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幼い頃に母親を亡くし、特務機関[[ネルフ]]の司令官である父・[[碇ゲンドウ]]とも10年以上離れて暮らしていた。だが、ある日突然父親に呼び出され、[[EVA初号機]]に乗り込み[[使徒]]と戦う事を強要される。

幼い頃に母親を亡くし、特務機関[[ネルフ]]の司令官である父・[[碇ゲンドウ]]とも10年以上離れて暮らしていた。だが、ある日突然父親に呼び出され、[[EVA初号機]]に乗り込み[[使徒]]と戦う事を強要される。

[[シンクロ率]]は初搭乗時から43%と高かったが、その後幾度もの戦闘をこなしていく中で、よりシンクロ率が向上していき、優れた働きを見せるようになる。しかし、ネルフ本部襲撃の際にシンクロ率は遂に400%を突破。一時的に初号機に取り込まれてしまう。その際に彼は、幼い時の記憶を徐々に取り戻していく事となり、また人類補完計画に必要な最重要ファクターの一つとして、その存在が重要視されていく事となる。

[[シンクロ率]]は初搭乗時から43%と高かったが、その後幾度もの戦闘をこなしていく中で更にシンクロ率が向上していき、より優れた働きを見せるようになる。しかし、ネルフ本部襲撃の際にシンクロ率は遂に400%を突破した事で、一時的に初号機に取り込まれ肉体はLCLとなり同化してしまう。その際に彼は、幼い時の記憶を徐々に取り戻していく事となり、また人類補完計画に必要な最重要ファクターの一つとして、その存在が重要視されていく事となる。

ゲンドウへは不信感を持つ一方で父親への思慕の感情も捨てきれず、母・ユイとは死別した事で、「家族」との愛情や距離感が全く掴めないまま生活している。加えて幼少期に父に捨てられたと思っているため、他人との接触を極端に嫌う内向的な性格だったが、[[葛城ミサト]]やクラスメイトの[[鈴原トウジ]]、[[相田ケンスケ]]、そして同じ[[EVA]]パイロットである[[綾波レイ]]、[[惣流・アスカ・ラングレー]]らと接するうちに、人間関係を構築し徐々に心を開くようになっていく。しかし、そんなシンジをまるで理解しようともしないかの様なゲンドウの行いが原因で、トウジやケンスケとの友情は[[EVA3号機|参号機事件]]を機に破綻、レイもまた「三人目」に代わった事で関係がリセットとなり、更にアスカまでもが[[加持リョウジ]]の死によって精神崩壊を引き起こしてしまい、再びシンジの心の中が孤独に包まれてしまう。ミサトとはシンジの事を気にかけながらも自身の目的に向けて動き始めた事で接する機会が減り、当然の事ならがゲンドウとの関係も完全に険悪になり、[[第14使徒ゼルエル]]の事件後は、彼とも一切会話をしなくなった。結果として彼は心理的のみならず日常においても完全に孤立した状態となった。

物語開始の時点で、幼少期に父ゲンドウに捨てられたと思っているため、彼には不信感を持つ一方で父親への思慕の感情も捨てきれず、母・[[碇ユイ]]とは物心がつく前に死別していた事で、「家族」との愛情や距離感が全く掴めないまま生活している。他人との接触を極端に嫌う内向的な性格だったが、[[葛城ミサト]]やクラスメイトの[[鈴原トウジ]]、[[相田ケンスケ]]、そして同じ[[EVA]]パイロットである[[綾波レイ]]、[[惣流・アスカ・ラングレー]]らと接するうちに、人間関係を構築し徐々に心を開くようになっていく。しかし、そんなシンジをまるで理解しようともしないと思えるゲンドウの行いが原因で、トウジやケンスケとの友情は[[EVA3号機|参号機事件]]を機に破綻、レイもまた「三人目」に代わった事で関係性がリセットされ、更にアスカまでもが[[加持リョウジ]]の死によって精神崩壊を引き起こしてしまった事で、築き上げた人間関係がほぼ全て消滅した事で再びシンジは精神面でも一人の人間として孤独となる。この時点でもミサトはシンジの事を気にかけてはいたが、ゼーレとゲンドウの動きを警戒し始めた事と自身の目的に向けて動き始めた事で接する機会が減る。ゲンドウとは参号機事件をきっかけに完全に険悪な関係となり、その後[[第14使徒ゼルエル]]のネルフ本部襲撃後は、彼とも一切会話をしなくなった。結果として彼は心理状態に加え、日常生活の個人としても完全に孤立した状態となった。

その後、自分と同年代の少年である[[渚カヲル]]と出会ったシンジは、彼と新たな友情を築きつつある。しかし、彼こそが最後の使徒･タブリスであり、セントラル・ドグマに向かって彼の乗っ取った[[EVA弐号機]]と壮絶な交戦を繰り広げた末、シンジは彼の望みをかなえる形で彼を手に掛けてしまった。カヲル殺害後、その精神は半ば破綻寸前にまで陥り、シンジはEVAに乗る事を完全に拒絶するのだった。これは、他の誰よりもシンジに対して好意を示し、気持ちを汲み取ってくれたカヲルが[[使徒]]だった事で使徒が本当に倒すべき敵なのか分からなくなった事、そして流されるままにエヴァへ搭乗していた事で、結局何もかも失ってしまった事から、「何も知らない自分は戦わない方がいい」という結論を導き出したためでもあった。

直後、自分と同年代の少年である[[渚カヲル]]と出会ったシンジは、彼と新たな友情を築きつつある。しかし、彼こそがゼーレが補完計画のために送り込んだ最後の使徒･タブリスであった。カヲルは搭乗者がいなくなった[[EVA弐号機]]を操り、アダムとの融合を果たす為にセントラル・ドグマに向かう。この際に彼が最後の使徒であると知らされたシンジは壮絶な交戦を繰り広げた末、シンジは彼の望みをかなえる形で彼を手に掛ける事となった。カヲル殺害後、その精神は半ば破綻寸前にまで陥り、シンジはEVAに乗る事を完全に拒絶するのだった。これは、他の誰よりもシンジに対して好意を示し、気持ちを汲み取ってくれたカヲルが[[使徒]]だった事で使徒が本当に倒すべき敵なのか分からなくなった事、そして流されるままにエヴァへ搭乗していた事で、結局何もかも失ってしまった事から、「何も知らない自分は戦わない方がいい」という結論を導き出したためでもあった。

そして旧劇場版では、[[EVA量産機]]によって無残に蹂躙されたアスカの弐号機を目の当たりにした結果、その崩壊した心は、[[ゼーレ]]に浸け込まれ補完計画遂行に利用される事になる。精神世界の対話と葛藤の末に、シンジはゲンドウやゼーレが目指していた『補完された世界』よりも、『傷つき傷つけられる現実世界』への回帰を望み、最終的にゼーレの計画は失敗。綾波レイと融合した[[第1使徒アダム]]と[[第2使徒リリス]]は自己崩壊を引き起こし、レイとカヲルの魂、そしてEVA初号機のコアに宿っていた母・[[碇ユイ]]の魂と別れを告げたシンジは、同じく補完の拒絶をしたアスカと共に、LCLの海から復元され、現実世界に帰還するのだった。

そして旧劇場版では完全な鬱・無気力状態となり、ネルフが戦略自衛隊の強襲を受け制圧されていく中も座して死を待つのみとなってたが、ミサトにより救出され、セカンドインパクトの真実や補完計画とサードインパクトの狙い、シトとヒトの正体について聞かされる。ミサトが自らの死と引き換えにシンジを初号機に導き、初号機自身も自ら動きシンジを自身に搭乗する様促す。そうして最後の出撃をしたシンジは直後に、[[EVA量産機]]によって無残に蹂躙されたアスカの弐号機を目撃、その自我は遂に崩壊し[[ゼーレ]]の計画通り、補完計画完遂の最後のピースとして利用される事になる。精神世界での自身（自己から見た他者の姿を取った自己）との対話と葛藤の末に、シンジはゲンドウやゼーレが目指していた『補完された世界』よりも、『傷つき傷つけられる現実世界』への回帰を望み、最終的にゼーレの計画は失敗。綾波レイと融合した[[第1使徒アダム]]と[[第2使徒リリス]]は自己崩壊を引き起こし、レイとカヲルの魂、そしてEVA初号機のコアに宿っていた母・碇ユイの魂と別れを告げたシンジは、同じく補完の拒絶をしたアスカと共にLCLの海から復元され、現実世界に帰還するのだった。

=== 新劇場版 ===

=== 新劇場版 ===