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最終目的の為に、[[加持リョウジ]]を介して[[第1使徒アダム|アダム]]を[[ゼーレ]]から横流しさせ、そのアダムを火傷を負った左の手の平に移植させている（VHS・DVDの追加シーンや劇場版で確認可能。また、[[漫画|漫画版]]では[[A.T.フィールド]]も使用している）。しかし、これらの行いはNERVを私物化しているも同然であった為に、当然ゼーレを敵に回す事になり、第一段階として[[MAGI]]のハッキングによる制圧を受けた後（失敗している）、ゼーレの司令を受けた特殊部隊によってネルフの職員殆どが虐殺される事態を招いた。それでもゲンドウは意に介さず、レイを連れてセントラルドグマへ向かい、「自分だけの人類補完計画」を果たそうとしたが、最終的にはレイからも見捨てられるに至り、その目的は水泡へと帰す事になった。
最終目的の為に、[[加持リョウジ]]を介して[[第1使徒アダム|アダム]]を[[ゼーレ]]から横流しさせ、そのアダムを火傷を負った左の手の平に移植させている（VHS・DVDの追加シーンや劇場版で確認可能。また、[[漫画|漫画版]]では[[A.T.フィールド]]も使用している）。しかし、これらの行いはNERVを私物化しているも同然であった為に、当然ゼーレを敵に回す事になり、第一段階として[[MAGI]]のハッキングによる制圧を受けた後（失敗している）、ゼーレの司令を受けた特殊部隊によってネルフの職員殆どが虐殺される事態を招いた。それでもゲンドウは意に介さず、レイを連れてセントラルドグマへ向かい、「自分だけの人類補完計画」を果たそうとしたが、最終的にはレイからも見捨てられるに至り、その目的は水泡へと帰す事になった。
=== 新劇場版 ===
新劇場版においてはより人間的な面が強く出るようになり、シンジを導くような態度も見受けられた。しかし、全ては自身の進める計画のための布石に過ぎず、『破』の終盤でレイが初号機に取り込まれるのも含めて全て彼の手のひらの上であった。『Q』の段階ではキール・ローレンツのものと同型のバイザーを身につけており、スタッフがいなくなり廃墟と化したNERVを冬月と共に存続させて来た。
人類補完計画の遂行をゼーレに代わり担っており、ニア・サードインパクトに乗じて人間を新たな生命「エヴァンゲリオン・インフィニティ」へと人工的に進化させた。補完計画を完全に乗っ取るべく13号機を建造、さらにシンジとカヲルを誘導して「槍」を引き抜かせ、フォースインパクトを発生させるとともにDSSチョーカーによりカヲルを排除、長らく沈黙していたゼーレの電源を引き抜き抹殺した。
ヴィレの抵抗とカヲルの犠牲によりフォースインパクトは初期段階で阻止されたが、これですら計画の内であり、続く『シン』においては計画の最終段階となるアディショナルインパクトを目論むなど、新劇場版のラスボス的な立ち位置にいる。
シンジのことは完全に計画遂行の道具としか見ておらず、冷淡に接する一方で、『シン』の終盤では彼の内面についての補完が成された。また、シンジの愛用するS-DATは、元はゲンドウの使っていた物であると設定されている。
=== その他の作品 ===
=== その他の作品 ===
PS2版『新世紀エヴァンゲリオン2』ではシンジとゲンドウが親子の関係を修復し、二人で一緒に釣りへ行く隠しエンディングが存在する。また、PSP版『新世紀エヴァンゲリオン2 造られしセカイ』では前述の釣りEDに加え、シンジの授業参観に現れるイベントが追加されている（当のシンジは散々な目に遭うが…）。
PS2版『新世紀エヴァンゲリオン2』ではシンジとゲンドウが親子の関係を修復し、二人で一緒に釣りへ行く隠しエンディングが存在する。また、PSP版『新世紀エヴァンゲリオン2 造られしセカイ』では前述の釣りEDに加え、シンジの授業参観に現れるイベントが追加されている（当のシンジは散々な目に遭うが…）など、作品によってはギャグキャラクターとしての一面が強調される事も多い。
== 登場作品と役柄 ==
== 登場作品と役柄 ==