ファフナー（Fafner）
『蒼穹のファフナー』に登場する機動兵器でフェストゥムの読心能力を防ぎつつ戦うことのできる唯一の武器。一騎達の乗る竜宮島製のノートゥングモデル、人類軍のメガセリオンモデルとベイバロンモデル、量産型のグノーシスモデル、研究試作型のエーギルモデル、プロトタイプのティターンモデル、最新型のザルヴァートルモデルの7種類が存在する。ティターンモデルは前日談である『蒼穹のファフナー RIGHT OF LEFT』にのみ登場する為、現時点ではSRW未登場。
名称は北欧神話に出てくる竜「ファフニール」から由来している。
アルヴィス製ファフナー
ノートゥングモデル
遺伝子操作を施され、「シナジェティック・コード」を形成できる子供達しか操縦することができない。フェストゥムの核が組み込まれており、パイロットは乗るたびに同化現象が進む。パイロットと感覚を共有しており、操縦のためには「自分がファフナーになる」という意識が必要なほか、痛みなどがフィードバックされる。クロッシングによりジークフリードシステムのバックアップを受けられる。シナジェティック・コードの影響で搭乗者に一時的な性格変化が現れる。
- マークアイン（Mk.I）
- 汎用格闘型。日野道生の専用機。
- マークドライ（Mk.III）
- 汎用格闘型。要咲良の専用機だったが、後にカノン・メンフィスが搭乗する。
- マークフィアー（Mk.IV）
- 中距離支援型。春日井甲洋の専用機。
- マークフュンフ（Mk.V）
- 防御特化型。小楯衛の専用機。
- マークゼクス（Mk.VI）
- 空戦型。羽佐間翔子の専用機。
- マークジーベン（Mk.VII）
- 空戦型。遠見真矢の専用機。
- マークアハト（Mk.VIII）
- 中距離支援型。近藤剣司の専用機。
- マークエルフ（Mk.XI）
- 汎用格闘型。真壁一騎の専用機。
※SRW未登場の機体
後日譚にあたる劇場版『蒼穹のファフナー HEAVEN AND EARTH』』（SRW未登場）に登場（ツヴァイ除く）。
- マークツヴァイ（Mk.II）
- 接近戦仕様。出撃前にパイロットを失いマークエルフの修復パーツとなった。
- マークノイン（Mk.IX）
- 西尾里奈の専用機。マークアハトの同型機で、火炎放射器を装備する。
- マークツェーン（Mk.X）
- 里奈の双子の弟・西尾暉の専用機。マークアハトの同型機で、ドラゴントゥースを装備。
- マークツヴォルフ（Mk.XII）
- 立上芹の専用機で、マークドライの同型機。頭部に特殊装備「ショットガンホーン」を装備。
- マークドライツェン（Mk.XIII）
- カノン・メンフィスの専用機。カラーリングはベイバロンを想起させる。ルガーランスを使用。
ティターンモデル
ファフナーのプロトタイプ。「L計画」にて運用された。ノートゥングモデルにほぼ倍するサイズで機体色は紅色。
『蒼穹のファフナー RIGHT OF LEFT』（SRW未登場）の主役機。
技術的にまだ未成熟で、ジークフリード・システムは内蔵型となっており、武装も内蔵された機関砲とミサイル、短剣型のルガーランスのみと後に開発される装備と比較すると至って心許ない。
活動限界時間もノートゥングモデルよりはるかに短く、わずか15分。搭乗時にパイロットにかかる負担も大きい。
ノートゥングモデルが、乗る度に搭乗者に負担がかかり、フェストゥムとの戦闘において戦死者が出た「歩く死亡フラグ」なら、こちらは「L計画」に参加した少年少女及びその関係者が全滅した（作戦中、精神的に疲弊したパイロットの一人が、自棄になって壁に落書きした「どうせみんないなくなる」が現実のものとなった）「歩くバッドエンド」とでも形容するべき代物である。
名称はギリシア神話に出てくる巨人「ティターン族」からとってある。
エーギルモデル
最初に設計されたファフナーで別名「ゼロファフナー」。
起動実験で暴走事故を起こし、封印。以降アルヴィスの補助システムの一つに組み込まれている。体高100mという巨大な機体で、フェストゥム・コアのみならず核融合炉とジークフリード・システムのひな型を内蔵、そのために複座機となっている。搭乗は1回が限度とされる。かつて西尾姉弟の両親と行美が開発に携わり、起動実験の失敗によって姉弟の両親のみならず多くの人命を奪い、暉の失語症と行美の引退の原因となった、西尾家にとっては深い因縁がある機体。最終決戦に備えて遂にその封印が解かれ、乗機を失った西尾姉弟が搭乗することになる。
人類軍製のファフナー
- メガセリオン・モデル
- 重装型。
- ベイバロン・モデル
- 高機動型。
- グノーシス・モデル
- 汎用量産型。
サルヴァートルモデル
最新型ファフナー。戦闘力は高いがその分同化速度も速い。サルヴァートルとは救世主の意。
乙姫がいみじくも指摘したとおり、その本質は「人工フェストゥム」に他ならない。