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放送終了後の1997年には、第25話・第26話（最終話）を別視点から描いた劇場アニメ『[[新世紀エヴァンゲリオン 劇場版]]』が公開された。
放送終了後の1997年には、第25話・第26話（最終話）を別視点から描いた劇場アニメ『[[新世紀エヴァンゲリオン 劇場版]]』が公開された。
放映中から発売を開始したVHSを始めとしたセル版商品では毎回TV放映から作画が修正されている。架空の商品を実在の商標に置き換えるのが大半だが、第弐拾一話から第弐拾四話は劇場版で使用したカットや新作シーンを組み込んで大分構成が変わっている。デジタルリマスター時にも作画の修正や入替が行われており、現行商品では（最終2話も含めて）放映時の台割のものを「オンエアフォーマット版」（第弐拾一話～第弐拾六話）、改変後の台割のものを「ビデオフォーマット版」（第21話～第26話）と呼称する。
2007年から2021年にかけては新たな劇場版である『[[ヱヴァンゲリヲン新劇場版]]』シリーズが全4部作で公開された。こちらは権利関係その他が、新会社カラーと庵野監督を中心に集約され一新されており、TV版とは異なる権利関係とスタイルで製作されている（スタッフは多くがTV版にも参加した顔触れで、ガイナックスは原作協力という形でクレジットされている）。
2007年から2021年にかけては新たな劇場版である『[[ヱヴァンゲリヲン新劇場版]]』シリーズが全4部作で公開された。こちらは権利関係その他が、新会社カラーと庵野監督を中心に集約され一新されており、TV版とは異なる権利関係とスタイルで製作されている（スタッフは多くがTV版にも参加した顔触れで、ガイナックスは原作協力という形でクレジットされている）。