隠し要素/第2次
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本作は味方ユニットの数が母艦を除いて最大10機の制限があるために、説得して味方にしてもすぐに離脱してしまうケースが非常に多い。
隠し要素
ゲッターQ＆早乙女ミチル
第2話「謀略の町」において、敵として登場するゲッターQを3EPまで撃墜せずにおくと、4PPでNPCとして自軍に参入。
エルメス＆ララァ
第3話「ダカールの制圧」において、アムロでララァを説得すると自軍に加入するが、第7話「決闘！！ラインX1」クリア後に離脱する。
メカ胡蝶鬼＆胡蝶鬼
第6話「敵要塞を破壊せよ！」において、メカ胡蝶鬼のHPが200以下の状態で竜馬で胡蝶鬼を説得すると自軍に加入するが、第8話「マ・クベの罠」クリア後に離脱する。
ミネルバX
第8話「マ・クベの罠」において、甲児でミネルバXを説得すると自軍に加入するが、第9話「復讐の風」クリア後に離脱する。
サイコガンダム＆フォウ
第10話「マリオネット・フォウ」において、カミーユでフォウを説得すると自軍に加入するが、第13話「シロッコの影」クリア後に離脱する。
キュベレイMk-II＆プル
- 第13話「シロッコの影」において、ジュドーでプルを説得する。
- 第17話「ソーラレイ発動」において、ジュドーでプルを2回説得すると、自軍に加入する。
クィン・マンサ
FC版：プルが自軍にいる状態で第24話「ギルギルガンの亡霊」をクリアすると、プルがキュベレイMk-IIからクィン・マンサに乗り換える。
CB版：第24話「ギルギルガンの亡霊」でプルが(36,16)の町に待機。クリア後入手。FC版と違いキュベレイMk-IIはなくならない。
サイコガンダムMk-II＆プルツー
- 第19話「月面の死闘」において、プルツーがプルを撃墜する（この時点でプルは死亡）。
- 第22話「大気圏突入」において、ジュドーでプルツーを説得すると、自軍に加入する。
ビギナ・ギナ＆セシリー
- 第16話「脱出」において、シーブックでセシリーを説得する。
- その後、セシリーを撃墜せずに同マップクリア（CB版のみ）
- 第25話「ラストバタリオン再び」において、シーブックでセシリーを説得すると、NPCとして自軍に加入する。
CB版では脱出でセシリーを説得も撃墜もせず、ラストバタリオン再びでシーブックでセシリーを2回説得した場合も加入。