本編開始時、下記の条件を満たしていると、ボーナスを修得した状態で開始できる。
| 条件 |
ボーナス
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| 資金 |
BS |
PP |
強化パーツ
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| Z本編で男主人公ルートクリア済 |
2,000,000 |
2,000 |
1,000 |
ハイパージャマー
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| Z本編で女主人公ルートクリア済 |
2,000,000 |
2,000 |
1,000 |
バリア・フィールド
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| アナザーサイド レコード クリア済 |
4,000,000 |
1,500 |
1,000 |
勇者の印
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| バックストーリー メモリー クリア済 |
4,000,000 |
1,500 |
1,000 |
ハロ
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| グローリー・スター レポート クリア済 |
4,000,000 |
1,500 |
1,000 |
S-アダプター
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| ビーター・サービス 業務日誌 クリア済 |
4,000,000 |
1,500 |
1,000 |
堕天翅の翅
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| シークレット エピローグ クリア済 |
70,000,000 |
10,000 |
6,000 |
鋼の魂
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アナザーサイド レコード
本編22話－25話辺りにおける、敵軍側のエース混成部隊・013特命部隊の戦いを描いたサイドストーリー。
| 第1話 |
発令
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| 第2話 |
接触
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| 第3話 |
迷走
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| 第4話 |
意味
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| 第5話 |
黒の意志
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バックストーリー メモリー
本編59話－60話間における、UNステーションにおけるZEUTHメンバーの語らい。
| 第1話 |
少年よ、大志を抱け
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| 第2話 |
キープ・オン・ムービン
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| 第3話 |
この世界の真ん中で
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グローリー・スター レポート
本編32話辺り（セツコ編）におけるサイドストーリー。
| 第1話 |
熱闘！戦士の休息
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| 第2話 |
テラルの決意
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| 第3話 |
暴かれた墓所
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| 第4話 |
涙拭う翼
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ビーター・サービス 業務日誌
本編39話辺り（ランド編）におけるサイドストーリー。
| 第1話 |
食べたくて合体
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| 第2話 |
奮闘！アデット先生
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| 第3話 |
at the risk of bride
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| 第4話 |
この想いを君に
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シークレット エピローグ
本編終了後の後日譚。エグゼクターシステムとそのマスターコアであるXAN-斬-を中心に展開される物語。
↓
| 主人公分岐 |
セツコ（女主人公） |
ランド（男主人公）
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| 第1話 |
眠れる脅威 |
忍び寄る闇
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↓
| 第2話 |
執行者
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| 最終話 |
黒い歴史を越えて
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チャレンジバトル
| MISSION |
概要・条件
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| MISSION1 |
メールシュトローム作戦において切り込み隊を務めるアーガマ隊。
4ターン以内にガザC100機以上撃墜せよ。
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| MISSION2 |
早乙女研究所前での戦い。
科学要塞島に一回の戦闘で30000以上のダメージを与えろ。
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| MISSION3 |
ヴォダラ宮前での防衛戦。
ヴォダラ宮を6ターン守れ、または敵を全滅せよ。
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| MISSION4 |
カーゴ一家による山賊討伐。
28体の敵から資金350000を獲得せよ。
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| MISSION5 |
ヤーパンの天井に迫るシベ鉄部隊の撃破。
部隊リーダーのヤッサバ、カシマル、アスハムを撃破せよ。
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| MISSION6 |
組織を超えて南極に集結した敵部隊。
9ターン以内にギンガナム、ティンプ、スティング、ヤザン、ガガーン、
アレックス、キッズ・ムントを含む全敵を撃破せよ。
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| MISSION |
概要・条件
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| MISSION1 |
メサイア攻防戦の切り込み隊を務めるキラ達。
4ターン以内に敵機を150機以上撃墜せよ。
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| MISSION2 |
対バンドック戦。
HP50000のバンドックを一回の戦闘で撃破せよ。
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| MISSION3 |
チラムに襲われるエマーン隊商の防衛戦。
エマーン艦3隻を守りつつ、敵を全滅させよ。
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| MISSION4 |
暴走モビルスーツ群を仕留めて資金調達を目指すフリーデン隊。
フロスト兄弟の妨害をかわしつつ、20機の敵から資金450000を獲得せよ。
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| MISSION5 |
主力パイロットは食中毒にかかり、戦えるのは普段2軍のメンバーのみ。
8ターン以内にホーラ、ヒドラー、シロッコ、カシマル、シンシア、
アネモネ、アランを含む全敵を撃破せよ。
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| MISSION6 |
戦闘惑星ゴーマ近辺に集結した異星人部隊と堕天翅軍団。
9ターン以内にゴーマ、ヒューギ、ガガーン、ガットラー、ブッチャー、
ベガ大王、ガンダル、頭翅、音翅、両翅、
アフロディア、ネグロス、風見、ダルトン、メサを含む全敵を撃破せよ。
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| MISSION |
概要・条件
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| MISSION1 |
シベリアに集結したゼラバイアの大部隊。
3ターン以内にゼラバイア100体を全滅せよ。
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| MISSION2 |
悪魔の兵器・人工太陽が再び投入された。
5ターン以内に人工太陽（HP200000）を撃破せよ。
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| MISSION3 |
オレンジの投下により抗体コーラリアンが出現。
5ターンの間市街地への防衛線を死守せよ。
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| MISSION4 |
山賊討伐を行うことになったZEUTH。
連邦軍に先んじて敵を撃破し、54体の敵から資金800,000を獲得せよ。
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| MISSION5 |
敵陣の最深部へ少数精鋭を送り込み、各組織の指導者を討つ作戦を実行。
5ターン以内に少数精鋭でギンガナム、シロッコ、ハマーン、フロスト兄弟を撃破せよ。
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| MISSION6 |
ジ・エーデルを中心に、生命の樹近辺に集結した各組織のエース達。
全戦力を投入し、12ターン以内に敵を全滅せよ。
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