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パイロットの脊髄に[[ナノマシン]]を注入し、「ピアス」と呼ばれる[[インプラント]]機器を外科手術によって埋め込み、操縦席側の端子と接続する事で機体とパイロットの神経を直結させる、いわゆるブレイン・マシン・インタフェースの一種である。これによりパイロットの脳に空間認識を司る器官が疑似的に形成され、機体を自身の身体の一部のように操る事を可能とした、文字通りの「人機一体」を実現するための技術である。
 
パイロットの脊髄に[[ナノマシン]]を注入し、「ピアス」と呼ばれる[[インプラント]]機器を外科手術によって埋め込み、操縦席側の端子と接続する事で機体とパイロットの神経を直結させる、いわゆるブレイン・マシン・インタフェースの一種である。これによりパイロットの脳に空間認識を司る器官が疑似的に形成され、機体を自身の身体の一部のように操る事を可能とした、文字通りの「人機一体」を実現するための技術である。
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このため、操縦技術の修得・訓練の必要が無いばかりか、最低限の識字しか出来ない未教育の孤児でも[[モビルスーツ]]の操縦が可能になる。また、通常の操縦とは異なる有機的な挙動となるため、熟練パイロットは動きを見ただけで阿頼耶識システムの有無が判別できる。なお基本的にMSやMWで用いられる物は従来既存のスティック・ペダルやコクピットモニターなども併用し、思考コントロールはあくまでそれ等のみでは間に合わない内容の補佐を行う物である。
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このため、操縦技術の修得・訓練の必要が無いばかりか、最低限の識字しか出来ない未教育の孤児でも[[モビルスーツ]]の操縦が可能になる。また、通常の操縦とは異なる有機的な挙動となるため、熟練パイロットは動きを見ただけで阿頼耶識システムの有無が判別できるという。なお基本的にMSやMWで用いられる物は従来既存のスティック・ペダルやコクピットモニターなども併用し、思考コントロールはあくまでそれ等のみでは間に合わない内容の補佐を行う物である。
    
一方で「身体に手術でインプラントを埋め込む」という性質上、背中に突起が出来るため仰向けになって寝る事が出来ない等、生活面に支障が生じる。また運用における脳に対する負荷も大きく、モビルスーツや[[母艦]]の操作においては扱う情報量の多さから脳への負荷で鼻血が出る描写も散見されていた<ref>このため、鉄華団のモビルスーツには脳への負荷を軽減させる目的でリミッターが設けられている。</ref>。さらに脊髄にナノマシンを定着させる必要があるため、「手術を受けられるのは成長期である10代の途中まで」とされている。埋め込んだピアスの数によって交信する情報量が増えるため、施術を繰り返す事でより高い効果を得る事も可能<ref>三日月の付けている3本のピアスで厄祭戦時代の正規品の性能と同等という設定である。</ref>だが、基本的には[[鉄華団]]の団員でも1本しか付けておらず、3本付けているのは三日月、2本付けているのは昭弘だけである。
 
一方で「身体に手術でインプラントを埋め込む」という性質上、背中に突起が出来るため仰向けになって寝る事が出来ない等、生活面に支障が生じる。また運用における脳に対する負荷も大きく、モビルスーツや[[母艦]]の操作においては扱う情報量の多さから脳への負荷で鼻血が出る描写も散見されていた<ref>このため、鉄華団のモビルスーツには脳への負荷を軽減させる目的でリミッターが設けられている。</ref>。さらに脊髄にナノマシンを定着させる必要があるため、「手術を受けられるのは成長期である10代の途中まで」とされている。埋め込んだピアスの数によって交信する情報量が増えるため、施術を繰り返す事でより高い効果を得る事も可能<ref>三日月の付けている3本のピアスで厄祭戦時代の正規品の性能と同等という設定である。</ref>だが、基本的には[[鉄華団]]の団員でも1本しか付けておらず、3本付けているのは三日月、2本付けているのは昭弘だけである。
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劇中時系列となるP.D.323年時点では、非人道的なシステムとして[[ギャラルホルン]]によって使用が禁止されており、既にレガシーデバイスとして扱われているが、[[火星]]など地球圏外では、ヒューマン・デブリや少年兵などに対して漏洩した技術を用いた不完全な施術が横行している。不十分な設備や[[医療・病障害|医療]]知識の無い者の施術行為など劣悪な施術環境も相まって、'''阿頼耶識システムの手術に失敗して半身不随となる者や施術時点での死亡者も少なくない。半身不随などに陥った「欠陥品」の子供達は、元居たスラムに戻されるなどで放置され早期死亡するケースがほとんど'''。
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劇中時系列となるP.D.323年時点では、非人道的なシステムとして[[ギャラルホルン]]によって使用が禁止されており既にレガシーデバイスとして扱われているが、[[火星]]など地球圏外では、ヒューマン・デブリや少年兵などに対して漏洩した技術を用いた不完全な施術が横行している。不十分な設備や劣悪な施術環境も相まって、阿頼耶識システムの手術に失敗して半身不随となる者や施術時点での死亡者も少なくなく、施術に失敗し後遺症を負った「欠陥品」の子供達は、そのまま捨て置かれ死亡するケースがほとんどである。また、阿頼耶識に対する世間的な嫌悪感から処置を受けた者はピアスをヒゲに見立て「'''ヒゲ付きの宇宙ネズミ'''<ref>あるいは単に「宇宙ネズミ」とも。</ref>」と呼ばれている。
また、阿頼耶識に対する世間的な嫌悪感から手術を受けた者はピアスをヒゲに見立て「'''ヒゲ付きの宇宙ネズミ'''(「宇宙ネズミ」と略される事も)」と呼ばれている。
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機体の側も基本的には厄祭戦時開発フレーム機のほとんどが対応しているが、大半は普通の人が扱う為に阿頼耶識システム用コネクタの有るシート部のみを普通の物に交換し通常型のスティック・ペダルのみのコクピットにされている場合が多い。
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機体の側も基本的には厄祭戦時開発フレーム機のほとんどが対応しているが、大半は一般パイロットが扱う為に阿頼耶識システム用コネクタの有るシート部のみを汎用品に交換し通常型のスティック・ペダルのみのコクピットにされている場合が多い。戦後開発の「グレイズ・フレーム」や「テイワズ・フレーム」などではフレーム自体が対応していない為、無理矢理組み込む事は可能ではあるが、対応フレーム機種に比べ情報交換や操縦精度には劣る。
戦後開発の「グレイズ・フレーム」や「テイワズ・フレーム」などではフレーム自体が対応していない為、無理矢理組み込む事は可能ではあるが、対応フレーム機種に比べ情報交換や操縦精度には劣る。
      
== SRWでの扱い ==
 
== SRWでの扱い ==