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映画版は批判的意見も多かったこの二話に対して「もう一つの最終話」として製作されたものであったが、製作の遅れから二部に分けての公開となり、前者は1話～24話の再編集と25話（Air）冒頭のみ、後者において新たなる最終話としての25話・26話（まごころを、君に）が公開されることとなった。
映画版は批判的意見も多かったこの二話に対して「もう一つの最終話」として製作されたものであったが、製作の遅れから二部に分けての公開となり、前者は1話～24話の再編集と25話（Air）冒頭のみ、後者において新たなる最終話としての25話・26話（まごころを、君に）が公開されることとなった。
25話・26話の基本プロットはTV版と同じものから起こされ、ほぼ同じものを示した内容を描き方を大きく変えたものとなっている。しかし、登場キャラクターの殆どが死亡するという壮絶過ぎる展開で、殆ど救われない結末ながらも、現在でも多くのエヴァファンから高評価されている作品であるのも確かで、ファンの多くからは「劇場版の本作こそがエヴァンゲリオンの真の完結編に相応しい」と支持されている。上映当時放送されたラジオ『オールナイトニッポン』特別版において「この結末に満足しているか？」というアンケート集計を行い、リスナーからは実に一万票以上ものアンケート投票が寄せられている。結果は98%以上が肯定という極めて高いものであった。
『Air/まごころを、君に』は、興行成績24.7億円（当時は「配給収入」表記で14.5億円）で、SRWに参戦しているロボットアニメ劇場用作品において史上最高記録をマークしていたが、それを大きく上回る『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』の参戦に伴い取って代わられる事となった。
『Air/まごころを、君に』は、興行成績24.7億円（当時は「配給収入」表記で14.5億円）で、SRWに参戦しているロボットアニメ劇場用作品において史上最高記録をマークしていたが、それを大きく上回る『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』の参戦に伴い取って代わられる事となった。
*TV版のビデオソフトにはTV版の第弐拾伍話・最終話と劇場版25話・26話（本作）を併録しているものがあるが、そのバージョンではラストの「終劇」が「完」になっているなど、劇場公開されたものとの差異がある。
*TV版のビデオソフトにはTV版の第弐拾伍話・最終話と劇場版25話・26話（本作）を併録しているものがあるが、そのバージョンではラストの「終劇」が「完」になっているなど、劇場公開されたものとの差異がある。
*『DEATH & REBIRTH シト新生』公開時、一部の劇場で上映前に『[[スーパーロボット大戦F]]』のCMスポットが流されている。
*『DEATH & REBIRTH シト新生』公開時、一部の劇場で上映前に『[[スーパーロボット大戦F]]』のCMスポットが流されている。
**『スーパーロボット大戦F』に[[EVA量産機]]が登場しない理由として、[[スタッフ:寺田貴信|寺田貴信]]Pからテレビ版とは版権が分かれていることが語られている<ref>『スーパーロボット大戦Fを一生楽しむ本』82頁。</ref>。
**『スーパーロボット大戦F』に[[EVA量産機]]が登場しない理由として、[[スタッフ:寺田貴信|寺田貴信]]Pからテレビ版とは版権が分かれていることが語られている<ref>ケイブンシャ『セガサターン必勝法スペシャル スーパーロボット大戦Fを一生楽しむ本』82頁。</ref>。
*NINTENDO64版『新世紀エヴァンゲリオン』では、難易度を難しくした際にこの劇場版を再現したシナリオが最終シナリオとして出現するが、量産機再起動から劇場版と異なる展開で9体のEVAシリーズをロンギヌスの槍を持った初号機が殲滅していくものとなっており、スタッフロール後のラストも劇場版とシチュエーションは同じだがシンジとアスカの行動の描写が異なる。いわゆる「気持ち悪い」ではなくラストカットは二人の手がアップになり手を取り合うカットで幕をおろす。
*NINTENDO64版『新世紀エヴァンゲリオン』では、難易度を難しくした際にこの劇場版を再現したシナリオが最終シナリオとして出現するが、量産機再起動から劇場版と異なる展開で9体のEVAシリーズをロンギヌスの槍を持った初号機が殲滅していくものとなっており、スタッフロール後のラストも劇場版とシチュエーションは同じだがシンジとアスカの行動の描写が異なる。いわゆる「気持ち悪い」ではなくラストカットは二人の手がアップになり手を取り合うカットで幕をおろす。
*[[小説|小説作品]]『[[エヴァンゲリオン ANIMA]]』には本作の場面が登場するが、ヨリシロにされたのは[[EVA初号機|初号機]]ではなく[[EVA弐号機|弐号機]]になっており、祭儀に割って入った[[EVA初号機 (F型装備)]]に量産型が軒並み撃退されることで[[人類補完計画]]が防がれた形になっている。
*[[小説|小説作品]]『[[エヴァンゲリオン ANIMA]]』には本作の場面が登場するが、ヨリシロにされたのは[[EVA初号機|初号機]]ではなく[[EVA弐号機|弐号機]]になっており、祭儀に割って入った[[EVA初号機 (F型装備)]]に量産型が軒並み撃退されることで[[人類補完計画]]が防がれた形になっている。