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*全47話（ノーマルルート、プロローグ除く）
**ビギナーズモードの場合、強制に地上ルートになり、「父と子、そして宿命」が第1話としてスタートする（全46話）。
*下記の話数は、ノーマルルート準拠（ビギナーズモードの場合、それぞれ1話減算）。
{| class="wikitable"
|-
! 話数 !! 共通ルート
|-
| 第0話 || プロローグ
|}
↓
{| class="wikitable"
|-
! 話数/選択分岐 !! 地上ルート !! 宇宙ルート
|-
| 第1話 || ソウルセイバー対コンパチカイザー || ホワイト・リンクス
|-
| 第2話 || 父と子、そして宿命 || 厭客再来
|-
| 第3話 || 泥人形の罠 || 災い、彼の地より
|-
| 第4話 || それぞれの理由 || 甦る亡霊
|-
| 第5話 || 水晶の竜 || 眠れる敵
|-
| 第6話 || ガンナー・ガード || ギントの目算
|-
| 第7話 || 極上の獲物 || 護剣の欠片
|-
| 第8話 || 光るグランティード || 転移航路
|-
| 第9話 || 共鳴 || ガディソード
|}
↓
{| class="wikitable"
|-
! 話数 !! 共通ルート
|-
| 第10話 || ラースエイレム
|-
| 第11話 || 惨劇の夜（前篇）
|-
| 第12話 || 惨劇の夜（後篇）
|-
| 第13話 || 鋼龍戦隊、西へ
|-
| 第14話 || 奸悪なる道化
|-
| 第15話 || 台北突入
|-
| 第16話 || 忘れたはずの呼び名
|-
| 第17話 || 鉤と剣
|-
| 第18話 || 髑髏の騎士
|-
| 第19話 || ランナウェイ・ゴースト
|-
| 第20話 || セレンディピティ
|-
| 第21話 || ギリアムの一手
|-
| 第22話 || パフォーマーズ
|}
↓
{| class="wikitable"
|-
! 話数/選択分岐 !! パリへ向かう !! カラチへ向かう
|-
| 第23話 || 仮面の潜伏者 || トゥー・デコイズ
|-
| 第24話 || 共同戦線 || カラチ解放
|-
| 第25話 || オペレーション・トリオンフ || アル＝ヴァンの真意
|}
↓
{| class="wikitable"
|-
! 話数 !! 共通ルート
|-
| 第26話 || ジュア＝ム激進
|-
| 第27話 || バイト・ザ・トラップ
|-
| 第28話 || 魂の剣、超越せし者
|-
| 第29話 || 希望の行方
|}
↓
{| class="wikitable"
|-
! 話数/選択分岐 !! バラルの園跡地へ向かう !! 月へ向かう
|-
| 第30話 || 砂上の結界 || 空間の支配者
|-
| 第31話 || 負念の金字塔（前篇） || ヴォートとフェアリ
|-
| 第32話 || 負念の金字塔（後篇） || 皇家の真剣
|-
| 第33話 || 草燃ゆる || コンフューズ・ジ・エネミー
|}
↓
{| class="wikitable"
|-
! 話数 !! 共通ルート
|-
| 第34話 || 虚ろな魂
|-
| 第35話 || シャナ＝ミアの言葉
|-
| 第36話 || 引き付け合う者達
|-
| 第37話 || 静死からの帰還
|-
| 第38話 || 7分間の撤退戦
|-
| 第39話 || 捧げられた負念体
|-
| 第40話 || 死線上のハガネ
|-
| 第41話 || 血の旋風
|-
| 第42話 || 白光のゲートキーパー
|-
| 第43話 || 剣、交わる時
|-
| 第44話 || 冷たい世界（前篇）
|-
| 第45話 || 冷たい世界（後篇）
|-
| 第46話 || 魔城、現る
|-
| 最終話 || 二柱の闘神
|}
**ビギナーズモードの場合、強制に地上ルートになり、「父と子、そして宿命」が第1話としてスタートする（全46話）。
*下記の話数は、ノーマルルート準拠（ビギナーズモードの場合、それぞれ1話減算）。
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! 話数 !! 共通ルート
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| 第0話 || プロローグ
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↓
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! 話数/選択分岐 !! 地上ルート !! 宇宙ルート
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| 第1話 || ソウルセイバー対コンパチカイザー || ホワイト・リンクス
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| 第2話 || 父と子、そして宿命 || 厭客再来
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| 第3話 || 泥人形の罠 || 災い、彼の地より
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| 第4話 || それぞれの理由 || 甦る亡霊
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| 第5話 || 水晶の竜 || 眠れる敵
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| 第6話 || ガンナー・ガード || ギントの目算
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| 第7話 || 極上の獲物 || 護剣の欠片
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| 第8話 || 光るグランティード || 転移航路
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| 第9話 || 共鳴 || ガディソード
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! 話数 !! 共通ルート
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| 第10話 || ラースエイレム
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| 第11話 || 惨劇の夜（前篇）
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| 第12話 || 惨劇の夜（後篇）
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| 第13話 || 鋼龍戦隊、西へ
|-
| 第14話 || 奸悪なる道化
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| 第15話 || 台北突入
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| 第16話 || 忘れたはずの呼び名
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| 第17話 || 鉤と剣
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| 第18話 || 髑髏の騎士
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| 第19話 || ランナウェイ・ゴースト
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| 第20話 || セレンディピティ
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| 第21話 || ギリアムの一手
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| 第22話 || パフォーマーズ
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! 話数/選択分岐 !! パリへ向かう !! カラチへ向かう
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| 第23話 || 仮面の潜伏者 || トゥー・デコイズ
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| 第24話 || 共同戦線 || カラチ解放
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| 第25話 || オペレーション・トリオンフ || アル＝ヴァンの真意
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↓
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! 話数 !! 共通ルート
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| 第26話 || ジュア＝ム激進
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| 第27話 || バイト・ザ・トラップ
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| 第28話 || 魂の剣、超越せし者
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| 第29話 || 希望の行方
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↓
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! 話数/選択分岐 !! バラルの園跡地へ向かう !! 月へ向かう
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| 第30話 || 砂上の結界 || 空間の支配者
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| 第31話 || 負念の金字塔（前篇） || ヴォートとフェアリ
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| 第32話 || 負念の金字塔（後篇） || 皇家の真剣
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| 第33話 || 草燃ゆる || コンフューズ・ジ・エネミー
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↓
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! 話数 !! 共通ルート
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| 第34話 || 虚ろな魂
|-
| 第35話 || シャナ＝ミアの言葉
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| 第36話 || 引き付け合う者達
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| 第37話 || 静死からの帰還
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| 第38話 || 7分間の撤退戦
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| 第39話 || 捧げられた負念体
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| 第40話 || 死線上のハガネ
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| 第41話 || 血の旋風
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| 第42話 || 白光のゲートキーパー
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| 第43話 || 剣、交わる時
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| 第44話 || 冷たい世界（前篇）
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| 第45話 || 冷たい世界（後篇）
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| 第46話 || 魔城、現る
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| 最終話 || 二柱の闘神
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