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Lにて好評だったシナリオ面の積極的なクロスオーバーはさらに密度と濃度を増している。原作再現がほとんどない作品であっても別の作品の設定に絡む事でシナリオ上で強い印象が与えられるような構成が徹底されており、参戦作品数がさほど多くない事もあって本当の意味での[[いるだけ参戦]]は存在しない。逆にただ原作のイベントを再現するだけというステージは少なく、クロスオーバーによるなんらかの改変がほぼ入っているが、それでも原作の持ち味を保ちつつクロスする作品を加えることでシナリオにより深みを持たせている。また、本作の都合上やむを得ない『HEROMAN』を除いて、ほとんどの作品が基本設定レベルで他の作品に絡んでいるという力の入れようで（通称「[[デスティニーガンダム|マークデスティニー]]」がいい例）、[[零影|原作でも謎だった部分]]を本作のオリジナル設定で埋めたりもしている。このように、プレイヤーの想像を絶するほど丁寧にクロスオーバーを張り巡らせたシナリオは非常に高い評価を得た。キャラクターの生存フラグを立てるとシナリオの内容が大きく変わるものも存在するため、従来作以上に周回プレイを前提とした作りとなっている（そのため、後述のように隠し要素解禁の達成条件は非常に面倒な仕様となった）。
Lにて好評だったシナリオ面の積極的なクロスオーバーはさらに密度と濃度を増している。原作再現がほとんどない作品であっても別の作品の設定に絡む事でシナリオ上で強い印象が与えられるような構成が徹底されており、参戦作品数がさほど多くない事もあって本当の意味での[[いるだけ参戦]]は存在しない。逆にただ原作のイベントを再現するだけというステージは少なく、クロスオーバーによるなんらかの改変がほぼ入っているが、それでも原作の持ち味を保ちつつクロスする作品を加えることでシナリオにより深みを持たせている。また、本作の都合上やむを得ない『HEROMAN』を除いて、ほとんどの作品が基本設定レベルで他の作品に絡んでいるという力の入れようで（通称「[[デスティニーガンダム|マークデスティニー]]」がいい例）、[[零影|原作でも謎だった部分]]を本作のオリジナル設定で埋めたりもしている。このように、プレイヤーの想像を絶するほど丁寧にクロスオーバーを張り巡らせたシナリオは非常に高い評価を得た。キャラクターの生存フラグを立てるとシナリオの内容が大きく変わるものも存在するため、従来作以上に周回プレイを前提とした作りとなっている（そのため、後述のように隠し要素解禁の達成条件は非常に面倒な仕様となった）。
なお、本作は'''触り的に語られるだけで回収されない伏線'''が非常に多い。KやJのように単なる説明不足かと思いきや、版権作品の本作での裏設定も同様なので意図的なものであることを匂わせている（これらは大概人智を超えた話なので、むしろ謎が全て解ける方がリアルに考えると不自然だが）。また、『機動戦士ガンダムSEED』、『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』、『機動戦士ガンダム00』、『獣装機攻ダンクーガノヴァ』のストーリーが終了済みの世界観となっているが、この4作品（或いは、『蒼穹のファフナー』の前日談である『蒼穹のファフナー RIGHT OF LEFT』を含めた5作品）がどのような形で関わり合って完結したのかは殆ど明かされていない。その上、EDでは本作未参戦の『機神飛翔デモンベイン』の事件が発生する事が語られており、UX世界ではこの後も新たな戦いが起きる事が示唆されている。
なお、本作は'''触り的に語られるだけで回収されない伏線'''が非常に多い。KやJのように単なる説明不足かと思いきや、版権作品の本作での裏設定も同様なので意図的なものであることを匂わせている（これらは大概人智を超えた話なので、むしろ謎が全て解ける方がリアルに考えると不自然だが）。また、『機動戦士ガンダムSEED』、『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』、『機動戦士ガンダム00』、『獣装機攻ダンクーガノヴァ』のストーリーが終了済みの世界観となっているが、この4作品（或いは、『蒼穹のファフナー』の前日談である『蒼穹のファフナー RIGHT OF LEFT』を含めた5作品）がどのような形で関わり合って完結したのかは殆ど明かされていない（どころか、機動戦士ガンダムSEED DESTINYは原作をなぞっていないのではと思わせるセリフまである）。その上、EDでは本作未参戦の『機神飛翔デモンベイン』の事件が発生する事が語られており、UX世界ではこの後も新たな戦いが起きる事が示唆されている。
このため、初見では原作を余すところなく見たユーザーであっても先の展開を読むことがほぼ不可能であり、「ラインバレル」が参戦していることにかけて、'''加藤機関の要求するそれよりも遙かに上の想像力が必要な作品'''と言われる。
シナリオが好評であった一方、操作面や一部インターフェイス面の不備などシステム周りの不便さが指摘されており、特に[[精神コマンド]]の対象選択の仕様変更については多くのプレイヤーが煩わしさを訴えている（一応味方対象のものに関しては、使用者側でなく対象側の支援精神リストから使用するようにすればある程度手間を省ける）。
シナリオが好評であった一方、操作面や一部インターフェイス面の不備などシステム周りの不便さが指摘されており、特に[[精神コマンド]]の対象選択の仕様変更については多くのプレイヤーが煩わしさを訴えている（一応味方対象のものに関しては、使用者側でなく対象側の支援精神リストから使用するようにすればある程度手間を省ける）。