差分
→漫画版における人類補完計画
基本的な流れは劇場版を踏襲しつつ細部に相違点があり、劇場版では生還したアスカがLCL化され、リリスとなったレイと再会するシーンでカヲルが出てこず、シンジとレイのみで補完計画の是非について静かに問答しあうという展開になる。
基本的な流れは劇場版を踏襲しつつ細部に相違点があり、劇場版では生還したアスカがLCL化され、リリスとなったレイと再会するシーンでカヲルが出てこず、シンジとレイのみで補完計画の是非について静かに問答しあうという展開になる。
最終的には、「例え再び苦しむことになったとしても他者と関わりながら生きていきたい」という決意をシンジが示したことにより、補完計画が否定される。そして世界そのものがエヴァや使途が存在しない世界へと再構築され、シンジ、アスカ、ケンスケの3名含め、全人類がかつての世界の記憶を失った状態で復活する。（ストーリー途中で死亡した人物に関しては復活したかどうかは明示されていない）
最終回の結末も劇場版と大きく異なっており、展開と結末は類似しつつ方向性が劇場版とは真逆で明るく希望に満ちた雰囲気で締めくくられている。
最終回の結末も劇場版と大きく異なっており、展開と結末は類似しつつ方向性が劇場版とは真逆で明るく希望に満ちた雰囲気で締めくくられている。