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→ヒトマキナの「計画」
この世界構築の直前、マキナ達は人類再生の準備として、絶滅後の早期から可能な限りの遺体を回収、使用できる細胞を掛け合わせて人種・性別・年齢さまざまな人間をクローニングで「作成」。これは広義の意味でのファクターに該当する。この作業に使われた施設は、広大な空間に途轍もなく巨大な柱ユニットが無数立ち並び、そこに人間の体を作成するポッドが膨大な数取り付けられている、というもの。
この世界構築の直前、マキナ達は人類再生の準備として、絶滅後の早期から可能な限りの遺体を回収、使用できる細胞を掛け合わせて人種・性別・年齢さまざまな人間をクローニングで「作成」。これは広義の意味でのファクターに該当する。この作業に使われた施設は、広大な空間に途轍もなく巨大な柱ユニットが無数立ち並び、そこに人間の体を作成するポッドが膨大な数取り付けられている、というもの。
計画に先立ち、マキナ達は人類絶滅を回避するため、計画のブレインとなるシミュレーターマキナを完成させていた。このマキナはどうすれば人類の絶滅を回避できるか、それを確かめるべく紀元からあらゆるパターンを模索。結果、西暦1871年から「やり直す」のが最適だと判断。自らの内部に仮想世界を構築し、'''実際に自我・意志・記憶を持つ人間のデータを構築、1871年の段階でそのデータを、現実で作成されたファクターたちにインストールした'''。このため、新たな人類達は最初から意志や記憶を当たり前のように持ち、自らの知る歴史が現実に存在すると疑わなかった。
計画に先立ち、マキナ達は人類絶滅を回避するため、計画のブレインとなるシミュレーターマキナを完成させていた。このマキナはどうすれば人類の絶滅を回避できるか、それを確かめるべく紀元からあらゆるパターンを模索。結果、西暦1871年から「やり直す」のが最適だと判断。自らの内部に仮想世界を構築し、'''実際に自我・意志・記憶を持つ人間のデータを構築、1871年の段階でそのデータを、現実で作成されたファクターたちにインストールした'''。このため、新たな人類達は最初から意志や記憶を当たり前のように持ち、自らの知る歴史が現実に存在すると疑わなかった（いわゆる「'''世界5分前仮説'''」と同じ状況である）。
かくして人類滅亡回避の計画はスタートしたが、これは宇宙に脱出していたシャングリラと、そのファクターとなった加藤久嵩が地球に帰還したことで初期段階でいきなりつまずいた。クローン施設を見た久嵩は世界再生の事実に気づき、自らも人類の絶滅を回避しようと行動を開始。持ち出していた天児の細胞サンプルからクローンを作成した。これが「推進派」である。これを受けたマキナ達はイレギュラーたる久嵩＆シャングリラを加えた上でシミュレートを行ったが、その結果最悪の結末を見たシミュレーターマキナはヒトマキナと化してしまった。これが[[ジュダ]]である。
かくして人類滅亡回避の計画はスタートしたが、これは宇宙に脱出していたシャングリラと、そのファクターとなった加藤久嵩が地球に帰還したことで初期段階でいきなりつまずいた。クローン施設を見た久嵩は世界再生の事実に気づき、自らも人類の絶滅を回避しようと行動を開始。持ち出していた天児の細胞サンプルからクローンを作成した。これが「推進派」である。これを受けたマキナ達はイレギュラーたる久嵩＆シャングリラを加えた上でシミュレートを行ったが、その結果最悪の結末を見たシミュレーターマキナはヒトマキナと化してしまった。これが[[ジュダ]]である。
ヒトマキナとなったジュダは、新たな計画を立案。それは、久嵩を「人類の敵」とし、ヒトマキナ達が「正義の味方」となることだった。そのために、ジュダはまず、ヒトになれなかったマキナ達に自分達の情報を持たせ、ハグレマキナに見せかけて地球に投下。これに飛びついた久嵩は、入手した情報を元に行動を開始する。その後、ジュダは計画の仕上げのため自ら地球に降下。久嵩に接触し、マキナ達が「正義の味方」として降臨すべき状況を作り出そうとした。
ヒトマキナとなったジュダは、新たな計画を立案。それは、久嵩を「人類の敵」とし、ヒトマキナ達が「正義の味方」となることだった。そのために、ジュダはまず、ヒトになれなかったマキナ達に自分達の情報を持たせ、ハグレマキナに見せかけて地球に投下。これに飛びついた久嵩は、入手した情報を元に行動を開始する。その後、ジュダは計画の仕上げのため自ら地球に降下。久嵩に接触し、マキナ達が「正義の味方」として降臨すべき状況を作り出そうとした。
しかし、ここで最大のハプニングが発生する。地球降下後、ジュダはヒトマキナ一派を裏切り、石神というファクター得て、彼に協力することで真の人類絶滅を回避する計画をスタートさせたのである。ジュダがヒトマキナ達に語った未来は、「投下したマキナ全てにファクターが生まれた時、人類は死と暴力に支配される」……つまり、マキナを手にした人間達がその力で戦争を始め、世界が滅亡するというものであり、ヒトマキナ達はそれに対する抑止力となるつもりだったのである。これをジュダから知らされた石神は、ヒトマキナに自分が私欲のために行動していると見えるよう立ち回り、「マキナ同士による戦争」の構図を作り出すためギリギリまで加藤機関との戦いを続け、それを止めるべく降臨したヒトマキナを加藤たちと協力して迎撃。その結果、彼は「正義の味方」として現れるはずだったヒトマキナを、その瞬間「人類の敵」へと変えてしまったのである。このため、ヒトマキナ達は自らが人類の敵となることを選択、攻撃を開始した（真来梓が知らなかったのはこのため）。
そして、ニューヨーク解放戦において、マキナを擁する加藤機関とヒトマキナとの戦いを、割って入った浩一とラインバレルが止めたことで、図らずもヒトマキナ達の目的である「人類と人類の敵の戦いを、降臨した正義の味方が止める」が実行された形になり、一部のヒトマキナは「ジュダの目的は究極的には我々と同じであり、ならば我々にとって望まぬものであろうともその計画に従うべき」と確信。その代表たるリンカーンは浩一にデウスの破壊を託した。
そして、ニューヨーク解放戦において、マキナを擁する加藤機関とヒトマキナとの戦いを、割って入った浩一とラインバレルが止めたことで、図らずもヒトマキナ達の目的である「人類と人類の敵の戦いを、降臨した正義の味方が止める」が実行された形になり、一部のヒトマキナは「ジュダの目的は究極的には我々と同じであり、ならば我々にとって望まぬものであろうともその計画に従うべき」と確信。その代表たるリンカーンは浩一にデウスの破壊を託した。