtml 第116回 『機動戦艦ナデシコ』と『宇宙戦艦ヤマト』？]、WEBアニメスタイル、2007年9月19日。</ref>。
物語自体は、激化する戦争の結末や[[火星極冠遺跡]]の謎などを全ては描かないまま終了している。戦争の結末は、その後に公開された劇場版やゲームで補完されてゆく事になるが、その上で明かされなかった部分も多い。これは、ストーリーエディター・會川昇が「考えられる要素を全て入れて」執筆した第25、26話脚本初稿の分量が通常の1.5倍から2倍にまで膨れ上がってしまい、「ユリカとアキトの決着だけはつける」という佐藤竜雄監督の方針により謎の説明の大半がカットされたためである<ref>第25話、26話の脚本初稿は、「機動戦艦ナデシコ プレミアムボックス」の「シナリオ・絵コンテセレクション」に収録されている。</ref>。脚本家として参加した首藤剛志はWEBアニメスタイル内の自コラム「シナリオえーだば創作術」にて「僕がシリーズ構成なら、100話以上は続くナデシコという戦艦を主人公……つまり、舞台が主人公という意味の集団群衆ドラマにするしかない」「映画で続編が作られたにしても、26話で終わらせるにはもったいない企画だった」と放送当時を振り返っている<ref>[http://www.style.fm/as/05_column/shudo115.shtml 第115回 『機動戦艦ナデシコ』のなんでもかんでもぶち込め感]、WEBアニメスタイル、2007年9月12日。</ref><ref>[http://www.style.fm/as/05_column/shudo116.shtml 第116回 『機動戦艦ナデシコ』と『宇宙戦艦ヤマト』？]、WEBアニメスタイル、2007年9月19日。</ref>。
日本神話の神々から引用した固有名詞が数多くある。和室、正座が頻繁に登場したり漢字の多用など、SFとしては珍しい和風テイストの強い作品である。これは監督の作風である制作的背景のほか、ナデシコ自体が日本企業である[[ネルガル]]によって開発されている設定的背景がある。
作品の起点としては、「ある意味ベタな、普通にマニアックな作品」（同作品のプロデューサーである大月俊倫が、本作品の監督である佐藤竜雄にアドバイスした）となっており、放送時期が近く度々比較対象に挙げられた『[[新世紀エヴァンゲリオン]]』とは全く異なる方向性からスタートされている。
作品の起点としては、「ある意味ベタな、普通にマニアックな作品」（同作品のプロデューサーである大月俊倫が、本作品の監督である佐藤竜雄にアドバイスした）となっており、放送時期が近く度々比較対象に挙げられた『[[新世紀エヴァンゲリオン]]』とは全く異なる方向性からスタートされている。